Les Outils du Chercheur

Les outils du

chercheur

LARDY Jean-PierreUniversité LYON 1

13 avr. 2023 LARDY JP2

Sommaire

Le chercheur doit :S’informer

Publier

Archiver

Évaluer et se faire évaluer

Gérer son information


S’informer

S’informer pour explorer un sujet :

état de l’art avant de commencer une thèse ou un nouveau sujet

faire le point pour une publication ou une communication à un congrès

Source d’information les bases de données bibliographiques


S’informer

Suivre l’actualité scientifique : générale

Source d’information quelques publications peu nombreuses et multidisciplinaires comme La Recherche, Pour la Science, Science, Nature

sur un sujet particulier Source d’information les bases de données. Elles ont maintenant des mises à jour très rapides : quotidiennes et même en temps réel

les serveurs d’archives ouvertes donnent l’accès au texte intégral des articles


S’informer

Rechercher une information ponctuelle : données numériques propriétés physiques et chimiques techniques réactions chimiques …. Source d’information séries techniques, handbooksEx : CRC Handbook of Chemistry and Physics

Bases de données factuelles DADI http://dadi.univ-lyon1.fr


S’informer

Savoir ce que font les autres : par l’information informelle

rencontres et discussions aux congrès le collège invisible :

réseau de relations entretenu avec des chercheurs dans d'autres laboratoires

les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) :– Les listes de discussion– Les fils RSS des blogs


S’informer

Faire de la veille pour suivre l’évolution des publications :

on parle d’alertes

Source d’information les bases de données bibliographiques et les collections de e-journaux

NB : il faut obligatoirement s’enregistrer c’est-à-dire avoir un compte (gratuit) pour chaque ressource

Ex SciencDirect : Register or Login--------: Password:------

Pubmed : My NCBI[Sign In] [Register]


S’informer

Les fonctions d’alerte des bases de données ou des collections de jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières informations dans ses domaines de recherche.

Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une terminologie variée.

Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et fournir un avertissement par mail des résultats.

De même, une alerte de table des matières de revue est une notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal.


S’informer

alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs termes de recherche Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert Pubmed : My Saved Searches

alerte basée sur un article particulier = pour être averti – de la citation d’un article– d’une correction quand un erratum est publié

– d’une discussionSD : Save as Citation AlertScience : Alert me when new articles cite this article

recevoir les tables des matières (ToC)SD : Alert me when new Journal Issues are available

Ex : Futuribles http://www.futuribles-revue.com


S’informer

ticTOCs centralise les sommaires de plus de 12 200 revues scientifiques provenant de 436 éditeurs.http://www.tictocs.ac.uk

MyJournals.org http://www.myjournals.org Accès aux tables des matières de 559 revues


S’informer

De nouvelles sources d’information sont apparues dernièrement – Google Scholar http://scholar.google.fr– Scirus http://www.scirus.com – OAIster http://www.oaister.org – BASE http://www.base-search.net – In Extenso http://www.in-extenso.org – Scitopia http://www.scitopia.org


S’informer

Le web évolue : blogs et wikis

Les blogs

Définition : Pages web constituées de textes affichées et archivées automatiquement par ordre ante-chronologique, susceptibles d’être commentées et enrichies de liens externes.

Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés sur les blogs comme Google recherche de blogs

http://www.google.fr/blogsearch?hl=fr


S’informer

En français– Blog des bactéries et de l’Evolution http://bacterioblog.over-blog.com

– Climat Sceptique http://www.climat-sceptique.com– Inclassables Mathématique http://beverycool.hautetfort.com– Science, On Blogue! http://blogue.sciencepresse.info– Science pour tous http://science-for-everyone.over-blog.com

En anglais

– Sciencebase http://www.sciencebase.com – Cosmic Variance http://cosmicvariance.com– Panda’s Thumb http://pandasthumb.org– RealClimate http://www.realclimate.org– ScienceBlogs http://scienceblogs.com


S’informer

Les wikisDéfinition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu

d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et diffuser des informations rapidement, et de structurer cette information pour permettre d'y naviguer commodément.

Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie librehttp://fr.wikipedia.org

Exemples :Proteopediahttp://proteopedia.org Paris 5 http://wiki.univ-paris5.frFluwiki http://www.fluwikie.com


Publier

S’informer

Publier

Archiver




Publier

Tout chercheur doit publier pour la reconnaissance de son travail :

C’est le fameux « publish or perish »

La carrière des chercheurs s’appuient sur leurs publications avec toutes les dérives liées à ce principe, en particulier le copier/coller, la surabondance …


Publier


Publier

En sciences exactes et

biomédicales, l’article de

périodique est devenu le

média principal de publication,

suivi des communications aux congrès et pour les

doctorants des posters.


