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Le « grand livre » de PubMed à lire sur ordinateurs ou sur tablettes Philippe Eveillard [email protected] Pour le téléchargement voir page suivante Version mai 2015

Grand livre de PubMed

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Le « grand livre »

de PubMedà lire sur ordinateurs

ou sur tablettes

Philippe [email protected]

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Version mai 2015

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Ouverture

Iconoclaste

PubMed est une banque de données bibliographiques qu’il

convient d’apprivoiser en parlant son langage et en tenant

compte des modalités de son exploration.

Ce n’est pas la façon habituelle de présenter le mode d’emploi de cet outil de

recherche. Les vidéos sur le Web et les copies d’écran sur papier sont la norme.

Comme si PubMed était une machine à laver avec des cadrans, des manettes et

des boutons dont il faut connaitre le maniement.

En réalité, il est inutile de savoir à quoi servent les intitulés qui occupent la partie

basse de la page d’accueil et les cadres qui entourent la page de résultat car la

seule question qui se pose est : qu’est-ce que je mets dans la fenêtre ?

Ouverture

Iconoclaste (suite et fin)

A l’évidence, c’est le cadet des soucis des tutoriels (vidéos et copies d’écran),

plus préoccupés de décrire l’environnement des différentes fonctionnalités que

d’aider l’internaute à franchir l’obstacle de la « fenêtre blanche ».

Premier obstacle : comment traduire en termes simples ce que vous cherchez

dans la banque de données ? Un temps de réflexion est nécessaire. La création

d’un tableau de mots clés est conseillée.

Deuxième obstacle : comment traduire ces termes simples en langage adapté et

comment tenir compte des modalités d’exploration de l’outil ?

Le « grand livre » de PubMed tente de remédier aux insuffisances des tutoriels

classiques. Il se donne pour objectif de « remplir » la fenêtre d’interrogation sans

l’aide des automates et algorithmes censés faire le travail à votre place mais qui,

en retour, vous font perdre le contrôle de votre requête.

Philippe Eveillard (décembre 2014 – mai 2015)

Si vous n’avez pas lu le texte d’ouverture jusqu’au bout, la synthèse en image est dans les pages suivantes

L’essentiel est dit :les détails sont à venir

Présentation

PubMed

PubMed n’est pas MEDLINE

Comprendre

PubMed n’est pas Google

01 02 03 04

Formuler

La 1ére équation n’est pas la bonne

Veiller

Veiller n’est pas rechercher

PubMed ≠ MEDLINE

01Trois composantsTrois conséquences

Indexée = MEDLINE

Non indexée

Les 2 parties de PubMed

Deux parts de camembert

PubMed rassemble plus de 24 millions de références

réparties en 2 catégories (voir la page précédente) :

- les références indexées ; c’est la catégorie la plus

grande ; elle constitue la banque de données MEDLINE ;

ses références sont étiquetées indexed for MEDLINE ;

- les références non indexées ; certaines sont en

cours ou en attente d’indexation et étiquetées in

process ou as supplied by publisher ; d’autres

proviennent des périodiques de PubMed Central non

indexés dans MEDLINE et sont étiquetées PubMed.

PubMed ne se limite pas à MEDLINE et ce n’est pas sans conséquences

PubMed

Trois conséquences

Première conséquence

Toute équation de recherche formulée en langage

d’indexation n’affiche que des références MEDLINE.

Deuxième conséquence

Les équations de recherche à la Google élargissent le

champ de la recherche. Elles prennent en compte la

présence des mots clés dans l’index, le titre, le

résumé et la notice de l’article.

Troisième conséquence

L’équation de veille unit (OR) une recherche dans la

partie indexée et une dans la partie non indexée.

Langage d’indexation = langage utilisé pour indexer les articles = langage composé de termes appartenant au thesaurus MeSH

PubMed

Comprendre les fondamentaux

02L’équation de rechercheL’affiliation descripteur/qualificatifLes champsAu secours !

Désolé, les fondamentaux sont un passage obligé

Antibacterial Agents/TU AND

Respiratory Tract Infections/DT

AND Pseudomonas Infections

[mh] AND review [pt]

Recherche des revues générales sur le traitement antibiotique des infections respiratoires à Pseudomonas

L’équation-type

Les références de PubMed sont indexées avec des

descripteurs (des termes du thesaurus MeSH), des

affiliations descripteur/qualificatif (des combinaisons

originales entre un descripteur et un qualificatif) et

des mots clés correspondant à des types de

publication et des substances.

Conséquence :

il est logique de formuler l’équation de recherche avec

ces mots plutôt qu’avec des mots du langage courant

(interrogation dite à la Google).

Le thesaurus MeSH

rassemble des termes

(descripteurs) constituant

le vocabulaire utilisé pour

caractériser les articles.

Fondamentaux

Antibacterial Agents/TU AND Respiratory Tract Infections/DT

AND Pseudomonas Infections [mh] AND review [pt]

Les deux affiliations n’ont pas besoin de

champ car PubMed reconnait qu’il s’agit

d’affiliations descripteur/qualificatif.

En revanche, la nature de

Pseudomonas Infections (descripteur)

et celle de review (type de publication)

sont reconnues par leur champ : [mh]

pour le descripteur et [pt] pour le type

de publication.

Cette équation de recherche est

composée de 2 affiliations

(Antibacterial Agents/TU et Respiratory

Tract Infections/DT), d’un descripteur

(Pseudomonas Infections) et d’un type

de publication (review).

Les qualificatifs (therapeutic use et

drug therapy) sont sous leur forme

abrégée.

Fondamentaux

L’équation de recherche

L’index

L’index rassemble les termes choisis par le

documentaliste pour caractériser le contenu de

l’article.

Les termes indexés sont :

- des descripteurs et des affiliations

descripteur/qualificatif (MeSH Terms) ;

- des types de publication (Publication Types) ;

- des substances (Substances) qui sont soit des

molécules, soit des classes thérapeutiques, soit des

concepts supplémentaires (v. plus loin)

L’index est situé sous le

résumé de la notice au

format abstract.

La notice au format

abstract s’affiche en

activant le lien de l’article

dans la page de résultat.

Fondamentaux

Exemple d’index

Index de l’article :

Döring G, Flume P, Heijerman H, Elborn

JS; Consensus Study Group.

Treatment of lung infection in patients

with cystic fibrosis: current and future

strategies.

J Cyst Fibros. 2012 Dec;11(6):461-79.

doi: 10.1016/j.jcf.2012.10.004. Epub

2012 Nov 6. Review.

Publication Types

Review

MeSH Terms

Anti-Bacterial Agents/therapeutic use*

Cystic Fibrosis/microbiology*

Humans

Pneumonia, Bacterial/drug therapy*

Pneumonia, Bacterial/microbiology

Pseudomonas Infections/drug therapy*

Pseudomonas aeruginosa*

Substances

Anti-Bacterial Agents

Fondamentaux

PubMed n’est pas

Google China par bfishadow Licence CC BY

Interroger PubMed à la Google

L’interrogation à la Google consiste à entrer dans la

fenêtre d’interrogation de PubMed les mots clés les

uns à côté des autres, séparés par un espace.

L’équation à la Google relative aux recommandations

sur le traitement de l’asthme s’écrit :

Asthma « drug therapy » guideline

L’équation selon PubMed est formulée différemment :

Asthma/drug therapy AND Guideline [pt]

Dans la page suivante figure la comparaison des 2

formulations.

L’interprétation d’une

requête par PubMed

s’affiche dans le cadre

search details.

Le cadre search details se

trouve dans la colonne de

droite de la page de

résultat.

Fondamentaux

Comparaison PubMed - Google

Interprétation de l’équation

formulée selon PubMed

(d’après Search Details)

"asthma/drug

therapy"[Mesh Terms] AND

guideline[pt]

104 références le 3/01/2015

Interprétation de l’équation formulée à la Google

(d’après Search Details)

("asthma"[MeSH Terms] OR "asthma"[All Fields])

AND "drug therapy"[All Fields] AND

("guideline"[Publication Type] OR "guidelines as

topic"[MeSH Terms] OR "guideline"[All Fields])

1265 références le 3/01/2015

Fondamentaux

Commentaire

L’équation selon PubMed a été interprétée comme elle a été formulée.

