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DEUXIÈME_LABO_ 56 BD AUGUSTE BLANQUI F_75013 – PARIS – FRANCE 28_01_2013 | | Elifsu Sabuncu | | | co-fondatrice _ Deuxième labo | __________________|_____________________________________________________________ Les outils 2.0 pour la recherche : pourquoi ? comment ? séminaire ResMO Biarritz 29 janvier 2013

Les outils 2.0 pour la recherche : pourquoi ? comment ?

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DEUXIÈME_LABO_ 56 BD AUGUSTE BLANQUIF_75013 – PARIS – FRANCE

28_01_2013 | | Elifsu Sabuncu | | | co-fondatrice _ Deuxième labo |__________________|_____________________________________________________________

Les outils 2.0 pour la recherche :

pourquoi ? comment ?séminaire  ResMO  -‐  Biarritz  29  janvier  2013  

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Deuxième labo• Elifsu Sabuncu

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• Antoine Blanchard

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Plan...• Web 2.0, science 2.0• 2 belles histoires• Des usages et des outils

– Prendre des notes de façon collaborative... – Rendre ses articles accessibles sur le web– Faire sa biblio et la partager– Faire sa veille et la partager– Parler de sa recherche– Alimenter Wikipedia– Se mettre en réseau avec d’autres chercheurs– Discuter, veiller, recruter

• 3 dernières choses dont vous devez avoir entendu parler

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On a dit « web 2.0 » ?• Définition (http://fr.wikipedia.org/wiki/Web_2.0)• Un web accessible sans connaissance technique et

interactif (permettant à chacun, de contribuer, d'échanger et de collaborer)

• Termes proches– crowdsourcing : faire faire aux autres– réseaux sociaux

• Et la science 2.0 ? – le commentaire des pairs – science contributive– carnets de recherche– résolution de problèmes à plusieurs sur un wiki dédié (avaient

commencé sur les blogs qui permettaient de suivre une discussion)

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Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses

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Deux belles histoires

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1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 1/3

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«Tout démarre quand Xian-Jin Li publie sur le site de pré-publications arXiv une preuve de la mythique hypothèse de Riemann, qui résiste depuis 150 ans aux mathématiciens du monde entier, le 1er juillet 2008.»

Texte extrait de : http://press.openedition.org/172

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1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 2/3

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«Le lendemain, un lecteur du blog du mathématicien et lauréat de la médaille Fields Terence Tao laisse un commentaire pour signaler cette pré-publication, en ajoutant que ce n’est pas un canular vu la réputation de l’auteur. Un jour plus tard, le 3 juillet, Terence Tao répond en expliquant qu’il y a une erreur dans l’équation (6.9) de la page 20 et que la démonstration ne tient pas.Entre temps, un autre commentaire est déposé chez Alain Connes, fameux mathématicien et autre lauréat de la médaille Fields et blogueur également, pour attirer l’attention des lecteurs vers la pré-publication de Xian-Jin Li. Alain Connes répond dans la foulée et souligne une incohérence à la page 31. Nous sommes alors le 3 juillet.» Texte extrait de : http://press.openedition.org/172

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1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 3/3

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«Le 6 juillet, Xian-Jin Li retire la quatrième version de son article, amendé entre temps à cause d’une erreur à la page 29. En l’espace de quelques jours et grâce à la combinaison d’un site de pré-publications et des blogs, ce travail potentiellement révolutionnaire aura donc été porté à la connaissance de la communauté scientifique, analysé, modifié et définitivement traité. Surtout, la blogosphère ne s’est pas limitée à l’avis « éclairé » de quelques mathématiciens reconnus et a arbitré, commenté, pris position, etc. La recherche, elle, peut poursuivre sa route, l’intégralité de ces échanges restant disponible grâce aux rétroliens fournis par arXiv qui permettent de retrouver les blogs qui ont discuté la pré-publication.» Texte extrait de : http://press.openedition.org/172

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2. Une collaboration née sur un blog 1/3

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• Un article publié en novembre 2005 dans la fameuse revue Plant Cell, propose une explication alternative à la nouvelle forme d’hérédité (dite non mendélienne, car ne respectant pas les règles établies par Gregor Mendel en 1866) observée quelques mois auparavant chez la plante modèle Arabidopsis thaliana extrait  de  h*p://press.openedi2on.org/172

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2. Une collaboration née sur un blog 2/3

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«Mais on pouvait prendre connaissance de ce morceau de recherche plus de six mois auparavant, en mars 2005, sur le blog de Reed Cartwright. Comme de nombreux blogueurs, ce doctorant avait pris connaissance du résultat étonnant et de tout le bruit qui fut fait autour, puis avait réagi sur son blog en proposant sa vision des choses et en critiquant la revue Nature pour avoir survendu ce résultat. Et l’histoire aurait pu s’arrêter là : ce blogueur a fait connaître au monde entier son point de vue et passe à autre chose.»extrait  de  h*p://press.openedi2on.org/172

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2. Une collaboration née sur un blog 3/3

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«Sauf que le chercheur Luca Comai a eu exactement la même idée et l’a soumise à la revue Plant Cell. Il fait une recherche Google par acquit de conscience et s’aperçoit qu’il a été scoopé par un blogueur ! Plusieurs options s’offrent à lui et il choisit la plus généreuse et honnête, en proposant à Reed Cartwright de devenir co-auteur de l’article. Celui-ci accepte, tout heureux de ce concours de circonstances qui lui apporte sur un plateau son premier article scientifique !

