Recherche dans PubMed

Bibliothèque des sciences de la santéSep 2011

SURVOL

• Qu’est ce que PubMed• Accès• Stratégie de recherche• Opérateurs logiques• Recherche intuitive• Les termes MeSH – quoi, pourquoi (Medical Subject

Headings)• Le processus de recherche

– Identifier les MeSH – concept 1– Renvoi– Personnaliser la recherche– Résultats, concept 1– Réitérer le processus. Concepts 2, 3

SURVOL – suite et fin

• Résultats concept 3 et consultation de l’historique de la recherche

• Combinez vos résultats• Limitez votre recherche• Repérez les références non-indexées• Visionnez vos résultats• Gérez vos références• Sauvegarde des références dans RefWorks• My NCBI : Sauvegarde des recherches• Aide exhaustive• Des questions?

Qu’est-ce que PubMed?

• Plus de 20 millions de références bibliographiques à des articles de périodiques

• Produite par la National Library of Medicine (NLM), U.S.• Plus de 5500 périodiques indexés dans Medline• Contenu international (75% anglais)• 1950-présent• + références non indexées dans Medline• Détails du contenu:

http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/dif_med_pub.html

Accès

Page d’accueil de la Bibliothèque des sciences de la santé:

http://www.biblio.uottawa.ca/html/HomePage?node=rgn&lang=fr Ressources principales à la page d’accueil Liste A-Z des bases de données Pages Trouver des articles de nos Libguides

Pubmed.gov : disponible gratuitement sur Internet ATTENTION: si vous ne passez pas par nos pages Web, les

liens vers les textes intégraux des articles de périodiques auxquels nous sommes abonnées pourraient ne pas fonctionner.

Stratégie de recherche

Énoncé de recherche:Mme Smith, une patiente âgée de 50 ans, se demande si le cancer du sein peut être prévenu grâce aux vitamines ou aux suppléments

nutritionnels. Concepts clés:1. Cancer du sein

Prévention2. Vitamines3. Suppléments nutritionnels

Stratégie de recherche:relations entre les concepts

Concept 1: cancer du sein

ET

prévention (un aspect du concept 1)

ET

(Concept 2: vitamines OU Concept 3: suppléments nutritionnels)

Opérateurs logiques

• ET (AND)– Relie 2 ou plusieurs idées différentes. Permet de réduire votre

repérage.

• OU (OR)– Relie 2 ou plusieurs synonymes ou termes connexes. Permet

d’élargir votre repérage.

• NON, parfois appelé SAUF (NOT)– élimine les idées ou concepts non désirés. Réduit le repérage.

Utiliser avec prudence.

Recherche intuitive

• Facile, rapide• Exige une connaissance minimale des opérateurs logiques• Le système fait tout le travail (renvois aux termes appropriés)• Repérage maximum• Précision laisse à désirer

Exemples de recherche intuitive

Syntaxe et termes différents amènent des résultats différents

Les termes MeSH: quoi, pourquoi ?

• MeSH=Medical Subject Headings -descripteurs sujets uniformisés provenant d’un thésaurus de termes médicaux

• Couvrent généralement plusieurs synonymes (« Entry terms ») ou termes plus spécifiques

• Permettent de réduire ou d’étendre la recherche du sujet selon l’emploi – ou non de la la fonction sujet principal (major topic)

Les termes MeSH – quoi, pourquoi (suite)

• Permettent de réduire l’étendue du sujet en les combinant avec les qualificatifs (subheadings) désignant des aspects spécifiques - ex. : Breast Neoplasms – prevention & control

Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein

Choisir la base de données MeSH

Cliquer sur Search

Saisir le terme recherché

Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMed

Résultats de la recherche – 1er concept

Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search

Résultats, 2ème concept

Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels

1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH2. Add to search builder 3. Search PubMed

On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements

Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche

Historique de la recherche et combinaisons logiques

Faites un clic gauche sur un numéro d’ensemble, puis sur l’opérateur (OR ou AND) puis sur le 2ème ensemble, et encore sur le même opérateur. Dans cette recherche, commencez par combiner « vitamines » OR « suppléments nutritionnels ».

Combinaison / OR (concepts 2 et 3)

Votre combinaison apparaît maintenant à la case de recherche. Cliquez sur Search pour effectuer la recherche.

Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein

Choisir la base de données MeSH

Cliquer sur Search

Saisir le terme recherché

Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMed

Résultats de la recherche – 1er concept

Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search

Résultats, 2ème concept

Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels

1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH2. Add to search builder 3. Search PubMed

On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements

Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche

Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMed

Résultats de la recherche – 1er concept

Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.2.Ajoutez au Search builder3.Combinez avec le OR (OU)4.Cliquez sur Search

Résultats, 2ème concept

Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels

1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH2. Add to search builder 3. Search PubMed

On nous renvoie au MeSH Dietary Supplements

Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Search pour voir l’historique de la recherche

Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

Vos résultats: concept 1 ET (c2 OU c3)

Cliquez pour limiter vos résultats

Critères de limite

Choisissez une ou plusieurs valeurs pour chaque critère désiré, puis cliquez sur Search

Votre résultat limité

N’oubliez pas que les limites demeurent actives pour toute la session, à moins que vous les enleviez (clic sur Remove).

Repérez les références les plus récentes - non-indexées

• Utilisez tous les synonymes possibles (pas de MeSH)• Utilisez les parenthèses pour regrouper les concepts unis pr un OU, et

les opérateurs logiques pertinents.

Breast AND (cancer* OR carcinoma* OR neoplasm* OR tumor*) AND

prevent* AND

(Vitamin* OR ((nutrition* OR dietary) AND supplement*))

Stratégie « mots texte » pour chacun des concepts

Combinaisons des ensembles

Limites

Temps

N.B.: On recommande de limiter aux 180 derniers jours puisque le temps moyen d’indexation des références est de 3 à 6 mois.

N’utilisez pas d’autres limites puisque celles-ci utilisent des MeSH et les références non-indexées n’en contiennent pas encore.

Repérez les références non-indexées (suite)

In process=en traitement. La référence n’a pas encore de MeSH.

Votre stratégie de recherche élargie

Vous pouvez maintenant combiner #7 OR #22 de manière à inclure les références indexées (22) et les références non indexées (7) dans vos résultats.

Visionnez vos résultats – configuration de l’affichage

• Choisissez le format Abstract pour voir le bouton , les MeSH et les résumés

• Choisissez le format MEDLINE si vous exportez à un gestionnaire bibliographique

Choisissez le nombre de références affichées par page – suffisamment pour voir votre ensemble au complet – ex.: 50 si vous avez 33 références.

Choisissez Abstract pour voir le bouton GetIt et les MeSH – Choisissez le format MEDLINE pour envoyer les références dans RefWorks.

Résultat final

Le résultat final comprend des références indexées et des références en cours de traitement (« In process »)

Gérez vos références

Configuration de l’affichage

Actions : courriel, sauvegarde

Sélectionner les références. Si aucune référence n’est sélectionnée, l’ensemble complet sera inclus dans la prochaine action

Configurez l’affichage (display)

MEDLINE pour sauvegarde dans RefWorks. Abstract pour voir le bouton et les MeSH.

Affichez suffisamment de références pour voir vos résultats au complet – par ex., 50 si vous avez 33 références.

Références en format MEDLINE

Cliquez sur Firefox, Save page as, sauvegardez votre fichier en format .txt

N.B.: avec IE, il faut d’abord cliquer sur Page, puis Save as

Sauvegarde dans RefWorks: ouvrir RefWorks à partir de la page d’accueil de la Bibliothèque

Ouvrir RefWorks

Connexion à RefWorks

Saisissez vos coordonnées si vous êtes déjà inscrit(e) ou inscrivez-vous - c’est gratuit!

Importation dans RefWorks:

La procédure est affichée sur notre page Web

Cliquer sur Références, puis Importer

Importation dans RefWorks

Utilisez les menus déroulants pour choisir la source des données et la base de données

Résultat de l’importation

Cliquez ici pour obtenir …

…votre liste de références importées

Aide sur RefWorks

• Consultez le Tutoriel de RefWorks

http://refworks.scholarsportal.info/tutorial

Sauvegardez des recherches

Cliquez

Sauvegardez la recherche

Connectez-vous à MyNCBI ou inscrivez-vous

Sauvegardez la recherche

Cliquez

Rappelez la recherche

• Cliquez sur MyNCBI:

• Aide dans MyNCBI

Cliquez sur votre recherche pour la ré-exécuter

Aide exhaustive (en anglais seulement)

• Le fichier d’aide de PubMed :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html • PubMed FAQ :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/faq.html

• Tutoriel interactif sur PubMed :

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html

Des questions?

• refrgn@uottawa.ca• 613-562-5800 x 8294• Clavardez en direct

Bibliothèque des sciences de la santé