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Licence des Sciences de la Vie et de la Santé Université de Nice – Sophia Antipolis 2012-2016 Synopsis

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Licence des Sciences de la Vie et de la Santé

Université de Nice – Sophia Antipolis

2012-2016

Synopsis

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Table des Matières

Structuration et Parcours de formation de la Licence SVS 4 Licence 1 4 Licence 2 4 Licence 3 5

Synopsis des UE et Parcours de formation de la Licence SVS 6 L1 Semestre 1 6 L1 Semestre 2 6 L2 Semestre 3 7 L2 Semestre 4 8 L3 Semestre 5 9 L3 Semestre 6 11

Fiches descriptives des UE de L1 13 Semestre 1 13 Semestre 2 18

Fiches descriptives des UE de L2 24 Semestre 3 24 Semestre 4 28

Fiches descriptives des UE de L3 38 Semestre 5 38 Semestre 6 53

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Structuration et Parcours de formation de la Licence SVS

Licence 1

Licence 2

UE ECTS

Semestre 3

P1 BC P2 BOST P5 BIM

Biochimie, enzymologie et Métabolisme Carboné 9 UE communeOrganisation du vivant animal et végétal 6Microbiologie générale 4 UE spécifique (obligatoire)Physiologie Cellulaire Animale 4Anglais 2 UE libreChimie Organique et Fonctionnelle 3Dynamique des enveloppes terrestres 3Modélisation pour la biologie 2Projet Pluridisciplinaire 4UE libre (dynamique de systèmes organisés conseillé) 2

Semestre 4

Génétique formelle 2 - Génie Génétique 5 UE commune

Génétique des populations 4

Biologie Cellulaire 3 UE spécifique (obligatoire)

Physiologie et Nutrition végétale 3

Embryologie 2 UE Optionnelle 2 ECTSAnglais 2Neurobiologie 4 UE libreChimie Biologique 3Faune et Flore 5Géologie 2Biologie en pratique 2Chimie en pratique 2Drogues et Sport 2Molécules Aromatiques et Médicinales 2Chimie atmosphérique 2Projet Biodiversité 2Terre Soleil Environnement 2Projet pluridisciplinaire 6UE libre 2

L2

UE ECTS

Semestre 1

Molécules de la Vie 6 UE communeOrganisation de la cellule eucaryote 6Origine de la vie, biologie évolutive et facteurs de répartition de la biodiversité actuelle 6Chimie 1 4Génétique formelle 1 3Mathématique pour les biologistes 1 3Méthodologie du travail Universitaire 3

Semestre 2

Physique pour les biologistes 5Chimie 2 4Diversité du vivant Animal et Végétal 4Biologie de la Reproduction 3Les Enjeux du Monde Végétal 3Mathématiques pour les biologistes 2 3Découverte des métiers et développement du Projet professionnel 2Physiologie animale et neurophysiologie 2Anglais 2Certificat Internet et Informatique 2

L1

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5

Licence 3

UE ECTS

Semestre 5

P1 IDS P2 BMG P3 BPN P4 BOE P5 SVT P6 BIM

Structure et expression des génomes 4 UE communeEpistémologie 2Immunologie 1 2 UE spécifique (obligatoire)Statistiques 4Anglais ou préparation au TOEIC 2 UE Optionnelle 4 Grandes Fonctions Animales (IDS, BMG, BPN) 4Grandes Fonctions Animales (BOE, SVT) 4 UE Optionnelle 2 MET 1 Démarche qualité, gestion de projet et documentaire 4LEG : Bases juridiques 4COM 1 : techniques de communication, English for public health 4Biochimie structurale et régulations enzymatiques 4Signalisation cellulaire 4Génétique des Eucaryotes 2Neurobiologie Cognitive et Comportementale 4Physiologie humaine en conditions extrêmes 2Immunologie 2 2Biologie des Interactions 2Dynamique des populations 4Ecosystèmes 4Biologie Comportementale et Ethologie 2Endocrinologie Signalisation 2Biologie animale, reproduction 3Minéralogie et pétrologie sédimentaire 4Pétrologie magmatique et métamorphique 4Projet tuteuré / Didactique 3Projet pluridisciplinaire 4