L’équation à la Google a subi l’assaut de l’Automatic Term Mapping qui a

reformulé l’équation initiale en comparant les mots clés entrés dans la fenêtre

d’interrogation à des tables de correspondance (descripteurs MeSH – Auteur –

Titre de périodique). V. page suivante

Automatic Term Mapping : le gâchis

La gestion d’une requête à la Google par un

automate (Automatic Term Mapping) est

désastreuse.

Comme le montre l’exemple des recommandations

sur le traitement de l’asthme, l’automate compare

les mots clés à des tables de correspondance

(descripteur ; titre de périodique ; auteurs).

Quand la moisson est incomplète, il étend sa

recherche à tous les champs (all fields), soit au

contenu de la notice complète (titre, résumé, auteur,

titre de périodique, index…).

Fondamentaux

Une interrogation à la

Google génère du bruit,

parfois assourdissant

Notice = étiquette

La notice est l’étiquette accrochée à chaque article.

La notice est disponible sous 3 formats :

- summary l’étiquette se résume à la référence ;

- abstract l’étiquette rassemble la référence, le

résumé et l’index ;

- MEDLINE la notice est complète.

Dans l’exploration de PubMed, le meilleur résultat

est obtenu quand la fenêtre d’interrogation contient

des termes figurant dans la notice au format

abstract des articles (ou dans celle au format

MEDLINE).

Fondamentaux

Hors de la notice point

de salut

Attention : à partir de maintenant et pendant quelques pages, ce que vous allez rencontrer « c’est du lourd »

L’affiliation descripteur/qualificatif est au cœur de l’équation de recherche

Greece sunset par MattJP licence Cc BY

L’affiliation est un obstacle à franchir

L’affiliation descripteur/qualificatif est

l’obstacle qui se dresse devant tout utilisateur. En

cause : le caractère inhabituel et insolite du concept.

C’est un concept suffisamment déstabilisant pour

être systématiquement occulté par tous les tutoriels

pour ne pas effrayer les débutants.

Pourtant, une ou plusieurs affiliations doivent figurer

dans toute équation de recherche comme l’atteste

leur présence dans les index de tous les articles

hébergés dans PubMed.

Fondamentaux

Premier saut par Joseph Sardin Licence CC BY

L’affiliation est au cœur de l’équation

Une affiliation descripteur/qualificatif :

• Associe un descripteur et un qualificatif qui

précise le sens du descripteur.

• Est formée de la juxtaposition des deux termes,

simplement séparés par un slash.

• N’a pas besoin de champ* pour être reconnue

comme une expression du langage de PubMed.

*Champ : indication de la nature d’un mot clé. Cette

notion de champ sera développée plus loin.

Fondamentaux

Asthma/drug therapy

Asthma/DT

Note : le qualificatif peut

être sous forme abrégée

Les descripteurs : le thesaurus

Les descripteurs sont les termes du thesaurus* de

PubMed (thesaurus MeSH – Medical Subject

Headings).

Ils sont plus de 25 000 dans la version 2015 du

thesaurus.

Ces descripteurs ont entre eux des relations

hiérarchiques illustrées par la structure arborescente

du thesaurus.

* Un thesaurus est un « vocabulaire contrôlé » dont

les termes ont entre eux des relations hiérarchiques.

Fondamentaux

Le thesaurus MeSH est

actualisé chaque année

Fondamentaux

Le thesaurus MeSH est un arbre

avec neuf branches maitresses.

Les deux principales branches

maitresses sont :

- la branche maladies (Diseases) qui

donne 26 branches secondaires;

- la branche médicaments (Chemicals

and Drugs).

La structure arborescente du

thesaurus rend compte du phénomène

de l’explosion (v. page suivante).

Respiratory Tract DiseasesBronchial Diseases

AsthmaAsthma, Aspirin-InducedAsthma, Exercise- InducedAsthma, OccupationalStatus Asthmaticus

Arborescence du descripteur Asthma avec 2 descripteurs de niveau hiérarchique supérieur et 4 de niveau hiérarchique inférieur

Les descripteurs : l’arborescence

Fondamentaux

L’explosion est l’extension d’une requête sur un

descripteur aux descripteurs de niveau hiérarchique

inférieur.

L’explosion se produit par défaut, c’est-à-dire dans

tous les cas sauf mention contraire (non-explosion).

La non-explosion est indiquée dans le champ du

descripteur ou de l’affiliation descripteur/qualificatif.

La non-explosion participe à la précision de la requête

(cette notion sera abordée plus loin).

Explosion

Asthma [mh]Asthma/DT

Non-explosion

Asthma [mh:noexp]Asthma/DT [mh:noexp]

Les descripteurs : l’explosion

Fondamentaux

Une requête avec le descripteur

Asthma est étendue (par défaut) aux

4 descripteurs de niveau

hiérarchique inférieur :

- Asthma, Aspirin-Induced

- Asthma, Exercise-Induced

- Asthma, Occupational

- Status Asthmaticus

Respiratory Tract DiseasesBronchial Diseases

AsthmaAsthma, Aspirin-InducedAsthma, Exercise- InducedAsthma, OccupationalStatus Asthmaticus

Arborescence du descripteur Asthma avec 2 descripteurs de niveau hiérarchique supérieur et 4 de niveau hiérarchique inférieur

Les descripteurs : l’explosion (exemple)

Fondamentaux

C’est la pondération.

Elle est indiquée dans l’index par un astérisque

accompagnant certains termes : descripteurs ou

affiliations (v. ci-contre).

L’internaute qui interroge PubMed peut demander

dans sa requête que seuls les termes pondérés soient

recherchés.

La pondération est indiquée par le champ [majr].

Elle augmente la précision de la requête.

Asthma [majr] ; Asthma/diagnosis [majr]

Asthma/diagnosisAsthma/etiologyAsthma/therapy*Disease Management*Humans

Index de l’article :Newer strategies in the management of asthma

Les descripteurs : leur accorder du poids

Fondamentaux

Les qualificatifs sont « condamnés » à se combiner

aux descripteurs sous la forme d’affiliations

descripteur/qualificatif (asthma/diagnosis).

Dans les index de PubMed, les qualificatifs n’existent

pas en dehors d’une affiliation avec un descripteur.

Il y a 83 qualificatifs.

Un qualificatif s’affilie à un descripteur si « affinité ».

Pour vérifier l’affinité d’un qualificatif pour un

descripteur, consulter la banque de données du MeSH

(MeSH Database).

Pas de qualificatif sans

descripteur

Les qualificatifs : toujours affiliés

Détendez-vous : la notion de champ est plus simple que celle d’affiliation

Un champ indique la nature ou la localisation

d’un mot-clé[mh]

Fondamentaux

L’intérêt des champs ne fait aucun doute.

Vous interrogez PubMed sur les accidents vasculaires

cérébraux (en langage MeSH : Stroke).

Le 20 janvier 2015, l’entrée de stroke dans la fenêtre

d’interrogation de PubMed (interrogation à la Google)

affiche 223 178 références…

… mais, l’entrée de stroke :

avec le champ [mh] en affiche 87 576

avec le champ [ta] 16 842

avec le champ [ti] 62 897

avec le champ [tw] 189 639

Stroke peut être :

- un descripteur [mh]

- un titre de journal [ta]

- un mot du titre [ti]

- un mot de la notice [tw]

Les champs : pourquoi ?

Fondamentaux

La liste des champs est affichée dans les appendices

du menu help (rubrique : search field descriptions

and tags).

Il y a 51 champs, mais une dizaine seulement sont

d’usage courant (v. page suivante).

Certains indiquent la nature du mot clé : descripteur,

langue de publication, type de publication, date…

D’autres, la localisation du mot clé qui peut se

trouver dans le titre, le titre et le résumé ou dans la

notice.

Une dizaine de champs

sont d’usage courant

Les champs : combien ?

Fondamentaux

Nature

Descripteur [mh]

Type de publication [pt]

Date de publication [dp]

Concept supplémentaire [nm]

Titre de périodique [ta]

Langue [la]

Auteur [au]

Localisation

Mot du titre [ti]

Mot du titre et du résumé [tiab]

Mot de la notice [tw]

Les champs : nature et localisation

Fondamentaux

L’automate est votre

ennemi

Les champs sont ajoutés de façon

automatique quand vous :

- interrogez PubMed « à la Google » (avec

l’Automatic Term Mapping) ;

- passez par MeSH Database pour formuler une

équation de recherche avec des descripteurs et

des affiliations descripteur/qualificatif ;

- sélectionnez vos mots clés (date, type de

publication…) à partir du cadre des filtres dans

la partie gauche de la page de résultats.

