Upload
ame-sergent
View
106
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Étude de la diversité génétique intraspecifique
Typer 25-30 individus non apparentés
Marqueurs moléculaires
Représentation des génotypes dans un tableau (Exel)
Équilibre de Hardy-Weinberg
Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W. Weinberg
Les fréquences alléliques et genotypiques restent stable de génération en génération dans une population diploïde idéale
Condition de l’équilibre de Hardy-Weinberg
1. La population est panmictique : le choix du conjoint se fait de manière aléatoire
2. Tous les individus participant au processus de reproduction appartiennent à la
même génération
3. La population est isolée : aucun gène n'est introduit par des migrants extérieurs
4. La taille de la population est infinie
5. Il n'y a pas de mutation au locus considéré
6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus considéré
Fréquence allélique F
pf A qfa
1 qp
Loi de Hardy-Weinberg:
Equilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations.
2ppp
Gamète 1
Gam
ète
2
2qqq pqqp
pqqp
A (p)
A (p)
a (q)
a (q)
AA Aa
Aa aa
Cas d’un locus bi-allélique
Fréquence génotypique2pf AA
pqpqpqf Aa 22qfaa p2+2pq+q2=1
l'axe horizontal indique les deux fréquences d'allèle p et q,
l'axe vertical indique la fréquence des génotypes les trois génotypes possibles sont représentés par des courbes différents
Prédiction des fréquences génotypiques de la génération t+1 à partir des fréquences alléliques de la génération t
Pour un système multiallèlique à n allèles la formule devient (p1 + p2 +… pn )2 = 1.
fAiAi = Pi2 fAiAj = PiPj
GENPOP (version 1.2) ( Raymond et Rousset 1995)
deux estimation de Fis(mesure l’écart à la panmixie à l’intérieur des populations):une basée sur le modèle de Weir et Cockerham’s (1984) et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill (1984)
Fis=1-Ho/HsFis=1-Ho/Hs
Test d’excès d’hétérozygotes
Ho: absence d’excès en hétérozygotes
H1: présence d’excès en hétérozygotes
Test de déficit en hétérozygotes
Ho: absence de déficit en hétérozygotes
H1: présence de déficit en hétérozygotes
Ho rejetéeValeur de Fis > P calculée H1
acceptée
Valeur de Fis < P calculée Ho acceptée
P est estimée utilisant la méthode des chaines de Markov (Guo et Thompson)
Dérive génétique
Pression sélective
Migration
Mutation
Fluctuation des fréquences géniques d’une génération à l’autre à l’intérieur d’une population fermée (à faible effectif)
diminution du taux d’hétérozygotes
Les individus n’ont pas la même probabilité de devenir reproducteurs et/ou n’ont pas, une fois reproducteur la même espérance de taille de descendance.
Evolution orientée des fréquences géniques
À sens unique
Echange entre deux populations
évolution rapide des fréquences géniques
Homogénéisation génétique
Le rythme d’évolution des fréquences est très lent
Sélection et la dérive génétique
Croisement consanguin Homogamie Biais d’échantillonnage, Biais d’enregistrement des généalogies Insémination artificiel Allèle nul Effet père