Semestre 6 P1 IDS P4 BOE P5 SVT P6 BIM

Option 1 Option 2 Option 1 Option 2

Bioinformatique appliquée, analyse de séquences 4 UE communeStage en établissement de santé 2Stage pratique / bibliographique 2 UE spécifique (obligatoire)Communication en environnement 2Stage en établissement scolaire 2 UE Optionnelle 4MET 2 : Normes 2RIS : Hygiène stérilisation et risques chimiques 4 UE Optionnelle 2COM 2 : RH - English for public Health 4TEC : Bases de la recherche clinique 4 UE libreSVS : Sécurité et vigilance sanitaires 4

Biologie du développement animal 4Physiopathologie de la nutrition et du métabolisme 4Evolution moléculaire et phylogenèse 4Biotechnologies 4Régulations géniques procaryotes 4Endocrinologie générale 4Biologie du développement végétal (option 2) 4Réponses des plantes à l'environnement (option 2) 4Neurobiologie des pathologies cérébrales 4Pharmacologie fondamentale et appliquée 4Techniques d'exploration fonctionnelle 4

Canaux Ioniques : Bases théoriques et moléculaires(option 2) 4Imagerie tissulaire 4Analyse de métabolites secondaires 4Biodiversité 3Introduction à l'écotoxicologie 2Biologie des adaptations et écophysiologie 4Ecologie et biologie marine 3Paléoenvironnement 2Botanique, systématique, phylogenèse 4Biologie cellulaire, neurophysiologie 4Physiologie biotechnologie végétale 4Dynamique externe - Géomorphologie et Paléoclimat 4Evolution de la Terre 4Géodynamique interne 4Tectonique et dynamique de la lithosphère 4Projet pluridisciplinaire en académique ou industriel en anglais 6Initiation à la programmation 4Algorithmique et strucuture des données 4Bases mathématiques des statistiques 4UE libre 2

P2 BMG P3 BPN

L3

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Synopsis des UE et Parcours de formation de la Licence SVS

L1 Semestre 1

Molécules de la Vie 6 ECTS Organisation de la cellule eucaryote 6 ECTS Origine de la vie, biologie Evolutive et Facteurs de Répartition de la Biodiversité actuelle 6 ECTS Chimie 1 4 ECTS Génétique formelle 1 2 ECTS Mathématique pour les biologistes 1 3 ECTS Méthodologie du travail Universitaire 3 ECTS

L1 Semestre 2

Physique pour les biologistes 5 ECTS Chimie 2 4 ECTS Diversité du vivant Animal et Végétal 4 ECTS Biologie de la Reproduction 3 ECTS Les Enjeux du Monde Végétal 3 ECTS Mathématiques pour les biologistes 2 3 ECTS Découverte des métiers et développement du Projet professionnel 2 ECTS Physiologie animale et neurophysiologie 2 ECTS Anglais 2 ECTS Certificat informatique et internet (C2i) 2 ECTS

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L2 Semestre 3

3 Parcours

1. Biologie et chimie 2. Biologie des organismes,

sciences de la terre

3. Biologie, informatique,

mathématiques

UE communes

Biochimie, enzymologie et Métabolisme Carboné (9 ECTS, 92 h) Organisation du vivant animal et végétal (6 ECTS, 72 h) Microbiologie générale (sauf parcours BIM) (4 ECTS, 34 h) Physiologie Cellulaire Animale (4 ECTS, 34 h) Anglais (2 ECTS, 18 h) UE libre (2 ECTS, 20 h)

UE spécifiques

Parcours 1

Chimie Organique et Fonctionnelle (3 ECTS, 32 h)

Parcours 2 Dynamique des enveloppes terrestres (3 ECTS, 20 h)

Parcours 3

Projet pluridisciplinaire (5 ECTS, 40 h) Modélisation pour la biologie (2 ECTS, 20 h)