Les champs « automatiques »

Fondamentaux

Ne pas indiquer le champ d’un mot clé expose à un

défaut de précision.

Formuler une équation de recherche sans indiquer le

champ des mots clés fait du « bruit ». Un grand

nombre de références affichées dans la page de

résultats n’ont qu’un lointain rapport avec votre

requête.

Il ne sert à rien d’avoir une banque de données

structurée si c’est pour l’interroger n’importe

comment, sans tenir compte ni de son langage ni de

son usage.

Les champs : synthèse

Path par Nichola A. Tonelli Licence CC BY

Besoin d’aide ??

Help et MeSH Database volent à votre secours

P1010206 par Perin J-C Licence CC BY

Fondamentaux

L’aide du service Help est concentrée dans la rubrique

appendices.

Dans cette rubrique, trois intitulés sont précieux :

• Search field descriptions and tags qui fournit la

liste des champs avec leur abréviation et leur

description.

• MeSH Subheadings hierarchies qui précise les

relations hiérarchiques entre les qualificatifs.

• PubMed Publication Types qui donne la liste

complète des types de publication.

Help

Help – I Need Somebody – Help par Au Kirk Licence CC BY 2.0

Fondamentaux

La banque de données du MeSH (MeSH Databse) est

le service-clé pour formuler une affiliation en 2 temps.

Premier temps : trouver l’équivalent MeSH du mot

clé correspondant à votre requête.

Entrez votre mot clé (en anglais) dans la fenêtre de

MeSH Database. Parmi les descripteurs qui s’affichent

sélectionnez celui en adéquation avec votre requête.

Deuxième temps : formuler l’affiliation.

Affichez le descripteur et choisissez le qualificatif

adéquat. Entrez dans la fenêtre de PubMed le

descripteur et le qualificatif accolés.

MeSH Database

MeSH Database est en

échec dans 5 à 10% des

cas (v. stratégie : en cas

d’échec)

Fondamentaux

Premier temps : entrée de bariatric dans la fenêtre

d’interrogation de MeSH Database.

Deuxième temps : parmi les descripteurs qui

s’affichent, sélection de Bariatric Surgery.

Dans la page Bariatric Surgery, repérage du

qualificatif adverse effects.

Au lieu de solliciter l’automate « PubMed Search

Builder », l‘affiliation Bariatric Surgery/adverse

effects est formulée et entrée directement dans la

fenêtre d’interrogation de PubMed.

MeSH Database (exemple)

Formuler une équation de

recherche sur les effets

indésirables de la

chirurgie bariatrique

Vous entrez (enfin) dans le vif du sujet

Formuler

03Les mots clés et la grammaireLa première équationFiltrer ?ReformulerStratégie

La requête est formulée directement dans la fenêtre d’interrogation

Last in thought par _MaRiNa_ Licence CC BY

Formuler

Où ? : dans la fenêtre d’interrogation

L’apprentissage de la formulation passe par

l’adoption d’emblée des bonnes habitudes.

L’entrée de l’équation de recherche directement

dans la fenêtre d’interrogation est la plus

représentative de ces bonnes habitudes.

Même si vous avez besoin de passer par MeSH

Database pour trouver l’équivalent MeSH de votre

mot clé et le qualificatif qui lui convient, ne sollicitez

pas la formulation automatique add to search builder

– search PubMed, mais formulez directement dans la

fenêtre de PubMed avec les 2 termes.

L’automate est votre

ennemi

Formuler

Pourquoi ? : pour établir une liste de références

PubMed est une banque de données bibliographiques.

Son interrogation affiche des références d’articles et

ne fournit pas des informations pour résoudre telle ou

telle situation clinique.

Il y a d’autres outils pour cela.

En général, ils proposent des réponses immédiates

(CRAT, Antibioclic) ou différées (Dynamed, UpToDate,

CISMeF, BDBfr…).

La docdudoc sur le site de la SFMG propose une liste

cohérente d’espaces documentaires pour les médecins.

L’article de Jean-Gabriel Jeannot dans la Revue

Médicale Suisse (2015, 1060-1063) fait de même.

PubMed, c’est juste pour

établir une liste de

références

Formuler

Comment ? : avec des mots clés et une grammaire

L’équation de recherche est composé de mots clés

reliés par des agents de liaison.

Les mots clés sont les termes qui expriment le mieux

le thème de la recherche.

Ces termes obéissent à une grammaire. ils sont :

- soit combinés à un autre mot clé et on parle alors

d’affiliation descripteur/qualificatif (v. fondamentaux)

- soit accompagnés d’un champ précisant leur

nature ou leur localisation (v. fondamentaux).

Les agents de liaison sont les 3 opérateurs booléens.

Dans la fenêtre, le mot clé

n’est jamais seul.

Il est toujours combiné ou

accompagné

Dans la fenêtre, le mot clé est combiné à un autre mot clé ou accompagné d’un champ

New-Year’s Eve 2012-2013 par bortescristian Licence CC BY

Formuler

Les mots clés (1) : l’obstacle

Le choix des mots clés et la façon de les utiliser

constituent le seul véritable obstacle d’une recherche

bibliographique dans PubMed.

C’est aussi le seul obstacle qui ne peut être franchi

aisément que par des professionnels de santé

aguerris (étudiants en fin de cursus ; praticiens).

Les autres obstacles (navigation dans l’interface ;

fonctions annexes) ne sont que les faire-valoir des

tutoriels qui fleurissent ici et là. Ils sont à la portée

des enfants (niveau grande section de maternelle).

PubMed, c’est juste une

fenêtre à remplir

Formuler

Les mots clés (2) : la méthode

La première série de mots clés destinés à intégrer le

« tableau des mots clés » est obtenue par une

démarche en 2 temps.

Premier temps

Décomposition du titre de l’article ou de la thèse en

plusieurs thèmes : un thème central et un ou

plusieurs thèmes complémentaires.

Deuxième temps

Attribution des mots clés (du langage courant) à

chacun des thèmes et intégration dans la partie du

tableau qui leur est réservée (2è colonne).

La première série de

mots clés oriente le choix

des synonymes, puis celui

des termes MeSH (v.

exemples)

Formuler

Les mots clés (3) : les 3 types

Les mots clés figurent dans un tableau qui rassemble :

- des mots du langage courant (placés dans la 2è

colonne) ;

- les synonymes de ces mots (3è colonne) ;

- les descripteurs appartenant au thesaurus MeSH et

correspondant aux mots du langage courant et aux

synonymes (dernière colonne).

Trois outils vous aident à construire ce tableau :

- le Portail terminologique de santé (PTS) ;

- le grand dictionnaire terminologique (GDT) ;

- la banque de données du MeSH (MeSH Database).

Les détails sur les aides

et des exemples de

tableau sont dans les

pages suivantes

Formuler

Les mots clés (4) : les aides

Le PTS

Le Portail terminologique

de santé est un des

services du catalogue du

CHU de Rouen (CISMeF).

Il a 2 fonctions : il traduit

les mots clés du langage

courant (français) en

descripteurs et propose

des synonymes des

descripteurs.

MeSH Database

MeSH Database est le

meilleur outil de

traduction d’un mot clé

du langage courant

(anglais) en descripteur

MeSH.

MeSH Database propose

une liste de synonymes

de chaque descripteur.

Le GDT

Le Grand dictionnaire terminologique est un dictionnaire français-anglais.

Sa particularité est

d’indiquer les différents

domaines et sens dans

lequel un mot est

employé.

Formuler

Les mots clés (5) : le tableau (thèse)

Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs

Suivi périnatal Suivi périnatal Surveillance périnatale

Soins périnatauxPerinatal Care

Médecin généraliste

Médecin généraliste

Médecin de premier recours

Médecine de famille

Physicians, Primary Care

Family Medicine

Le titre : Etat des lieux du suivi périnatal par le médecin généraliste dans l’Audomurois et le littoral (Thèse Lille 2014)

La liste de référence concerne le suivi périnatal par le médecin généraliste.

La première équation :Perinatal Care [mh] AND (Physicians, Primary Care [mh] OR Family Medicine [mh])

Pour améliorer la précision affilier le qualificatif organisation & administration à Perinatal Care ou éviter l’explosion de Perinatal Care.