Ce que montre cette histoire, c’est la façon dont les frontières se brouillent entre billet de blog et article académique, qui peuvent proposer le même contenu et sont traités indifféremment par les moteurs de recherche Internet, mais aussi comment le blog accélère la recherche en s’affranchissant du délai nécessaire pour écrire, soumettre et publier un article académique.»

extrait  de  h*p://press.openedi2on.org/172

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Prise de notes collaboratives

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OuEls  possibles  :  •  les  «pads»  (Piratepad,  par  ex.)•  les  ouEls  accessibles  en  se  créans  un  compte  Google  (google  docs,  etc.)•  Skype  pour  travailler  ensemble•  un  wiki

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Rendre accessibles ses articles en ligne ?

• Choisir de publier dans des revues en accès libre («open access gold» • Auto-archivage sur le site web du labo («open

access green»)• Archives ouvertes, ex. HAL http://hal.archives-

ouvertes.fr/.

• Attention : règles différentes d’un éditeur à l’autre• Voir aussi l’article http://phylogenomics.blogspot.fr/

2013/01/ten-simple-ways-to-share-pdfs-of-your.html•

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Veille bibliographique partagée

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Bibliographies partagées : à savoir• Sont souvent basés sur un réseau socio-numérique, permettant de suivre les bibliographies de vos

contacts, et de savoir qui lit le même article que vous. L'outil propose parfois des articles "similaires" ou "proches", ce qui permet de diversifier sa bibliographie.

• On peut souvent attacher les PDF en texte intégral à ces outils (mais pas les partager sauf dans des groupes fermés), et avoir tout au même endroit. Annoter le PDF, rajouter des mots clés et des notes concernant l'article, pour un meilleur usage futur.

• Les bases permettent souvent export et import de l'ensemble des références dans des formats compatibles. Donc on peut passer de l’un à l’autre.

• Parfois les différentes communautés disciplinaires utilisent plus ou moins un outil : ça vaut la peine de regarder.

• Il existe de nombreux comparateurs en ligne. Taper dans google les noms de plusieurs logiciels à la suite. Ou chercher "reference manager". Même une page WP : http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

• Souvent il s’agit de services gratuits qu'on peut augmenter en payant.• Souvent il y a d’une part une version en ligne et d’autre un logiciel à installer sur votre ordinateur. Même

avec les services en ligne, on peut synchroniser souvent avec les donnés en local. Il existe souvent des versions iphone, ipad, etc.

• Comment se lancer ? Profiter de l'arrivée d'un étudiant qui aime le web dans votre labo pour s'y mettre. Se répartir les références à entrer.

• Tenir à jour une bibliographie pointue et la rendre visible est également un outil de visibilité et de mise en valeur de l’expertise personnelle/d’un groupe. Exemples http://www.deuxieme-labo.fr/biblio/index.php et http://www.programme-repere.fr/biblio/

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Trois outils de gestion de bibliographie

• Zotero [http://www.zotero.org/] "Zotero is a free, easy-to-use tool to help you collect, organize, cite, and share your research sources. It lives right where you do your work—in the web browser itself."

• Mendeley http://www.mendeley.com/ "Mendeley is a free reference manager and academic social network that can help you organize your research, collaborate with others online, and discover the latest research."

• CiteUlike http://www.citeulike.org/ : "citeulike is a free service for managing and discovering scholarly references"

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Partager ses pages préférées : le « Bookmarking social »

• http://fr.wikipedia.org/wiki/Social_bookmarking • Nombreux outils, pour tous les goûts : Delicious,

Digg, Diigo, Pearltrees, Reddit, Stumbleupon...• Aller voir des comparateurs• Usage minimal : avoir accès à ses propres «favoris»

sur différents ordinateurs.• Permet également de découvrir des pages

intéressantes (on cherche dans une sous-partie du web). Exemple : https://delicious.com/delifsu/twitter+recherche# donne 2 articles parlant de l’usage de Twitter dans des contextes de recherche

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Les flux RSS : faire venir l’info des sites dynamiques

• Les sites dynamiques (dont le contenu change souvent, les sites d'information, les blogs, etc) produisent automatiquement des flux RSS avec les titres des derniers articles consultables en ligne. Il suffit alors de les récolter.

• On peut les installer dans son navigateur (Firefox, Chrome, Safari, etc.), son maileur , un logiciel dédié (lecteur de RSS type RSSowl, Juice etc.) ou des services en ligne (ex. Netvibes et google reader).