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L2 Semestre 4

3 Parcours

1. Biologie moléculaire,

biochimie, génétique, physiologie, neurobiologie

2. Biologie des organismes,

écosystèmes, sciences de la vie et de la terre

3. Biologie, informatique,

mathématiques

UE communes

Génétique formelle 2 - Génie Génétique (5 ECTS, 50 h) Génétique des populations (4 ECTS, 36 h) Biologie Cellulaire (3 ECTS, 36 h) Physiologie et Nutrition végétale (3 ECTS, 36 h) Embryologie (2 ECTS, 23 h) Anglais (sauf parcours BIM) (2 ECTS, 18 h) UE libre (sauf parcours BIM) (2 ECTS, 20 h)

UE spécifiques

Parcours 1

Neurobiologie (4 ECTS, 36 h) Chimie Biologique (3 ECTS, 26 h)

Parcours 2

Faune et Flore (5 ECTS, 44 h) Géologie (2 ECTS, 18 h)

Parcours 3

Neurobiologie (4 ECTS, 36 h) Chimie Biologique (3 ECTS, 26 h) Projet pluridisciplinaire (6 ECTS, 60 h)

UE optionnelles

Parcours 1 2 ECTS au choix parmi

Biologie en pratique (2 ECTS, 20 h) Chimie en pratique (2 ECTS, 24 h) Drogues et Sport (2 ECTS, 20 h) Molécules Aromatiques et Médicinales (2 ECTS, 24 h)

Parcours 2

2 ECTS au choix parmi Projet Biodiversité (2 ECTS, 20 h) Terre Soleil Environnement (2 ECTS, 20 h) Chimie atmosphérique (2 ECTS, 20 h)

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L3 Semestre 5

6 Parcours

1. Ingénierie de la Santé

(IDS)

2. Biologie Moléculaire

et Génétique (BMG)

3. Biochimie Physiologie

Neurobiologie (BPN)

4. Biologie des

Organismes Ecosystèmes

(BOE)

5. Sciences de la Vie et

de la Terre (SVT)

6. Biologie Informatique

Mathématiques (BIM)

UE communes

Structure et expression des génomes (4 ECTS, 50 h) Epistémologie (2 ECTS, 20 h) Immunologie 1 (2 ECTS, 20 h) Anglais ou préparation au TOEIC (2 ECTS, 20 h)

UE commune aux parcours 1, 2, 3, 4, 6

Statistiques (4 ECTS, 40 h)

UE commune aux parcours 1, 2, 3, 6

Grandes Fonctions Animales (IDS, BMG, BPN, BIM) (4 ECTS, 40 h) UE commune aux parcours 4, 5

Grandes Fonctions Animales (BOE, SVT) (4 ECTS, 52 h) UE spécifiques

Parcours 1 (IDS)

MET1 : Démarche qualité, gestion de projet et documentaire (4 ECTS, 40 h) LEG : Bases juridiques applicables à la santé et aux soins (4 ECTS, 40 h) COM1 : techniques de communication, english for public health (4 ECTS, 40 h)

Parcours 2 (BMG)

Biochimie structurale et régulations enzymatiques (4 ECTS, 40 h) Signalisation cellulaire (4 ECTS, 40 h) Génétique des Eucaryotes (2 ECTS, 20 h)

2 ECTS au choix parmi

Biologie des Interactions (2 ECTS, 20 h) Immunologie 2 (2 ECTS, 20 h)

Parcours 3 (BPN)

Biochimie structurale et régulations enzymatiques (4 ECTS, 40 h) Signalisation cellulaire (4 ECTS, 40 h)

4 ECTS au choix parmi

Neurobiologie Cognitive et Comportementale (4 ECTS, 40 h) Immunologie 2 (2 ECTS, 20 h) Physiologie humaine en conditions extrêmes (2 ECTS, 20 h)

Parcours 4 (BOE)

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Dynamique des populations (4 ECTS, 30 h) Ecosystèmes (4 ECTS, 34 h) Biologie des Interactions (2 ECTS, 20 h)

2 ECTS au choix parmi

Biologie Comportementale et Ethologie (2 ECTS, 20 h) Endocrinologie Signalisation (2 ECTS, 28 h)

