BactriesCocci Gram positify y y y y

Cocci Gram ngatify y y

Staphylococcus aureus Streptococcus pyogenes Streptococcus agalactiae Streptococcus pneumoniae Enterococcus sp.Bacilles Gram positif

Neisseria meningitidis Neisseria gonorrhoeae Branhamella catarrhalisBacilles Gram ngatif

y y y y y

Listeria monocytogenes Corynebacterium sp.

y y y y y

Entrobactries Pseudomonas aeruginosa Haemophilus influenzae Legionella pneumophila Campylobacter sp. Helicobacter pylori Bordetella pertussis Bartonella henselaeCocci anarobies

Actinomyctes arobiesy y

Nocardia sp. Mycobacterium tuberculosisBacilles Gram positif anarobies Bacilles Gram ngatif anarobies

y

Clostridium sp.Intracellulaires stricts Mollicutesy

y y y

Chlamydia trachomatis Chlamydophila pneumoniae Chlamydophila psittaci

Mycoplasma - Ureaplasma

Cocci Gram positif

Cocci Gram ngatif

Bacilles Gram positif

Bacilles Gram ngatif

Actinomyctes arobies

Cocci anarobies

Bacilles Gram positif anarobies

Bacilles Gram ngatif anarobies

1-Cocci Gram positif

1- Staphylococcus aureus- Prlvements cutans (lsions suppures : furoncles, panaris, imptigo ) - Prlvements urinaires (cystites, prostatites) - Prlvements vaginaux (cervicites, salpingites ) - Prlvements oculaires (infections orbitaires) - Prlvements ORL (sinusites, amygdalites, otites ) - Prlvements broncho-pulmonaires (pneumopathies ) - Prlvements osto-articulaires (ostites, ostomylites ) - Hmocultures (septicmies, endocardites )d

- Glose au sang : prsence de colonies -hmolytiques, souvent de couleur jaune orange - Glose au sang + antibiotiques (Ac. nalidixique, Colistine, Aztronam ) si prlvement polymicrobien - Milieu de Chapman (milieu slectif hypersal) : prsence de colonies jaunes (utilisation du mannitol) - Milieu de Baird Parker : prsence de colonies noires (rduction du tellurite en tellure) - Milieu chromogned

- Cocci Gram + isols, en diplocoques ou en amas - Catalase positive - Dtection de la coagulase libre - Dtection de la DNAse thermostable - Dtection de la protine A, du clumping factor d

- Anticorps anti-staphylolysine (ASL) : diagnostic dinfection profonde S. aureus - Recherche de la leucocidine de Panton-Valentine (PVL) : rle dans les infections cutanes et les pneumonies ncrosantes (un phnotype de rsistance Mti-R, Kanamycine R, Ac. fusidique R voire Ttracycline R est souvent associ la prsence dune PVL)

2- Streptococcus pyogenes- Prlvements de gorge (diagnostic dangine rythmateuse ou rythmato-pultace) - Prlvements cutans (rysiple, dermo-hypodermite ncrosante, scarlatine, imptigo ) - Prlvements vaginaux (fivre puerprale ) - Hmocultures (septicmie, endocardite )d

- Glose au sang sous CO2 +/- en anarobie (espce anarobie qui tolre larobiose) - Glose au sang + antibiotiques (Ac. nalidixique, Colistine, Aztronam ) si prlvement polymicrobien prsence de colonies -hmolytiquesd

- Cocci Gram + en chanette - Catalase ngative - Typage de lantigne polysaccharidique de paroi : groupe A de Lancefield - Galerie didentificationd

- Anticorps anti-streptolysine O (ASLO), anticorps anti-streptodornase B (ASD) : utiliss pour le diagnostic rtrospectif dinfection strepto A lors de rhumatisme articulaire aigu, glomrulonphrite aigu

3- Streptococcus agalactiae- Prlvements vaginaux (dpistage entre 34-38 SA, 10-30% de portage : Amoxicilline lors de laccouchement)- LCR : mningite chez le nouveau n - ECBU : responsable dinfection urinaire (attention aux contaminations par les scrtions vaginales) - Prlvements cutansd

- Glose au sang sous CO2 +/- en anarobie (espce anarobie qui tolre larobiose) - Glose au sang + antibiotiques (Ac. nalidixique, Colistine, Aztronam ) si prlvement polymicrobien prsence de colonies -hmolytiques (trs faible hmolyse) - Glose Granada (en anarobie, lecture 48H) : prsence de colonies oranges spcifiques de S. agalactiaed

- Cocci Gram + en chanettes - Catalase ngative - Typage de lantigne polysaccharidique de paroi : groupe B de Lancefield - Galerie didentification Diagnostic diffrentiel : S. porcinus (PV ou nouveau n, -hmolytique (large zone dhmolyse), groupe en B mais esculine +, mannitol +, sorbitol + (contrairement S. agalactiae)d

