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dermatophytes chez un patient transplanté d’organe. Chaque cas sera rapporté selon un questionnaire standardisé. Re ´fe ´rences [1] Havlickova B, et al. Epidemiological trends in skin mycoses worldwide. Mycoses 2008;51:215. [2] Lanternier F, et al. Deep dermatophytosis and inherited CARD9 deficiency. N Engl J Med 2013;369:170414. [3] Muñoz-Pèrez MA, et al. Extensive and deep dermatophytosis caused by Trichophyton mentagrophytes var. interdigitalis in an HIV-1 positive patient. JEADV 2000;14:613. [4] Romero FA, et al. Majocchi’s granuloma in solid organ transplant recipients. Transpl Infect Dis 2011;13:42432. [5] TülinGüleç A, et al. Superficial fungal infections in 102 renal transplant recipients: a case-control study. J Am Acad Dermatol 2003;49:18792. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.011 11 Étude rétrospective nationale sur les infections à Candida du système nerveux central H. Chaussade a, * , L. Bernard a , X. Cazals b , O. Lortholary c,d , F. Lanternier c,d,e a Service de me ´decine interne et maladies infectieuses, CHU Bretonneau, Tours, France b Service de neuroradiologie, CHU Bretonneau, Tours, France c Service de maladies infectieuses et tropicales, ho ˆpital Necker, Paris, France d Centre national de re ´fe ´rence mycologie et antifongiques (CNRMA), Institut Pasteur, Paris, France e Laboratoire de ge ´ne ´tique humaine des maladies infectieuses, Inserm U980, universite ´ Paris Descartes, faculte ´ Necker, Paris, France *Auteur correspondant. Introduction.Les candidoses invasives sont la première cause d’infections fongiques invasives en France. Parmi ces infections, les localisations neurologiques sont rares et associées à un pronostic péjoratif. Les données de la littérature reposent sur des séries de cas ou autopsiques. Leurs caractéristiques épidémiologiques et cliniques sont donc peu connues. La prise en charge thérapeutique repose sur des recommandations de faible grade qui ne précisent pas la durée de traitement et n’intègrent pas les nouvelles molécules disponibles. De même, les facteurs de risque restent à préciser à l’image du déficit en CARD9 récemment identifié comme facteur de risque de ces infections [1]. En raison de la rareté des localisations cérébrales, il est important de constituer une cohorte rétrospective des infec- tions du SNC à Candida spp. à l’échelle nationale. Objectifs.Décrire l’épidémiologie, la présentation clinique et neuroradiologique et l’évolution des infections du SNC à Candida spp. en France. Décrire la prise en charge thérapeutique antifongique, neurochi- rurgicale et le pronostic. Rechercher une cause immunogénétique chez les patients sans facteur de risque identifié. Mate´rieletme´thodes.Étude rétrospective multicentrique natio- nale en France entre 2007 et 2012. Critères d’éligibilité : diagnostic d’infection du SNC à Candida spp. prouvée selon les critères EORTC (European Organization for Research and Treatment of Cancer) 2008, infection communautaire ou liée aux soins et survenue après les 28 premiers jours de vie. Chaque cas sera rapporté à l’aide d’un questionnaire standardisé. Il comprendra des rubriques sur : l’épidémiologie, la clinique, les données para-cliniques, biologiques, l’imagerie, l’histologie et la culture de tissu, le traitement antifongique, le traitement neuro- chirurgical et l’évolution. Les imageries cérébrales initiales et de suivi seront relues après anonymisation selon une grille de lecture pré-établie. En l’absence de facteur de risque, proposition de participation au protocole de recherche Inserm C 10-14 (unité de génétique humaine des maladies infectieuses, Institut imagine) ayant pour objectif d’identifier une étiologie immunogénétique à l’infection, en premier lieu un déficit en CARD9. Re ´fe ´rence [1] Lanternier F, et al. Inherited CARD9 deficiency in otherwise healthy adults with encephalitis caused by Candida. Submitted. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.012 12 Apport du séquençage à haut débit en mycologie médicale F. Botterel Laboratoire de parasitologie-mycologie, APHP, DHU VIC, Paris, Frane L’utilisation actuelle des technologies haut-débit de séquençage nouvelle génération change les pratiques du paysage scientifique en microbiologie, et notamment en mycologie médicale. Le séque- nçage à haut débit HTS (pour High-Throughput Sequencing) aussi appelé NGS (pour Next-Generation Sequencing) est un ensemble de méthodes apparues à partir de 2005 permettant de séquencer un grand nombre de fragments simultanément à partir de molécules uniques d’ADN. Ces méthodes s’affranchissent des étapes de clonage et de constitution de banques génomiques. Nous aborderons d’abord le principe commun aux différentes tech- nologies de NGS avant de comparer les intérêts et limites de chacune d’entre elles. Nous aborderons ensuite les applications possibles en mycologie suivies de quelques exemples : approche génomique permettant, grâce au séquençage d’un génome complet ou d’une portion de génome, d’aborder l’épidé- miologie moléculaire des champignons et la détection de facteurs de virulence ; approche de détection des résistances avec un séquençage « en profondeur » de régions restreintes pour mettre en évidence des variations génétiques très faiblement représentées au sein d’un échantillon ; approche métagénomique qui étudie la diversité microbienne d’un écosystème dans son ensemble (microbiote) au sein d’échan- tillons cliniques complexes (selles, prélèvements respiratoires ...). La métagénomique permet aussi de découvrir des nouvelles séquences, provenant d’espèces non décrites inconnues. Grâce à ces techniques de séquençage à haut débit, il est donc désormais possible de détecter et de caractériser rapidement des agents pathogènes connus ou émergents, d’observer des infections causées par plusieurs agents pathogènes et de cartographier les populations fongiques et leurs sous-populations. On peut aussi s’interroger sur les différences microbiologiques entre Homme « sain » et « malade » et de progresser dans la physiopathologie et les étiologies de certaines maladies infectieuses. Néanmoins, ces nouvelles technologies nécessitent des évaluations indépendantes et comparatives qui restent à définir selon les besoins de notre dis- cipline afin de répondre à des questions précises avant de passer à une échelle plus large en pratique clinique. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.013 13 Apport du séquençage à haut débit à la compréhension des mécanismes impliqués dans l’évolution du génome de Candida albicans M.-E. Bougnoux Ho ˆpital NeckerEnfants-Malades, Paris, France Résumé non communiqué. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.014 114 Compte rendu de congrès/Proceeding of congress