Parcours 5 (SVT)

Biologie animale, reproduction (3 ECTS, 35 h) Minéralogie et pétrologie sédimentaire (4 ECTS, 40 h) Pétrologie magmatique et métamorphique (4 ECTS, 40 h) Endocrinologie Signalisation (2 ECTS, 28 h) Projet tuteuré / Didactique (3 ECTS, 28 h)

Parcours 6 (BIM) Biochimie structurale et régulations enzymatiques (4 ECTS, 40 h) Projet pluridisciplinaire (4 ECTS, 54 h)

2 ECTS au choix parmi

Neurobiologie Cognitive et Comportementale (4 ECTS, 40 h) Dynamique des populations (4 ECTS, 30 h)

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L3 Semestre 6

6 Parcours dont 2 à deux options

1. Ingénierie de la Santé

(IDS)

2. Biologie Moléculaire

et Génétique (BMG)

1. animal 2. végétal

3. Biochimie Physiologie

Neurobiologie (BPN)

1. physiologie 2.pharmacologie

4. Biologie des

Organismes Ecosystèmes

(BOE)

5. Sciences de la Vie et

de la Terre (SVT)

6. Biologie Informatique

Mathématiques (BIM)

UE communes aux parcours 1, 2, 3, 4, 6

Bioinformatique appliquée à l'analyse de séquences (4 ECTS, 36 h) UE libre (sauf parcours 6) (2 ECTS, 20 h)

UE spécifiques

Parcours 1 (IDS) Stage en établissement de santé (2 ECTS, 20 h) MET2 : Normes (2 ECTS, 20 h) RIS : Hygiène stérilisation, risques chimiques (4 ECTS, 40 h) COM2 : RH, english for public health (4 ECTS, 40 h) TEC : Bases de recherche clinique (4 ECTS, 40 h) SVS : Sécurité et vigilance sanitaires (4 ECTS, 40 h)

4 ECTS au choix parmi Physiopathologie de la nutrition et du métabolisme (4 ECTS, 30 h) Biotechnologies (4 ECTS, 40 h) Pharmacologie fondamentale et appliquée (4 ECTS, 40 h) Base mathématique des statistiques (4 ECTS, 40 h)

Parcours 2 (BMG option 1 = animal, BMG option 2 = végétal)

Biotechnologies (4 ECTS, 40 h) Evolution moléculaire et phylogenèse (4 ECTS, 40 h) Biologie du développement animal (option 1) (4 ECTS, 48 h) Endocrinologie générale (option 1) (4 ECTS, 30 h) Biologie du développement végétal (option 2) (4 ECTS, 41 h) Réponses des plantes à l'environnement (option 2) (4 ECTS, 40 h) Régulations géniques procaryotes (4 ECTS, 46 h)

4 ECTS au choix parmi Imagerie tissulaire (4 ECTS, 36 h) Techniques d'exploration fonctionnelle (4 ECTS, 40 h)

Parcours 3 (BPN option 1 = physiologie, BPN option 2 = pharmacologie)

Endocrinologie générale (4 ECTS, 30 h) Neurobiologie des pathologies cérébrales (4 ECTS, 40 h) Pharmacologie fondamentale et appliquée (4 ECTS, 40 h) Techniques d'exploration fonctionnelle (4 ECTS, 40 h)

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Physiopathologie de la nutrition et du métabolisme (option 1) (4 ECTS, 30 h) Canaux Ioniques : Bases théoriques et moléculaires(option 2) (4 ECTS, 30 h)

4 ECTS au choix parmi Biotechnologies (4 ECTS, 40 h) Imagerie tissulaire (4 ECTS, 36 h) Analyse de métabolites secondaires (4 ECTS, 44 h)

Parcours 4 (BOE)

Biodiversité (3 ECTS, 34 h) Evolution moléculaire et phylogenèse (4 ECTS, 40 h) Biologie des adaptations et écophysiologie (4 ECTS, 38 h) Ecologie et biologie marine (3 ECTS, 33 h) Introduction à l'écotoxicologie (2 ECTS, 16 h) Paléoenvironnement (2 ECTS, 20 h)