Publier

Diffuser les connaissances scientifiques, c’est– éclairer les décisions des acteurs publics et privés- participer aux débats science/société- développer la culture scientifique et technique et

vulgariser la science en direction du grand public

Production livres, expositions, conférences grand public…


Publier

Valoriser la recherche en– trouvant des partenaires : société de valorisation

Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr

– créant son entreprise : incubateur

Ex : Créalys http://www.crealys.com – déposant des brevets Ex : INPI http://www.inpi.fr


Publier

Les nouveaux moyens de publication

le mouvement Accès Libre

Définition de l’Open Access (OA)

C’est la disponibilité libre de la littérature validée par les pairs l'Internet public, permettant à tout utilisateur de lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte des articles.


Publier Archiver

Deux voies complémentaires :

Open Access : principe d'accès gratuit aux publications scientifiques avec un comité de lecture. Les coûts d’une archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des scientifiques.

Open Archive : stockage des publications scientifiques par les auteurs ou des médiateurs institutionnels (bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs fonctionnant avec un logiciel « Open Source » (généralement E-prints), permettant une interopérabilité avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement gratuit.


Publier

De nouveaux acteurs :

Public Library of Science - PLoShttp://www.plos.org

Biomed Central (lancé en 2000, > 200 journaux)

http://www.biomedcentral.com Hindawi

http://www.hindawi.com BioOne

http://www.bioone.org


Publier

DOAJhttp://www.doaj.orgRépertoire de plus de 3 850 journaux, toutes disciplines

et langues, dont 74 pour la France en 2008 HighWire Presshttp://highwire.stanford.eduPlus de 1 342 000 articles en texte intégral issus de

942 journaux hébergés par HighWire


Publier

De nouvelles pratiques : on parle de publication hybride

EDP Sciences expérimente différentes formules : période de mise en accès libre - actualités ou archives ; modèles économiques comme par exemple le modèle mixte

pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur d’une revue.

De même on trouve Springer Open Choice, Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open (mai 2005)….


Publier

Les bibliothèques numériques : une bibliothèque numérique est une collection organisée de documents électroniques en accès libre et gratuit sur Internet, associée à une interface permettant la recherche et la consultation de ces documents.

– NUMDAM http://www.numdam.orgnumérisation rétrospective des fonds mathématiques publiés en

France– Persée http://www.persee.frportail de revues scientifiques en sciences humaines et sociales

Bibliothèques numériques en Francehttp://jp.lardy.free.fr/pages/bibnum.html


Archiver

S’informer

Publier

Archiver




Archiver

Différents types d’archives :Par discipline : arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/Par institution : eScholarship - California Digital Library

http://repositories.cdlib.org/escholarship/

En France : HAL http://hal.archives-ouvertes.fr La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr


Réactions des éditeurs

Pour convaincre les chercheurs que les éditeurs commerciaux admettent l’auto-archivage, consultez le site :

The SHERPA/ROMEO listhttp://www.sherpa.ac.uk

plus de 500 éditeurs


Evaluer

S’informerPublier

Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information


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Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-citations.

– Journal Citation Reports (JCR) permet la comparaison des périodiques de recherche à partir des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de recherche.

Il présente :– le facteur d'impact annuel par revue – l'évolution de l'impact des revues scientifiques – des informations statistiques basées sur des données de

citations – une mesure qualitative des citations entre publications


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Citations

Web of Science est composé de 3 bases interrogeables séparément ou simultanément :

– Arts & Humanities Citation Index – Science Citation Index Expanded – Social Sciences Citation Index

On peut rechercher par référence citée– auteur cité (Cited author)– publication citée (Cited work)


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Il existe d’autres ressources d’évaluation des articles et journaux.

Faculty of 1000, http://www.facultyof1000.com

publié dans BMC, est un ensemble d'articles sélectionnés en sciences biologiques.

Le classement est effectué par plus de 1000 chercheurs.


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Des bases de données récentes proposent aussi les co-citations voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html

ex ScienceDirect :http://www.sciencedirect.compub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and

TITLE-ABSTR-KEY(cardio!)

11 Articles Found That Cited: Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-

analysisThe Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029


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Scholar Google

On retrouve le même article :Risk of cardiovascular events and rofecoxib

: cumulative meta-analysisP Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA … - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey, Stephan ... Cited by 49 -


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HighWire : certaines références donnent le lien

View Citation Map View Citation Map


Gérer l’information

S’informer

Publier

Archiver





Un logiciel de gestion de bibliographie permet :

La saisie et l’importation automatique de références La gestion de la base de références L’interrogation de la base de données La liaison entre un document de traitement de texte

et la base de données La génération de bibliographie selon le style

demandé par la publication



Il existe des solutions commerciales : EndNote est le plus connu http://www.endnote.com

RefWorks de CSA est disponible en lignehttp://www.refworks.com

Mais aussi des solutions Open source gratuites : Zotero plugin de Firefox http://www.zotero.org Bibus multi-plateforme http://bibus-biblio.sourceforge.net

Wikindx en ligne http://wikindx.sourceforge.net


Education

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