• Cela permet de retrouver au même endroit l'actualité de tous les sites que l'on veut suivre.

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Les blogs de science et de recherche

• Les repérer > lire > laisser des commentaires > écrire ses propres articles ou dans le désordre :)

• Des « communautés » de blogs/blogueurs– Association «Café des sciences»– Hypotheses.org

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La plateforme de blogs Hypotheses.org

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La plateforme de blogsCafé des sciences

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Le Café des sciences : les thèmesWeb  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses

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Que faire de Wikipedia ? Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses

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Le modèle Wikipedia• Comme le peer reviewing : une communauté s’organise

pour établir les règles de sa légitimité. • Savoir construit, méthodologie rigoureuse. Possède un

protocole clair, méthodique, transparent, traçable, élaboré collectivement et sur lequel vous pouvez agir !

• Surveillance a posteriori de plusieurs niveaux• Traçabilité = Pages «modifications», «discussions»• http://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip

%C3%A9dia#R.C3.A9daction• Wikipédia : 7è place des sites les + consultés en France,

près de 16 millions de visiteurs uniques/mois (Médiamétrie, août 2011) ; 2012 : 20 millions de visiteurs unique

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Les « Facebook de chercheurs » 1/2• http://academia.edu/

Academia.edu is a place to share and follow research. Share your papers. See analytics on your profile and papers. Follow other people in your field.http://fr.wikipedia.org/wiki/Academia.edu

• http://www.researchgate.net/For Scientists. Your reputation. Your terms. ResearchGate was built for scientists, by scientists, with the idea that science can do more when it's driven by collaboration. http://fr.wikipedia.org/wiki/ResearchGATE

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• Les espaces collaboratifs de travail mis en place par les institutions.

• Fournissent généralement des outils de blog, de forums, de partage de fichiers, de mise en réseau des profils d'utilisateurs, de gestion de groupes d'utilisateurs, d'agrégation de données, de gestion de contenu, de moteurs de recherche, etc. Servent parfois aussi de vitrine dynamique pour l’extérieur.

• Exemples– CORE du CNRS https://intra.core-cloud.net/projets/sic2013/

SitePages/Accueil.aspx– «Carnets» de l’Université Paris Descartes http://

carnets.parisdescartes.fr/26

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Un guide pratique bientôt en ligne ici : http://penserclasser.wordpress.com/2013/01/30/un-outil-des-usages-mes-conseils-twitter/

Twitter : une magie difficile à décrire Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses

http://twitter.theinfo.org/296552978901508097Autres réponses reçues :“@tmorsellino: @squintar veille, communauté, offre d'emploi, connaissances, hotline, fast Q/A...”“@K_rho: @squintar Twitter est une formidable hotline LaTeX :)”“@Alexis_Verger: @squintar veille, création d'un réseau, instantanéité, entraide, réactivité, convivialité, dissémination des ses résultats et projets.”

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Twitter : et la matière organique ? 1/2

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Twitter : et la matière organique ? 2/2

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3 dernières choses

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1. Évaluation et activités de diffusion

• Pourquoi ne pas être évalué aussi sur ce qu’on fait en dehors de ses publications scientifiques ?

• Nouvelles “métriques” pour mesurer l’impact d’une publication en regardant sa diffusion sur les réseaux sociaux  => http://www.altmetric.com/

• Eysenbach G. Can Tweets Predict Citations? Metrics of Social Impact Based on Twitter and Correlation with Traditional Metrics of Scientific Impact J Med Internet Res 2011;13(4):e123

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2. Les chercheurs ouverts sur la société sont aussi les plus actifs académiquement !• Étude statistique sur 3 500 chercheurs du CNRS (rapports

d’activité). Trois modalités de diffusion ont été étudiées : la vulgarisation, l’obtention de contrats et l’enseignement.

• Résumé : les chercheurs qui vulgarisent, enseignent (un peu, jusqu'à 30h par an) ou qui trouvent des contrats avec des industriels ou des partenaires institutionnels sont plus actifs également du point de vue académique (plus de publications et à plus fort impact). Et contrairement aux idées reçues, ces activités ne sont pas pénalisantes pour leur carrière.

• Réf. : Pablo Jensen, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Kreimer and Yves Croissant, Science and Public Policy August 2008 Scientists who engage with society perform better academically

• http://perso.ens-lyon.fr/pablo.jensen/spp.pdf• http://perso.ens-lyon.fr/pablo.jensen/vulgaCNRS.pdf

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•  Les  arEcles  avec  un  communiqué  de  presse  sont  plus  cités...par  les  chercheurs  eux-‐mêmes  !  Très  belle  étude  avec  très  belle  méthodo  (contrôle  historique,  astucieux  et  élégant)  hZp://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJM199110173251620

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3. Communiquer, ça peut servir à être cité

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À vous de jouer !