2 ECTS au choix parmi

Stage pratique / bibliographique (2 ECTS, 20 h) Communication en environnement (2 ECTS, 20 h)

4 ECTS au choix parmi

Botanique, systématique, phylogenèse (4 ECTS, 44 h) Biologie du développement animal (4 ECTS, 48 h)

Parcours 5 (SVT)

Stage en établissement scolaire (2 ECTS, 20 h) Botanique, systématique, phylogenèse (4 ECTS, 44 h) Dynamique externe - Géomorphologie et Paléoclimat (4 ECTS, 46 h) Géodynamique interne (4 ECTS, 34 h) Evolution de la Terre (4 ECTS, 40 h) Biologie cellulaire, neurophysiologie (4 ECTS, 49 h) Physiologie biotechnologie végétale (4 ECTS, 45 h) Tectonique et dynamique de la lithosphère (4 ECTS, 40 h)

Parcours 6 (BIM)

Algorithmique et structure de données (4 ECTS, 40 h) Evolution moléculaire et phylogenèse (4 ECTS, 40 h) Base mathématique des statistiques (4 ECTS, 40 h) Initiation à la programmation (4 ECTS, 40 h) Projet pluridisciplinaire académique ou industriel en anglais (6 ECTS, 50 h)

4 ECTS au choix parmi

Biotechnologies (4 ECTS, 40 h) Pharmacologie fondamentale et appliquée (4 ECTS, 40 h) Biologie des adaptations et écophysiologie (4 ECTS, 38 h)

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Fiches descriptives des UE de L1

Semestre 1 Molécules de la Vie (6 ECTS) Responsable : Laurent COUNILLON

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

26 h 14 h 6 h

Objectifs

- Acquisition des connaissances et des raisonnements de base pour ce qui concerne les grands mécanismes moléculaires des systèmes biologiques par l'étude de la structure et des mécanismes de fonctionnement des grandes catégories de macromolécules biologiques. - Acquisition des méthodes permettant de traiter des problèmes élémentaires de biochimie et biologie moléculaire. Contenus Cours

Logique moléculaire du monde vivant : définition des systèmes biologiques, importance de l’approche moléculaire, notion d’énergie, atomes et liaisons présents dans les systèmes biologiques. Ionisation des molécules biologiques. Protéines : acides aminés, structures primaires, secondaires et tertiaires. Méthodes de purification et d’étude. Caractéristiques principales des sucres et des lipides. Structure et propriétés de la molécule d’ADN. Bases moléculaires de la réplication, transcription et traduction. Manipulations expérimentales du matériel génétique : plasmides, enzymes et cartes de restriction. Travaux Dirigés

Calculs de base concernant les solutions biologiques. pH, pKa ,tampons. Propriétés, ionisation des acides aminés, ionisation et séquence des peptides. Utilisation du code génétique, cartographie de restriction. Glucides et Lipides. Travaux Pratiques

Initiation aux méthodologies de laboratoire : dilutions, micro-pipetage, spectrophotométrie. Manipulation de l’ADN génomique et plasmide: purification, restriction, séparation sur gel. Manipulation des protéines : électrophorèse comparée d'hémoglobine sauvage ou mutée. Dosage au réactif de Bradford : courbe étalon, détermination de concentration. Compétences - scientifiques : intégration des objectifs d’une expérience. Compréhension de mécanismes scientifiques,. Méthodologie de laboratoire : utilisation du matériel, , suivi d'un protocole expérimental. Description et analyse de résultats expérimentaux - transversales : restitution des résultats obtenus sous forme de compte-rendu ou de schémas légendés. Respect des bonnes pratiques de laboratoire, gestion du risque chimique. Organisation de la cellule eucaryote (6 ECTS) Responsable : Sabine Lindenthal

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

34 h 10 h 12 h

Objectifs - Présentation de l'organisation cellulaire et de sa dynamique.