Formuler

Les mots clés (6) : le tableau (article)

Le titre : Vieillissement et infection par le VIH : suivi de 149 patients âgés de plus de 60 ans infectés par le VIH (La Presse Médicale. 2013;42(5):e145-52)

La première équation :HIV infections/EP AND Aging [mh] AND Disease Progression [mh]

Pour améliorer la sensibilité : supprimer Disease Progression et le qualificatif epidemiology.

Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs

Vieillissement Vieillissement SénescenceAvancée en âge

Aging

Infection par le VIH

Infection à VIH HIV infections

Suivi Surveillance Evolution Diseaseprogression

La grammaire combine, accompagne et relie les mots

SAKURAKO – Came with me par MIKI Yoshihito

Formuler

La grammaire (1) : la combinaison

La combinaison d’un descripteur et d’un qualificatif

(affiliation descripteur/qualificatif) est l’élément

central de la grammaire de PubMed.

Un coup d’œil sur l’index de chaque référence (sous le

résumé de la notice au format abstract) suffit pour

s’en convaincre. Tous les index contiennent au moins

une affiliation descripteur/qualificatif.

Conclusion : formuler une équation de recherche

sans au moins une affiliation est incohérent…

… même si cela ne semble pas contrarier un grand

nombre d’utilisateurs.

Le « grand livre de

PubMed » est un

plaidoyer en faveur de

l’utilisation de l’affiliation

descripteur/qualificatif

Formuler

La grammaire (2) : l’accompagnement

Chaque mot clé, que ce soit un descripteur isolé, un

type de publication, une sous-rubrique, une langue ou

une date doit être accompagné d’un champ.

Ne pas le faire, c’est interroger à la Google, laisser le

champ libre à l’Automatic Term Mapping et ouvrir la

porte au grand n’importe quoi.

Le « bruit », souvent assourdissant, est la rançon du

manque de précision lié à l’absence d’indication de

champ, celui-ci précisant la nature ou la localisation

du mot clé.

Seule l’affiliation

descripteur/qualificatif

n’a nul besoin de

l’indication d’un champ

Formuler

La grammaire (3) : les agents de liaison

Dans PubMed, les opérateurs booléens sont AND,

OR et NOT.

Leur utilisation obéit à certaines règles :

- leur saisie se fait obligatoirement en lettres

capitales ;

- l’opérateur AND ne doit pas être remplacé par un

espace (comme dans Google) ;

- les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis

entre parenthèses.

Note : la gestion des parenthèses, plus complexe

dans certaines équations, sera abordée avec la veille.

George Boole (1815-

1864) est un

mathématicien anglais

créateur des opérateurs

logiques (booléens).

Formuler

La grammaire (4) : les dates

Date précise

Une année

2005 [dp]

Un mois

2005/03 [dp]

Un jour

2005/03/15 [dp]

Créneau de dates

D’une année à une

autre

2005:2010 [dp]

D’un mois à un autre

2005/03:2010/03 [dp]

D’un jour à l’autre

2005/03/15:2010/03/15 [dp]

Au cours des…

15 derniers jours

« last 15 days » [dp]

10 derniers mois

« last 10 months » [dp]

3 dernières années

« last 3 year » [dp]

Formuler

La grammaire (5) : les classes d’âge

Les documentalistes de la National Library of Medicine

indexent les classes d’âge d’un article en fonction des

populations décrites dans le chapitre « Methods ».

Ainsi, plusieurs classes d’âge peuvent figurer dans

l’index quand elles correspondent aux différentes

populations étudiées dans l’article. C’est une

éventualité très fréquente dans PubMed.

Conséquence : dans certaines requêtes ciblées sur

une classe d’âge, il peut être justifié d’écarter les

autres classes. Deux exemples.

Arborescence des classes

AdolescentAdult

AgedAged, 80 and overFrail Elderly

Middle AgedYoung Adult

ChildChild, Preschool

InfantInfant, Newborn

Infant, Low Birth…Infant, postmatureInfant, Prémature

Formuler

La grammaire (6) : les classes d’âge

La contraception de l’adolescente

est un bon exemple de recherche

ciblée sur une classe d’âge.

La classe d’âge à éliminer est celle

des adultes. Elle se fait

simplement avec l’opérateur NOT.

Premier exemple

Contraception/MT AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh]

La contraception de l’adolescente

Le résultat est très sélectif puisqu’il

divise par 5 le nombre de références.

Le 4 avril 2015, la requête

contraception/MT AND Adolescent [mh]

affiche 1088 références quand celle

excluant les adultes en affiche 229.

Formuler

La grammaire (7) : les classes d’âge

Cet exemple montre les particularités

des relations hiérarchiques du

thesaurus MeSH.

L’équation de recherche Sleep

Disorders/EP AND Aged [mh] NOT

Adult [mh] n’affiche aucune référence.

Deuxième exemple

Sleep Disorders/EP AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp]

Les troubles du sommeil de la personne âgée

La raison en est que Aged fait partie de

la descendance de Adult. Formuler

Aged NOT Adult revient à formuler

Aged NOT Aged.

La solution consiste à éviter l’explosion

de Adult (Adult [mh:noexp]).

Formuler

La grammaire (8) : les médicaments

A la différence des MeSH

Terms (descripteurs),

les supplementary

concepts n’ont pas de

qualificatifs

Les médicaments (molécules et spécialités) sont

identifiés :

- soit par des descripteurs (MeSH Terms),

- soit par des Supplementary Concepts.

En pratique, les médicaments intégrés dans la

banque de données avant le milieu des années

« 80 » l’ont été comme MeSH Terms et ceux intégrés

après l’ont été comme Supplementary Concepts.

MeSH Terms : digoxin, streptomycin, indomethacin

Supplementary Concepts : valsartan, ezetimib,

olanzapine…

One par andrechinn Licence CC BY

Il n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation

Formuler

La première équation (1)

Dans une affiliation descripteur

qualificatif, le qualificatif peut être

formulé sous forme abrégée.

Exemples :

Asthma/DI (diagnosis);

Asthma/CO (complications)

Asthma/ET (etiology).

Une affiliation descripteur qualificatif

Asthma/diagnosisDiagnostic de l’asthme

Rappel :

Dans une équation de recherche,

l’affiliation descripteur/qualificatif n’a

pas besoin de champ, sauf si l’affiliation

est pondérée ([Majr]) ou si vous

souhaitez éviter son explosion

([mh:noexp] ou [majr:noexp]).

Formuler

La première équation (2)

Une affiliation et un descripteur

Asthma/diagnosis AND Bronchial Provocation Tests [mh]

Les tests de provocation bronchique dans le diagnostic de l’asthme

Dans cette équation, l’affiliation n’a pas

besoin de champ (v. page précédente).

En revanche, le descripteur Bronchial

Provocation Tests doit être reconnu

comme tel et identifié avec le champ

[mh] (terme du MeSH).

En l’absence de champ, l’expression

« bronchial provocation tests » sera

interprétée par PubMed (cadre Search

Details) comme un mot clé de « tous

les champs ».

"Bronchial Provocation Tests"[All

Fields]

Formuler

La première équation (3)

Deux affiliations descripteur qualificatif

Asthma/etiology AND Bronchiolitis/complicationsL’asthme, complication des bronchiolites

Le croisement de deux affiliations

descripteur/qualificatif est l’équation de

base dans PubMed.

Souvent, il existe un phénomène de

correspondance entre les qualificatifs :

le qualificatif du premier descripteur

entrainant celui du second.

Exemples de correspondance

Etiology Complications

Drug therapy Therapeutic Use

Chemically induced Adverse effects

Ref : Tout savoir sur le MeSH ou presque (F. Dailland)

Formuler

La première équation (4)

Equation complexe

Asthma/DT AND Growth/CI AND AdrenalCortex Hormones/AE AND Administration,

Inhalation [mh] AND Child [mh]Retentissement des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant

asthmatique

L’équation est plus compliquée : elle est

composée de 3 affiliations

(Asthma/drug therapy, Adrenal Cortex

Hormones/adverse effects,

Growth/chemically induced) et de deux

descripteurs (administration, Inhalation

et Child).

Noter l’existence d’une correspondance

entre le qualificatif de Growth

(chemically induced) et celui de Adrenal

Cortex Hormones (adverse effects).

Cette correspondance est évoquée dans

la page précédente.

Les filtres, c’est pas automatique

Bicolor Filter par Fr Antunes Licence CC BY 2.0

Formuler

La mise en place d’un filtre dans la première équation

de recherche est rarement justifiée.