Apport du séquençage à haut débit à la compréhension des mécanismes impliqués dans l’évolution du génome de Candida albicans

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dermatophytes chez un patient transplanté d’organe. Chaque cassera rapporté selon un questionnaire standardisé.References[1] Havlickova B, et al. Epidemiological trends in skin mycosesworldwide. Mycoses 2008;51:2—15.[2] Lanternier F, et al. Deep dermatophytosis and inheritedCARD9 deficiency. N Engl J Med 2013;369:1704—14.[3] Muñoz-Pèrez MA, et al. Extensive and deep dermatophytosiscaused by Trichophyton mentagrophytes var. interdigitalis in anHIV-1 positive patient. JEADV 2000;14:61—3.[4] Romero FA, et al. Majocchi’s granuloma in solid organ transplantrecipients. Transpl Infect Dis 2011;13:424—32.[5] TülinGüleç A, et al. Superficial fungal infections in 102 renaltransplant recipients: a case-control study. J Am Acad Dermatol2003;49:187—92.

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Étude rétrospective nationale sur lesinfections à Candida du systèmenerveux centralH. Chaussade a,*, L. Bernard a, X. Cazals b,O. Lortholary c,d, F. Lanternier c,d,e

a Service de medecine interne et maladies infectieuses, CHUBretonneau, Tours, Franceb Service de neuroradiologie, CHU Bretonneau, Tours, Francec Service de maladies infectieuses et tropicales, hopital Necker,Paris, Franced Centre national de reference mycologie et antifongiques(CNRMA), Institut Pasteur, Paris, Francee Laboratoire de genetique humaine des maladies infectieuses,Inserm U980, universite Paris Descartes, faculte Necker, Paris,France*Auteur correspondant.