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- Initiation aux méthodologies de laboratoire. Observation au microscope. Restitution synthétique. Analyse et interprétation argumentée d'échantillons. Contenus Cours

Structure et fonction de la membrane biologique et des différents compartiments de la cellule animale et végétale. Bases de la division cellulaire et de la régulation du cycle cellulaire. Spécificités de la cellule végétale (paroi, plasmodesmes, vacuole, plastes, composés originaux). Travaux Pratiques

Cellules animales Initiation au microscope optique (MO). Préparation (fixation et coloration) d'échantillons pour observation au MO. Reconnaissance de types cellulaires d’un frottis sanguin coloré et d’un frottis buccal préparé en séance. Analyse comparée et représentation des différentes phases de la mitose de cellules animales et végétales sur préparations effectuées en séance. Observation comparée des cellules animales et végétales. Observation du cytosquelette. Cellules végétales Caractérisation biochimique et rôle de polymères structuraux et de réserve : amidon, cellulose, pectine. Etude des caractéristiques chimiques des polymères de la paroi pecto-cellulosique en relation avec la particularité des cellules végétales. Caractérisation de composés stockés dans la vacuole. Rôle dans le stockage de composés issus du métabolisme secondaire. Analyse chromatographique ou spectrophotométrique du contenu en pigments de pétales de fleurs ou de fruits. Compétences - scientifiques : Bases fondamentales de la biologie. Maîtrise de techniques d'histologie. Utilisation du matériel élémentaire de laboratoire. Description et analyse de résultats expérimentaux. -transversales : Apprentissage des méthodes de restitution des résultats obtenus sous forme de compte-rendu ou de schémas légendés. Apprentissage du respect des bonnes pratiques de laboratoire, de la gestion du risque chimique. Origine de la vie, biologie évolutive et facteurs de répartition de la biodiversité actuelle (6 ECTS) Responsable : Didier Forcioli

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

44 h 4 h 6 h

Objectifs

- Introduction à l’histoire (scientifique !) de la colonisation de la terre par les organismes. - Présentation des théories scientifiques explicatives de l'histoire du vivant. - Compréhension de la vision actuelle de la théorie de l'Evolution. Notion d'espèce - Définition et caractérisation de la biodiversité. Contenus

Cours Premières traces du vivant. Transition bactéries – eucaryotes. Passage aux formes pluricellulaires. Acquisitions scientifiques récentes. Théories de l’évolution, Darwinisme. Notion d’espèce et de spéciation. Concept de gène égoïste et ses conséquences. Bases de l’écologie comportementale et de la théorie des jeux. Sélection naturelle et spéciation, coévolution hôte/parasite : notions approfondies en TD.

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Les grands systèmes de répartition des écosystèmes (Historiques –dérive des continents – et répartition selon la latitude, l’altitude et la bathymétrique). La notion de facteur limitant. Les facteurs de répartition abiotiques et biotiques. Introduction au vocabulaire écologique concernant la répartition des espèces. Travaux Pratiques TP1 : La classification du monde vivant : les bases de la phylogénie TP 2 : Un exemple d’écologie comportementale et de théorie des jeux Compétences -scientifiques : Acquisition du raisonnement évolutioniste, important pour les métiers de la recherche et de l’enseignement. Notion d'écosystème. -transversales : Réflexion sur thématique d’actualité. Analyse et restitution de résultats. Génétique formelle 1 (2 ECTS) Responsable : Sophie Raisin

C Magistraux T Dirigés 10 h 12 h

Objectifs Maîtrise et manipulations pratique des concepts fondamentaux de la génétique Mendélienne. Acquisition des raisonnements de génétique formelle à partir de l'analyse de données. Contenus Mutations, notion de dominance/récessivité (lien avec les mutations au niveau moléculaire) Relation gène-caractère Génétique des diploïdes : Lois de Mendel Monohybridisme Mutations létales, liaison au sexe Dihybridisme Liaison génétique, cartographie Compétences

- scientifiques : Bases fondamentales de la génétique mendélienne. - transversales : Analyse, compréhension et restitution de résultats. Chimie 1 (4 ECTS) Responsable : Nathalie Sauret