Camp test + Hippurate +

4- Streptococcus pneumoniae- Prlvements ORL : portage au niveau du rhinopharynx, responsable dotite et de sinusite - Prlvements broncho-pulmonaires : responsable de pneumonie (voir broncho-pneumonie) - LCR : mningite chez ladulte - Hmocultures : septicmied

- Glose au sang sous CO2 +/- en anarobie (espce anarobie qui tolre larobiose) : prsence de colonies -hmolytiques en atmosphre ordinaire (mais pouvant tre -hmolytiques en anarobie) Colonies +/- muqueuses en fonction du type de colonies (R ou S) et de la taille de la capsule Phnomne dautolyse qui donne un aspect en roue de vlo (prsence dun ombilic au centre de la colonie)d

- Cocci Gram + en diplocoques - Catalase ngative - Agglutination des antignes capsulaires - Sensible loptochine (contrairement aux autres streptocoques -hmolytiques) - Lyse par la biled

- Mise en vidence de la capsule avec de lencre de chine - Recherche d'antignes du pneumocoque dans les urines ou le LCR

5- Enterococcus sp.- Prlvements urinaires - Prlvements pri-abdominaux : infections abdominales dorigine intestinale - Hmocultures : septicmie, endocardites d

- Glose au sang sous CO2 +/- en anarobie (espce anarobie qui tolre larobiose) Ajout dantibiotique si prlvement polymicrobien (Ac. nalidixique, colistine, aztronam ) - Glose lesculine (enterococcosel) : prsence de colonies noires - Milieu au tellurite : rsistance au tllurite de potassium pour E. faecalisd

- Cocci gram + en chanette, immobile (sauf E. casseliflavus, E. gallinarum, E. flavescens) - Catalase ngative - Typage de lantigne polysaccharide de paroi : groupe D de Lancefield (parfois non groupables) - Esculine + - PYRA + (pyrrolidonyl arylamidase)d

- Recherche de bactries multi-rsistantes : entrocoques rsistant la vancomycine (milieu enterococcosel + vancomycine) : attention certains entrocoques sont naturellement rsistants la vancomycine (E. gallinarum, E. casseliflavus et E. flavescens qui sont des espces mobiles vrifier la mobilit)

2-Cocci Gram ngatif

1- Neisseria sp.- Prlvements ano-gnitaux : N. gonorrhoeae - Prlvements oculaires : N. gonorrhoeae - LCR : N. meningitidis - Hmocultures : plutt N. meningitidis (si purpura fulminans associ : prlvements cutans) - Osto-articulaires : ostomylite, arthrite (rares et plutt N. meningitidis) - Rhinopharynx : 5-15% de portage de N. meningitidisd

- Milieux enrichis car germes exigeants : glose au sang ou mieux glose chocolat, sous CO2 (arobie stricte) - Milieux slectifs pour la recherche de gonocoque : glose chocolat VCAT (Vancomycine, Colistine, Amphotricine B, Trimthoprime) Le gonocoque ne rsiste pas des tempratures dpassant 37Cd

- Diplocoques Gram ngatif arobies stricte - Catalase + - Oxydase + - Maltose + pour le mningocoque, ngatif pour le gonocoqued

- Srogroupage du polysaccharide capsulaire des souches de mningocoque : B (60%), C (40%), A, Y, W135 - Recherche dantignes solubles du mningocoque dans le sang, les urines ou le LCR - PCR

Branhamella catarrhalisFlore commensale du nez et du rhinopharynx - Prlvements ORL : bronchites, laryngites, otites, sinusites, rhinopharyngites - Prlvements oculaires : conjonctivites - LBA : pneumonies - LCR, liquides articulaires, hmocultures : exceptionnelles cas de septicmies, de mningites ou darthritesd

- Milieux enrichis : glose au sang ou glose chocolat sous 5% de CO2 (arobie stricte) - Milieux slectifs : glose chocolat VCAT (Vancomycine, Colistine, Amphotricine B, Trimthoprime)d

- Diplocoques Gram ngatif arobies stricte - Catalase + - Oxydase + - Nitrate rductase +, DNAse +, test la Tributyrine + - Saccharose (contrairement aux Neisseria)d

- Test chromognique pour la recherche de bta-lactamase (90%) : BRO-1 et BRO-2 (profil de rsistance : Ampicilline, Ticarcilline, Piperacilline, C1G voire C2G)

3-Bacilles Gram positif

1- Listeria monocytogenes- Liquide amniotique, membrane placentaire, liquide gastrique du nouveau-n : contamination materno-f tale transplacentaire - LCR : mningite chez lenfant de plus de 5 j et chez ladulte g ou immunodprim - Hmocultures : septicmie (chez lenfant de moins de2 j et chez ladulte g ou immunodprim)d

- Glose ordinaire ou glose au sang : microarophile, pousse de 4 42C (psychrophile), zone troite de -hmolyse Ajout dantibiotiques si prlvement polymicrobien (Ac. nalidixique, Colistine, Aztronam ) - Glose hypersale (Chapman), glose ANCd

- Petits bacilles Gram +, mobiles 25C (immobiles 37C) - Catalase positive - Esculine + rapide (