Elle peut le devenir au moment de la reformulation (v.

plus loin) quand un type de publication ou un créneau

de date peut améliorer la précision si cette dernière

est nécessaire

Dans les cas (rares) où la requête comporte une

indication de filtre, celui-ci fait souvent partie des

Publication Type (review ; guideline) ou des subsets

comme Free Full Text ou Core Clinical Journals.

Les filtres, c’est pas

systématique

Quand filtrer ?

Formuler

Les filtres sont alignés dans la colonne de gauche de

la page de résultat. Ils sont sélectionnés en naviguant

dans des rubriques et en activant des items.

Cette façon de faire n’est pas la meilleure car elle fait

appel à des automatismes et nécessite de gérer à la

fois la sélection et sa suppression (régulièrement

oubliée) quand vous formulez une nouvelle équation.

La meilleure façon consiste à connaitre les principales

familles de filtres et, dans ces familles, les filtres

auxquels vous faites appel le plus souvent (v. plus

loin : la hiérarchie des filtres de deux familles)

Comment filtrer ?

Les filtres, c’est pas

automatique

Nuage de tags réalisé avec Wordle

Formuler

La liste des champs constitue l’éventail des filtres

que vous pouvez utiliser. Ainsi, le champ [mh] est un

filtre (comparez une requête avec Asthma et une avec

Asthma [mh] !).

En réalité, il y a 4 grandes familles de filtres :

- les types de publication, famille la plus sollicitée ;

- les sous rubriques (subsets), autre famille majeure ;

- les 2 dernières (date et langue de publication) sont

plus accessoires.

Fait capital : contrairement aux idées reçues, l’auteur

et le titre du journal sont encore plus « accessoires »

et leur utilisation doit rester anecdotique.

Les champs des quatre

principaux filtres

Type de publication : [pt]

Sous rubrique [sb]

Date de publication [dp]

Langue de publication [la]

Les 4 grandes familles de filtres

La hiérarchie des types de publicationNuage de tags réalisé avec Wordle

Formuler

Les revues générales (Review) sont les types de

publication les plus fréquemment mentionnés dans

les équations de recherche.

Trois types de publication sont sollicités avec la même

fréquence : les recommandations (Practice

Guideline), les essais cliniques contrôlés (Randomized

Controlled Trial) et les méta-analyses (Meta-analysis).

Les lettres (Letter) et les éditoriaux (Editorial) sont

généralement cités pour les écarter de la requête

avec l’opérateur NOT (NOT Letter [pt]).

Il y a 72 types de

publication… mais

moins d’une dizaine sont

couramment utilisés

La hiérarchie des types de publication

La hiérarchie des sous rubriquesNuage de tags réalisé avec Wordle

Formuler

Trois sous rubriques forment le gros de la troupe des

« subsets » les plus souvent mentionnés dans les

équations : Systematic (pour Systematic Reviews),

Core Clinical Journals et Free Full Text.

Il est parfois judicieux de les associer : Systematic

[sb] AND Core Clinical Journals [sb] AND Free Full

Text [sb].

MEDLINE est formulé systématiquement dans les

équations de veille pour l’écarter de l’exploration de la

partie non indexée de PubMed (v. plus loin).

Dans PubMed, 20% des

articles sont disponibles

en texte intégral

La hiérarchie des sous rubriques

Restez vigilant car la notion de reformulation est originale, nouvelle et surtout… inconnue des tutoriels

La première équation, c’est juste pour voir car la reformulation est systématique

Poker par Boa-sorte&Careca Licence CC BY 2.0

Formuler

Pour être en accord avec le langage et la « façon de

faire » de PubMed, la première équation de recherche

doit comporter :

- une ou deux affiliations descripteur/qualificatif,

- ou une affiliation et un descripteur,

- ou plusieurs affiliations ou plusieurs descripteurs.

Dans la première équation, il est rarement nécessaire

d’ajouter un filtre (date ou type de publication).

Dans la première équation, il n’est pas justifié de

pondérer ou d’éviter l’explosion d’un membre.

Le croisement de deux

affiliations est la plus

fréquente des équations

de base

Une seule « bonne » façon de formuler…

Formuler

Après avoir formulé l’équation « de la bonne façon »,

trois éventualités se présentent :

c’est parfait… mais ce n’est qu’un rêve !

c’est silencieux ; les références affichées, même si

elles sont adéquates, sont trop peu nombreuses ;

vous devez reformuler pour améliorer la sensibilité.

c’est bruyant ; un grand nombre de références

n’ont qu’un lointain rapport avec votre requête ;

vous devez reformuler votre équation pour

améliorer la précision.

La reformulation est le

seul moyen d’obtenir un

meilleur résultat

… mais ce n’est jamais la bonne !

Comment définir et améliorer la sensibilité ?

So

metim

es

I C

ry –

I’m

On

lyH

um

an

par M

arle

ah

Jo

yLic

en

ce C

C B

Y

Formuler

La sensibilité d’une recherche peut être assimilée à la

sensibilité d’un test diagnostique (v. page suivante le

tableau à deux entrées)

L’adéquation des documents est appréciée par :

- l’internaute dans la page de résultat ;

- les « experts » dans la banque de données.

Note : les experts ont analysé le contenu de la

banque de données (ou une partie de celle-ci).

Exemple

Une banque de données

contient 100 documents

en adéquation avec le

thème de la requête.

L’interrogation de la

banque en retrouve 75.

La sensibilité est de 75%

La sensibilité d’une recherche (1)

Document adéquats trouvés par l’outil de rechercheSensibilité =

Documents adéquats trouvés par les experts

Formuler

La sensibilité d’une recherche (2)

La sensibilité d’une recherche documentaire est assimilée à celle d’un test diagnostique

Sensibilité = a/a+c

Test diagnostique

Recherche documentaire

Formuler

Pour améliorer la sensibilité de cette

équation de recherche, il est possible

de supprimer le qualificatif prevention

& control de l’affiliation Stroke/PC et/ou

le qualificatif therapy de l’affiliation

Hypertension/TH.

Améliorer la sensibilité…

… en supprimant un qualificatif

Stroke/PC AND Hypertension/THÉquation de départ

Stroke [mh] AND Hypertension/THEquation après suppression du qualificatif prevention & control

Si vous supprimez un qualificatif, il est

capital d’attribuer un champ au

descripteur avec lequel le qualificatif

était affilié.

Pour cela vous n’avez guère le choix : le

champ d’un descripteur est [mh] (MeSH

Terms).

Formuler

Dans cette équation, le descripteur

Stroke est uni (opérateur OR) au terme

voisin cerebrovascular accident.

Cerebrovascular est considéré comme

un mot de la notice (champ [tw]).

Améliorer la sensibilité…

… en unissant deux termes voisins

Stroke [mh] AND Hypertension/THÉquation de départ

(Stroke [mh] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/THEquation après union (opérateur OR) de Stroke et de Cerebrovascular Accident

Deux rappels

Vous devez respecter la règle des OR :

- les mots clés qui encadrent

l’opérateur OR sont mis entre

parenthèses ;

- les opérateurs sont saisis en lettres

capitales.

Formuler

Le champ [mh] est le champ des

descripteurs figurant dans l’index.

Le champ [tw] est le champ de tous les

mots clés figurant dans la notice,

notamment les mots du titre et du

résumé.

Améliorer la sensibilité…

… en changeant un champ [mh] en champ [tw]

(Stroke [mh] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/THÉquation de départ

(Stroke [tw] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/THEquation après changement de champ pour Stroke

Au terme des 3 reformulations,

l’équation finale affiche 5026 références

quand l’équation de départ en affichait

1075.

L’interrogation de PubMed a été faite le

22 février 2015.

Comment définir et améliorer la précision ?

_MG_6890.jpg par BF_OBrien Licence CC BY

Formuler

La précision d’une recherche peut être assimilée à la

valeur prédictive positive d’un test diagnostique (v. la

page suivante et le tableau à 2 entrées).

Dans la page de résultat :

- l’adéquation des documents affichés est appréciée

par l’internaute,

- et le nombre de documents considérés comme

adéquats est comparé à celui des documents affichés.

Exemple

L’équation de recherche

affiche 100 documents

dont 30 sont en

adéquation avec le thème

de la recherche.

La précision est de 30%

La précision d’une recherche

Document adéquats trouvés par l’outil de recherchePrécision =

Le total des documents trouvés par l’outil de recherche

Formuler

La précision d’une recherche (2)

La précision d’une recherche documentaire est assimilée à la valeur prédictive positive d’un test diagnostique

précision = a/a+b

Test diagnostique

Recherche documentaire

Formuler

Dans l’équation prise en exemple, la

pondération peut être appliquée soit à

Stroke/PC, soit à Hypertension/TH, soit

éventuellement aux deux affiliations.