C Magistraux T Dirigés 20 h 24 h

Objectifs Atomistique, Chimie Structurale : Etablir une structure électronique : Lewis. Définir une organisation structurale autour d’un atome central : VSEPR et hybridation. Comprendre l’organisation structurale et tridimensionnelle d’un édifice macromoléculaire Thermochimie : Comprendre par l’exemple les principes associés à l’échange d’énergie des systèmes se transformant. Comprendre la notion d’équilibre chimique. Application des notions théoriques sur des exemples pratiques

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Contenus

Cours/TD d’atomistique Atomistique : Configuration électronique d’un atome et sa place dans le tableau périodique Lewis et VESPR : Mode de liaison et organisation structurale tridimensionnelle d’un ou autour d’un atome Mode de liaison dans un système moléculaire complexe Les différents modes de liaison. Cours/TD de Thermochimie Principes fondamentaux de thermodynamique et application à la biologie : 1er et 2nd principe Utilisation des fonctions thermodynamiques. Etude de bilans énergétiques. Prévision d’évolution des systèmes Equilibres chimiques en phase homogène Equilibre en phase gazeuse constante, thermodynamique, loi de déplacement de l'équilibre chimique, influence de la température sur la constante d'équilibre. Equilibres chimiques en phase liquide homogène – Application aux échanges de protons. Compétences

-scientifiques : Utiliser les outils mathématiques de base enseignés au lycée (M) Utiliser les bases de la thermodynamique chimique pour prévoir les échanges d’énergie principalement appliqués aux réactions chimiques (U) Connaître le lien entre les concepts de la thermodynamique et la thermochimie des équilibres (constantes d’équilibre par exemple, définies au lycée dans une première approche) (U) -transversales : Travailler en autonomie (U), Faire preuve de capacité d’abstraction (U), Savoir résoudre un problème complexe en utilisant les connaissances de base et une démarche analytique Mathématique pour les biologistes 1 (3 ECTS) Responsable : Francine Diener

C Intégrés T Dirigés

10 h 10 h

Objectifs

Se familiariser avec des outils mathématiques et statistiques de base utiles en biologie Développer la confiance et la motivation par rapport à ces outils. Introduire tous les outils à travers des modèles biologiques simples. Manipuler ces outils dans des cas dépouillés de complications techniques. Contenus

Modèles de chaînes de Markov finies, dynamique donnée par les itérés de la matrice de transition, convergence vers un état stationnaire (théorème de Perron-Frobenius) Modèles de Leslie de populations structurées en ages Modèles d’équations différentielles simples (exponentiel et logistique), méthode d’Euler de calcul approché de solutions. Séries statistiques à une et deux dimensions, initiation à la régression linéaire. Compétences

-scientifiques : Savoir passer d’une situation concrète à son modèle mathématique et vice-versa

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Savoir retirer par un calcul portant sur le modèle mathématique des informations quantitatives et qualitatives sur la situation concrète étudiée. Utilisation maîtrisée d’outils mathématiques et statistiques simples -transversales : Rédiger un calcul simple et savoir expliquer et interpréter ses résultats Savoir travailler en groupe de deux ou trois Lire et comprendre une formule mathématique et un graphique simple Méthodologie du travail Universitaire (3 ECTS) Responsables : Dominique Laredo, Jean-Luc Rallo, Pierre-Laurent Merle

C Magistraux T Dirigés

4 h 22 h

Objectifs

Familiarisation avec les méthodes de travail adaptées à l'Université et les ressources disponibles pour approfondir les connaissances, favoriser la réussite en Licence et l'insertion professionnelle. Acquisition de l’autonomie dans la vie Universitaire et le travail personnel, découverte des outils (bibliothèque, banques de données, outils multimédia, web2.0…), travail de groupe, développement de la capacité d’analyse et de l'esprit critique, apprentissage de la communication scientifique : pratique, écoute et compréhension du vocabulaire, structuration d'un exposé écrit et oral, sensibilisation à la démarche scientifique. Contenus - Organisation et la gestion du temps - Recherche documentaire - Analyse des informations et études de textes - Maîtrise des principaux outils bureautiques - Expressions écrite et orale en sciences. Compétences -scientifiques : Recherche et analyse de données sur une thématique Affinement des connaissances et compétences en matière d'utilisation des outils informatiques : utilisation d'un traitement de textes, d'un logiciel de présentation de diapositives (+ autres outils de PAO, éventuellement gestion de bases de données). -transversales : Méthodologie, utilisation adaptée du web 2.0, travail collectif, communications écrite et orale.