Introduction.— Les candidoses invasives sont la première caused’infections fongiques invasives en France. Parmi ces infections,les localisations neurologiques sont rares et associées à un pronosticpéjoratif. Les données de la littérature reposent sur des séries de casou autopsiques. Leurs caractéristiques épidémiologiques et cliniquessont donc peu connues. La prise en charge thérapeutique repose surdes recommandations de faible grade qui ne précisent pas la duréede traitement et n’intègrent pas les nouvelles molécules disponibles.De même, les facteurs de risque restent à préciser à l’image dudéficit en CARD9 récemment identifié comme facteur de risque deces infections [1]. En raison de la rareté des localisations cérébrales,il est important de constituer une cohorte rétrospective des infec-tions du SNC à Candida spp. à l’échelle nationale.Objectifs.— Décrire l’épidémiologie, la présentation clinique etneuroradiologique et l’évolution des infections du SNC à Candidaspp. en France.Décrire la prise en charge thérapeutique antifongique, neurochi-rurgicale et le pronostic.Rechercher une cause immunogénétique chez les patients sansfacteur de risque identifié.Materiel et methodes.— Étude rétrospective multicentrique natio-nale en France entre 2007 et 2012.Critères d’éligibilité : diagnostic d’infection du SNC à Candida spp.prouvée selon les critères EORTC (European Organization forResearch and Treatment of Cancer) 2008, infection communautaireou liée aux soins et survenue après les 28 premiers jours de vie.Chaque cas sera rapporté à l’aide d’un questionnaire standardisé. Ilcomprendra des rubriques sur : l’épidémiologie, la clinique, lesdonnées para-cliniques, biologiques, l’imagerie, l’histologie et laculture de tissu, le traitement antifongique, le traitement neuro-chirurgical et l’évolution. Les imageries cérébrales initiales et desuivi seront relues après anonymisation selon une grille de lecture

pré-établie. En l’absence de facteur de risque, proposition departicipation au protocole de recherche Inserm C 10-14 (unité degénétique humaine des maladies infectieuses, Institut imagine)ayant pour objectif d’identifier une étiologie immunogénétique àl’infection, en premier lieu un déficit en CARD9.Reference[1] Lanternier F, et al. Inherited CARD9 deficiency in otherwise

healthy adults with encephalitis caused by Candida. Submitted.

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Apport du séquençage à haut débit enmycologie médicaleF. BotterelLaboratoire de parasitologie-mycologie, AP—HP, DHU VIC, Paris,Frane

L’utilisation actuelle des technologies haut-débit de séquençagenouvelle génération change les pratiques du paysage scientifiqueen microbiologie, et notamment en mycologie médicale. Le séque-nçage à haut débit HTS (pour High-Throughput Sequencing) aussiappelé NGS (pour Next-Generation Sequencing) est un ensemble deméthodes apparues à partir de 2005 permettant de séquencer ungrand nombre de fragments simultanément à partir de moléculesuniques d’ADN. Ces méthodes s’affranchissent des étapes de clonageet de constitution de banques génomiques.Nous aborderons d’abord le principe commun aux différentes tech-nologies de NGS avant de comparer les intérêts et limites de chacuned’entre elles. Nous aborderons ensuite les applications possibles enmycologie suivies de quelques exemples :— approche génomique permettant, grâce au séquençage d’ungénome complet ou d’une portion de génome, d’aborder l’épidé-miologie moléculaire des champignons et la détection de facteurs devirulence ;— approche de détection des résistances avec un séquençage « enprofondeur » de régions restreintes pour mettre en évidence desvariations génétiques très faiblement représentées au sein d’unéchantillon ;— approche métagénomique qui étudie la diversité microbienned’un écosystème dans son ensemble (microbiote) au sein d’échan-tillons cliniques complexes (selles, prélèvements respiratoires ...).La métagénomique permet aussi de découvrir des nouvellesséquences, provenant d’espèces non décrites inconnues.Grâce à ces techniques de séquençage à haut débit, il est doncdésormais possible de détecter et de caractériser rapidement desagents pathogènes connus ou émergents, d’observer des infectionscausées par plusieurs agents pathogènes et de cartographier lespopulations fongiques et leurs sous-populations. On peut aussis’interroger sur les différences microbiologiques entre Homme« sain » et « malade » et de progresser dans la physiopathologieet les étiologies de certaines maladies infectieuses. Néanmoins, cesnouvelles technologies nécessitent des évaluations indépendantes etcomparatives qui restent à définir selon les besoins de notre dis-cipline afin de répondre à des questions précises avant de passer àune échelle plus large en pratique clinique.

http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.013

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Apport du séquençage à haut débit à lacompréhension des mécanismesimpliqués dans l’évolution du génomede Candida albicansM.-E. BougnouxHopital Necker—Enfants-Malades, Paris, France

Résumé non communiqué.

http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.06.014

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