La pondération de l’affiliation est

indiquée par le champ [majr].

Améliorer la précision…

… en pondérant une affiliation

Stroke/PC AND Hypertension/THÉquation de départ

Stroke/PC [majr] AND Hypertension/THEquation après pondération de Stroke/PC

En donnant du poids à une des deux

affiliations, vous limitez l’espace

documentaire à explorer.

Seul l’espace où l’affiliation a été

pondérée par le documentaliste est pris

en compte par l’outil de recherche.

Formuler

Dans l’arborescence de la catégorie

Diseases, les descripteurs Stroke et

Hypertension donnent naissance à des

descripteurs qui sont des branches de

niveau hiérarchique inférieur .

Ils peuvent donc exploser.

Améliorer la précision…

… en évitant l’explosion d’une affiliation

Stroke/PC [majr] AND Hypertension/THÉquation de départ

Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/THEquation après l’indication de la non explosion de Stroke

Cette capacité à exploser est la

condition pour que la non explosion

améliore la précision.

La non explosion est indiquée dans le

champ mh ([mh:noexp]) ou dans le

champ majr ([majr:noexp]).

Formuler

Tout ajout d’un membre dans l’équation

de recherche améliore la précision.

Cet ajout concerne le plus souvent un

type de publication (review ; guideline ;

randomized controlled trial) ou un

créneau de dates.

Améliorer la précision…

… en ajoutant un membre à l’équation

Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/THÉquation de départ

Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH AND review [pt]Equation après changement de champ pour Stroke

Au terme des 3 reformulations,

l’équation finale affiche 211 références

quand l’équation initiale en affichait

1075.

L’interrogation de PubMed a été faite le

23 février 2015.

La « référence adéquate » est au cœur de la stratégie

Ch

ess p

lay

par C

arlo

s S

au

vag

eo

tLic

en

ce C

C B

Y

Formuler

La première équation de recherche est formulée

selon le langage et la « grammaire » de PubMed en

s’aidant du tableau des mots clés.

Conséquence Il n’y a qu’une seule façon de la

formuler : avec 2 ou 3 affiliations (ou 2 ou 3

descripteurs) croisés avec l’opérateur AND.

Les équations suivantes sont formulées en fonction

du résultat de la première :

- trop « bruyant » formuler plus précis ;

- trop « silencieux » formuler plus sensible.

Ce n’est pas le nombre de

références affichées qui

authentifie la « bonne

stratégie »

La stratégie générale

Formuler

La première difficulté concerne un mot clé pour lequel

vous ne trouvez pas le descripteur correspondant.

C’est une éventualité rencontrée dans 5 à 10% des cas

quand vous faites appel à MeSH Database.

Cette difficulté est résolue par la recherche du mot clé

dans le titre de l’article et l’analyse des index affichés.

La deuxième difficulté est rencontrée quand le résultat

de votre formulation ne répond pas à votre attente.

Cette difficulté est résolue par la reformulation de

l’équation en s’appuyant sur le contenu de l’index

d’une référence adéquate.

Les deux stratégies

sont développées dans

les pages suivantes

La stratégie en cas de difficultés

Formuler

Si la recherche d’un descripteur dans MeSH Database

échoue, il reste la possibilité de le trouver par la

stratégie du « mot clé dans le titre ».

Le mot clé pour lequel vous cherchez un équivalent

dans le thesaurus MeSH est recherché dans le titre

des articles (champ [ti]).

Vous analysez les index (format abstract – MeSH

Terms) des 3 premières références indexed for

MEDLINE. Il y a de grandes chances pour que vous

trouviez le descripteur correspondant à votre mot-

clé.

Pour afficher d’emblée

les références indexed

for MEDLINE, il suffit

d’associer un descripteur

au mot clé recherché

dans le titre.

Voir les 3 exemples

dans les pages suivantes

La stratégie du « mot clé dans le titre »

Formuler

Premier exemple

Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-

clé microtraumatismes.

L’exploration de la banque de données du MeSH

(MeSH Database) ne donne rien.

PubMed est interrogé avec l’équation :

Microtrauma [ti] AND Joint Diseases [mh]

L’index d’une des références est dans l’encadré.

Le descripteur correspondant à microtraumatismes

est Cumulative Trauma Disorders

Animals

Cartilage Diseases/etiology

Cartilage Diseases/pathology

Cartilage Diseases/physiopath.

Cartilage Articular/injuries

Cartilage Articular/pathology

Cartilage Articular/physiopath.

Cumulative Trauma Disorders

Synovitis/etiology

Synovitis/pathology

Synovitis/physiopathology

Fengler H, Franz R [microtauma and

cartilage injury] Beitr. Orthop Traumatol

1989 ; 36 (10-11) : 498:502

La stratégie du « mot clé dans le titre »

Formuler

Deuxième exemple

Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-

clé maladie de Sever.

L’exploration de la banque de données du MeSH

(MeSH Database) ne donne rien.

PubMed est interrogé avec l’équation :

Sever’s Disease [ti] AND Bone Diseases [mh]

L’index d’une des références est dans l’encadré.

Deux descripteurs correspondent à la maladie et

doivent être associés Calcaneus et Osteochondritis

Adolescent

Calcaneus

Case-Control Studies

Child

Foot

Humans

Male

Muscle, Skeletal/physiopath.

Osteochondritis

Weight-Bearing/physiology

Becerro de Bengoa Vallejo R, Losa Iglesias

ME, and all. Plantar pressures in children

with and without sever's disease. J Am

Podiatr Med Assoc. 2011 Jan-

Feb;101(1):17-24

La stratégie du « mot clé dans le titre »

Formuler

Troisième exemple

Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-

clé métastases hépatiques.

L’exploration de la banque de données du MeSH

(MeSH Database) ne donne rien.

PubMed est interrogé avec l’équation :

Liver metastasis [ti] AND Neoplasms [mh]

L’index d’une des références est dans l’encadré.

Les métastases hépatiques sont formulées : Liver

Neoplasms/secondary

Colorectal Neoplasms/mortality

Colorectal Neoplasms/surgery

Hepatectomy/mortality

Humans

Liver Neoplasms/secondary

Liver Neoplasms/surgery

Neoplasm Staging

Neoplasms, Multiple

Primary/surgery

Prognosis

Survival Rate

Kelly ME, Spolverato G, Lê GN, Mavros MN, Doyle F, Pawlik TM, Winter DC. Synchronouscolorectal liver metastasis: a network meta-analysis review comparing classical, combined, and liver-first surgical strategies. J Surg Oncol. 2015 Mar;111(3):341-51

La stratégie du « mot clé dans le titre »

Formuler

La stratégie de l’index des références adéquates (1)

Exemple d’équation justifiant un coup d’œil sur l’index des références adéquates

Exercise therapy [mh] AND Osteoarthritis, Knee/TH AND Pain/TH

Impact de l’exercice aérobie sur la douleur du genou du patient arthrosique

Le 21 avril 2015, cette équation affiche

70 références et suscite les 2

remarques suivantes.

Première remarque

Certaines références concernent les

exercices en résistance, ce qui justifie

de les exclure (NOT Resistance training)

Deuxième remarque

L’analyse de deux « références

adéquates » montre que le qualificatif

therapy mérite d’être changé.

Dans la page suivante :

- les 2 « références adéquates »;

- l’index d’une d’entre elles.

Formuler

Deux « références adéquates »

Juhl C, Christensen R, Roos EM, Zhang W, Lund H.

Impact of exercise type and dose on pain and disability in

knee osteoarthritis: a systematic review and meta-regression

analysis of randomized controlled trials.

Arthritis Rheumatol. 2014 Mar;66(3):622-36.

Henriksen M, Klokker L, Graven-Nielsen T, Bartholdy C,

Schjødt Jørgensen T, Bandak E, Danneskiold-Samsøe B,

Christensen R, Bliddal H.

Association of exercise therapy and reduction of pain

sensitivity in patients with knee osteoarthritis: a randomized

controlled trial.

Arthritis Care Res (Hoboken). 2014

Disabled Persons

Exercise therapy/methods

Osteoarthritis,knee/rehabilitat

ion

Pain/rehabilitation

Quality of Life

Randomized Controlled Trials

as topic

Index de la première

référence

La stratégie de l’index des références adéquates (2)

Formuler

La stratégie de l’index des références adéquates (3)

L’équation modifiée pour tenir compte des 2 remarques

Exercise therapy [mh]AND Osteoarthritis, Knee/RH AND Pain/RH

NOT Resistance Training [mh]

Impact de l’exercice aérobie sur la douleur du genou du patient arthrosique

Le 22 avril 2015, cette équation affiche

21 références.

Elle est donc plus précise et correspond

mieux à la requête.

Le qualificatif rehabilitation a remplacé

le qualificatif therapy.

En revanche le qualificatif methods n’a

pas été affilié à Exercise therapy

(précision confinant au silence).

L’exclusion du descripteur Resistance

Training améliore l’adéquation des

résultats de l’équation de recherche.

Prêtez une attention particulière aux pages suivantes : elles sont « nulle part ailleurs »

Veiller

04Une équation plus qu’un serviceLes deux parties de PubMedFromage et dessertLes flux RSS, outils de la veille

Avant d’être un service, la veille est une équation

Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BY

La veille

My NCBI est le service de PubMed chargé de la veille.

Vous formulez une équation et la placez dans l’espace

de sauvegarde de la requête (saved searches) de My

NCBI.

Vous récupérez le résultat de votre veille :

- soit en allant visiter régulièrement l’espace de

stockage de vos sauvegardes ;

- soit dans la boite aux lettres de votre messagerie si

c’est l’option que vous avez choisie.

Note : vous devez être « inscrit » à My NCBI.

« Mauvaise pioche » car

My NCBI ne vous dit pas

que vous devez formuler

une équation de veille,

ni surtout comment le

faire !

My NCBI : le (très) mauvais choix

non indexé

indexé = MEDLINE

PubMed

La veille porte sur tout le camembert

La veille

Chaque notice au format abstract contient un des

4 intitulés permettant de distinguer les références

indexées de celles qui ne le sont pas.

Les références indexées sont celles signalées par

l’intitulé PubMed - Indexed for MEDLINE.

Les références non indexées sont celles qualifiées :

- PubMed - in process (en cours d’indexation) ;

- PubMed - as supplied by publisher (en attente

d’indexation) ;

- PubMed (référence d’un périodique de PubMed

Central non indexé dans MEDLINE).

La veille porte sur les

références indexées et

sur celles qui ne le sont

pas

Ce qui est indexé et ce qui ne l’est pas

La veille

Faire de la veille, c’est « marquer à la culotte » les

articles les plus récents.

Certains articles sont indexées immédiatement et

c’est relativement simple. C’est le cas des articles des

périodiques comme NEJM, Jama ou Annals of Internal

Medicine.

D’autres qui représentent le gros de la troupe des

articles les plus récents sont en cours ou en attente

d’indexation. Ils n’en méritent pas moins d’être

surveillées, même si c’est plus compliqué et moins

précis en raison de l’absence d’index.

L’objectif est de ne pas

« laisser sur la touche »

les articles non indexés

Indexés + non indexés : pourquoi ?

La veille

L’équation de veille est composée de deux équations :

une qui explore la partie indexée et l’autre qui

interroge celle qui ne l’est pas.

La partie indexée de PubMed est interrogée de façon

classique, selon le langage et la grammaire de

PubMed.

La partie non indexée est interrogée de façon

originale, avec des mots clés recherchés dans le titre

et le résumé des articles (puisqu’il n’y a pas d’index),

en écartant de l’interrogation la partie indexée (NOT

MEDLINE).

La précision caractérise

la requête de la partie

indexée et la sensibilité

celle de la partie non

indexée

Indexés + non indexés : comment ?

La veille

Dans la partie non indexée, les mots clés sont les

descripteurs (sans virgule) de la partie indexée

auxquels sont associés leurs synonymes.

Ces synonymes sont ceux de la banque de données

du MeSH (MeSH database), à l’exception de ceux

(parfois nombreux) comportant une virgule.

Dans l’équation de la partie non indexée, les

descripteurs et les synonymes sont unis par

l’opérateur OR ; sont recherchés dans le titre et le

résumé des articles ([tiab]) et exclusivement dans la

partie non indexée de PubMed (NOT MEDLINE).

Les synonymes avec une

virgule sont exclus car ils

ne figurent jamais ni dans

les titres, ni dans les

résumés

Partie non indexée : quels mots clés ?

L’équation de veille, c’est fromage et dessert

French Restaurant par RubyGoes Licence CC BY 2.0

La veille

Les deux membres de l’équation, celui de la partie

indexée et celui de la partie non indexée sont liés

avec l’opérateur OR.

Il peut paraitre paradoxal que la veille qui concerne la

partie indexée ET la partie non indexée se traduise

dans l’équation finale par l’opérateur OR.

En réalité, le paradoxe n’est qu’apparent car

l’opérateur OR en unissant les deux membres de

l’équation affiche :

- les résultats de la partie indexée,

- et ceux de la partie non indexée.

L’équation de veille, c’est

fromage et dessert ou

le ET est formulé comme

un OU

Partie indexée OR partie non indexée

La veille

Le schéma

Descripteur [mh] OR ((descripteur [tiab] OR synonyme1

[tiab] OR synonyme2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

Schéma simplifié d’une équation de veille

Une équation de veille sur l’asthmeAsthma [mh] OR ((asthma [tiab] OR asthmas [tiab] OR

bronchial asthma [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

Il est peu probable qu’un praticien

mette en place une veille sur un thème

général comme celui de l’asthme.

Mais, l’exemple permet de se rendre

compte de la structure de l’équation.

L’essentiel des difficultés réside dans la mise en place des parenthèses.Les 2 exemples suivants, plus conformes aux thèmes habituels de veille, permettront de les aborder.

La veille

Premier exemple d’équation de veille

Osteoarthritis, knee/SU OR ((osteoarthritis of knee* [tiab]

OR knee osteoarthritis [tiab]) AND (surgery [tiab] OR

operations [tiab] OR operative procedures [tiab] OR

invasive procedures [tiab]) NOT MEDLINE [sb])Equation de veille sur la chirurgie de la gonarthrose

(une affiliation descripteur/qualificatif)

Le choix des synonymes porte à la fois

sur le descripteur et sur le qualificatif.

Les mots clés de la partie non indexée

sont recherchés dans les titres et les

résumés.

Dans l’équation de la partie non indexée, les parenthèses encadrent :- l’union (opérateur OR) des mots clés ;- l’exclusion (opérateur NOT) de la partie non indexée de PubMed (MEDLINE).

La veille

Deuxième exemple d’équation de veille

Hypertension/TH AND Exercise therapy [mh] OR

((hypertension [tiab] OR high Blood Pressure* [tiab]) AND

(treatment [tiab] OR disease management [tiab]) AND

(exercise therapy [tiab] OR exercise therapies [tiab]) NOT

MEDLINE [sb])Equation de veille sur l’activité physique dans le traitement de l’HTA

(croisement d’une affiliation descripteur/qualificatif et d’un descripteur)

mot (pressure et pressures).

Cette troncature droite est plus

évidente dans la page précédente ou le

mot clé knee est recherché en tant que

knee et en tant que knees.

L’astérisque indique la troncature droite,

c’est-à-dire l’extension de la recherche à

tous les mots qui commencent par

« pressure », en pratique, cela

correspond au singulier et au pluriel du

La veille

Deux règles

Les mots qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre

parenthèses

Dans une équation, il doit y avoir autant de

parenthèses entrantes que de sortantes.

Deux exceptions

Si l’opérateur OR est le premier opérateur de

l’équation, les parenthèses sont superflues.

Si l’opérateur NOT concerne une partie seulement de

l’équation, placer une parenthèse au début de la

partie concernée et à la fin

mot clé1 AND (mot clé2

OR mot clé 3)

mot clé1 OR mot clé 2

AND mot clé 3

mot clé1 OR ((mot clé 2

OR mot clé 3) NOT mot

clé 4)

Parenthèses : règles et exceptions

Les flux RSS sont l’outil privilégié de la veille

RSS par marycat879 Licence CC BY

La veille

Un flux RSS (ou fil RSS) est un lien avec une page

évolutive.

Une page évolutive est une page dont le contenu

change fréquemment.

Exemples : la page d’actualités d’un site ou la page

d’accueil d’un blog.

Dans PubMed, la page de résultat d’une équation de

veille est aussi un bon exemple de page évolutive.

Son contenu change très régulièrement selon l’entrée

des références dans la banque de données

bibliographiques.

Dans PubMed, la veille se

fait au mieux avec un fil

RSS accroché à l’équation

de veille.

Qu’est-ce qu’un flux RSS ?

La veille

La gestion des flux RSS se fait en 3 temps.

Premier temps : repérage d’une « page à flux » :

- soit dans la barre de commandes du navigateur ;

- soit dans la page elle-même (logo RSS ou XML).

Deuxième temps : intégrer le flux dans votre

navigateur en suivant la procédure correspondant à

votre navigateur.

Dernier temps : veiller sur vos flux.

Là encore, cette veille s’exerce dans l’espace qui lui

est réservé dans votre navigateur.

La gestion de vos flux se

fait au mieux dans votre

navigateur.

Plus simplement que dans

un agrégateur de flux

de type Netvibes.

Comment gérer vos flux RSS ?

La veille

Dans PubMed, le logo Create RSS s’affiche sous la

fenêtre d’interrogation dès que le résultat de

l’équation est à l’écran.

Pour intégrer le flux dans votre navigateur, vous

devez :

- d’abord, suivre la procédure indiquée par PubMed

qui consiste à créer un fichier XML et à l’activer;

- ensuite, vous conformer aux modalités d’intégration

du flux dans votre navigateur, ce qui suppose de vous

abonner au flux.

L’intégration et la gestion

des flux RSS dépend de

votre navigateur

(Explorer, Firefox ou

Safari)

Le flux RSS d’une équation de veille

Plus

+Moulinettes et guide-âneOriginalité du guide

Maintenant, le « Grand Livre » aborde sur la pointe des pieds des services qu’il estime peu utiles, puis conclut avec les 10 points qui font son originalité

Les moulinettes sont-elles utiles ?

Boy making applesauce par woodleywonderworks Licence CC BY 2.0

Utiles ?

Votre objectif est de remplir une fenêtre

d’interrogation avec des mots clés, conformément au

langage et à la grammaire de PubMed.

Toutes les procédures plus ou moins automatiques

qui vous détournent de cet objectif doivent être

abandonnées.

C’est le cas des moulinettes, guide-âne et autres

services (de type MyNCBI) dont l’intérêt s’avère, à la

longue, des plus douteux et dont l’utilisation ne peut

être considérée comme sensée.

PubMed n’est pas une

machine à laver avec

des cadrans, des boutons

et des programmes qui

justifient son

apprentissage à l’aide de

vidéos ou de copies

d’écran.

Une utilisation sensée

Utiles ?

Les moulinettes « moulinent » votre équation pour :

- interroger PubMed à la Google ( Automatic Term

Mapping) ;

- formuler des équations toutes faites (Clinical

Queries) ;

- afficher des références voisines (Related Citations in

PubMed).

Ce n’est plus vous qui formulez, mais un robot qui

compare vos mots clés à des tables de

correspondance, ajoute un filtre à votre équation ou

algorithme cette dernière.

Les moulinettes vous font

perdre le contrôle de

vos équations

Les moulinettes

Utiles ?

Les guide-âne sont des poteaux indicateurs, des

cadrans, des manettes ou des boutons qui jalonnent

le chemin à emprunter pour interroger PubMed.

Désolé, mais vous n’avez nul besoin de signalétique

particulière pour trouver la fenêtre d’interrogation :

elle crève les yeux dès que la page d’accueil est à

l’écran.

Et formuler une équation de recherche ne nécessite

nullement de flécher un parcours, mais plus

simplement de comprendre ce qu’il faut mettre dans

la fenêtre.

Pourquoi emprunter un

chemin détourné,

même balisé, quand la

fenêtre d’interrogation

vous tend les bras.

Les guide-âne

Utiles ?

Rien sauf faire fonctionner une usine à gaz qui :

- veille (mal) car nulle part n’est indiquée comment

formuler une équation de veille !

- stocke (médiocrement) vos références car elle ne

peut être comparée à une bibliothèque de références

(comme End Note ou, à un degré au dessus, Zotero);

- personnalise les filtres (inutilement) car la gamme

des filtres est facilement accessible et rien ne justifie

d’avoir à portée de mains ceux que vous utilisez le

plus souvent.

Les principales

fonctions de MyNCBI

sont mieux assurées

par d’autres outils

Que faire avec MyNCBI ?

C’est la fin…

En prime : une « quatrième de couverture » qui rassemble les dix points originaux, ceux que les vidéos

et les copies d’écran ont oublié de mentionner…

MERCII

Aux photographes dont les clichés (sous licence Creative Commons Paternité CC BY 2.0) illustrent le Grand Livre de PubMed

How to photograph a squirrel par Mostly Danshttps://www.flickr.com/photos/dannyboymalinga/5111632774/Mozilla Paris Bugs Squashing Party#1 par mozilla paris https://www.flickr.com/photos/123602897@N04/14292486269/Le catalogue à roue de la BIUM par marleneDDhttps://www.flickr.com/photos/marlened/4486618966/

Reine par florent chretien Licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/125664736@N03/14641583414/[5/365] Silence in the Library (Explored) par pasukaru76 (domaine public Licence CC0 1.0) https://www.flickr.com/photos/38451115@N04/4960069667Google China par bfishadow Licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/bfishadow/5668460325/Greece sunset par MattJP licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/mattphipps/14471666201/Premier saut par Joseph Sardinhttps://www.flickr.com/photos/14328577@N08/4003784017/

Path par Nicholas A Tonellihttps://www.flickr.com/photos/14922165@N00/5236087033/P1010206 par Perin J-Chttps://www.flickr.com/photos/114382574@N05/12291407953/Help – I Need Somebody – Help par Au Kirk https://www.flickr.com/photos/64441474@N06/8730928210/Lost in thought par _MaRiNa_ https://www.flickr.com/photos/marinadelcastell/15123637900/New-Year’s Eve 2012-2013 par borteschristianhttps://www.flickr.com/photos/79653482@N00/8334263595/SAKURAKO – Came with me par MIKI yoshihitohttps://www.flickr.com/photos/7940758@N07/4568357972/

One par andrechinnhttps://www.flickr.com/photos/andrec/2893549851/Bicolor Filter par Fr Antuneshttps://www.flickr.com/photos/12285897@N00/2181507282/Poker par Boa-sorte&Carecahttps://www.flickr.com/photos/boasorteecareca/2568385468/Sometimes I Cry – I’m Only Human par MarleahJoyhttps://www.flickr.com/photos/93969271@N03/13153221935/_MG_6890.jpg par BF_OBrienhttps://www.flickr.com/photos/bfobrien/5886335491/Chess Play par Carlos Sauvageothttps://www.flickr.com/photos/131586579@N03/16791241012/

MERCII

Aux photographes dont les clichés (sous licence Creative Commons Paternité CC BY 2.0) illustrent le Grand Livre de PubMed

Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BYhttps://www.flickr.com/photos/44007425@N05/8307649138/French Restaurant par RubyGoeshttps://www.flickr.com/photos/rubygoes/13972035023/RSS par marycat879 https://www.flickr.com/photos/53384689@N06/4972331761/

Boy making applesauce par woodleywonderworkshttps://www.flickr.com/photos/wwworks/6223920013/

Photograph of Lady Bird Johnson Visiting a ClassroomThe US National Archives/Aucune restriction de droits d’auteur connue

https://www.flickr.com/photos/usnationalarchives/4100754477/Tree par Robert Couse-Baker https://www.flickr.com/photos/29233640@N07/14724197800/Scrable like game par Gergely Schmidt https://www.flickr.com/photos/schmidtgergely/3276642328/Doing math at Story Brook par Bryan Alexander https://www.flickr.com/photos/bryanalexander/17182506391/

Whiteboard par Anders Sandberg https://www.flickr.com/photos/arenamontanus/2392587656/Untitled vs untitled par Procsilas Moscashttps://www.flickr.com/photos/procsilas/1283513775/Enjoying a chat onboard ship, BrisbaneState Library of Queensland/Flickr : The Commonshttps://www.flickr.com/photos/statelibraryqueensland/4442639474/

A Nancy Duarte qui a créé les slidedocs et les modèles de maquette qui permettent de participer à l’aventure de ces présentations « à lire ».http://www.duarte.com/fr/slidedocs/

Au site Haiku Deck qui permet de faire des présentations ou seul l’essentiel est dit. https://www.haikudeck.com/