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Semestre 2 Biologie de la Reproduction (3 ECTS) Responsable : Patricia Pierson

C Magistraux T Pratiques 18 h 6 h

Objectifs Acquérir la notion de la diversité des modes de reproduction dans le monde animal Découvrir les étapes du cycle de développement Connaître les mécanismes de ségrégation et fusion de l'information génétique Contenus

Méïose, gamétogenèse et fécondation La reproduction animale : reproduction sexuée (gonochorisme, hermaphrodisme, diversité des modes de fécondation), parthénogenèse, reproduction asexuée (fragmentation, scissiparité et bourgeonnement), implications biologiques des différents modes de reproduction Oviparité et viviparité Compétences

- scientifiques : Bases fondamentales de la biologie. - transversales : Analyse, compréhension et restitution de résultats. Diversité du vivant Animal et Végétal (4 ECTS) Responsable : Jean de Vaugelas

C Magistraux T Pratiques

28 h 12 h

Objectifs Présenter les grands groupes végétaux et animaux Connaître les bases de la classification et les propriétés de ces groupes Identifier des plans d'organisation distincts Acquérir des notions d'embryologie. Aborder les modes de développement Contenus

– Diversité du Vivant Végétal : Présentation des phylums végétaux Cycles de développements des végétaux : Algues, Champignons, Lichens. TP 1 : Algues. TP 2 : Champignons. – Diversité du Vivant Animal : Présentation des phylums animaux métazoaires Spongiaires et Cnidaires : des filtreurs fixés à architecture modulaire Cténaires, Platyhelminthes, Némathelminthes : des radiaires aux bilatéraux Annélides, Arthropodes : métamérisation et sectorisation au service de la mobilité Eléments d'embryologie (diplo-vs. triplobastiques; a-, pseudo- ou eu-coelomates; proto- vs. deutero-stomiens; hypo- vs. épi-neuriens); Céphalopodes et Chordés : squelette interne, mobilité et gigantisme

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Mollusques, Echinodermes, Ascidies : simplification progressive avec le retour à la vie fixée Synthèse : relation "mobilité vs. structures de support et de protection". TP de découverte : thème à dégager à partir d'observations de plusieurs animaux présentés. TP 1 : vie fixée, symétrie radiaire et modularité. TP 2 : vie mobile et symétrie bilatérale. Compétences

- Scientifiques : Choix de critères de classification. Vision d'ensemble du vivant. - Transversales : Observation, analyse et restitution écrite d’observation Les Enjeux du Monde Végétal (3 ECTS) Responsable : Didier Hérouart

C Magistraux T Dirigés 14 h 6 h

Objectifs Présentation des grands enjeux de la Physiologie Végétale : de l'Environnement aux OGM. Contenus

- Plantes : une place majeure dans l'évolution. Introduction à la physiologie végétale. Croissance et développement des plantes. Métabolisme primaire, biomasse et valorisation industrielle alimentaire et non alimentaire. - Plantes : sources de molécules d'intérêt thérapeutique. - Plantes et leur environnement : relations plantes et autres organismes vivants ; réponses aux changements climatiques. - Génomes des plantes et OGM : enjeux scientifiques, économiques et éthiques. Compétences - Scientifiques : Comprendre les bases de la physiologie végétale, les enjeux agronomiques et industriels du XXIème siècle. Apprendre à conduire une recherche bibliographique en rapport avec un thème scientifique - Transversales Compétences organisationnelles: · Travailler en autonomie (M) : gérer son temps, respecter les délais · Utiliser les technologies de l’information et de la communication, · Effectuer une recherche d’informations scientifiques (M) : préciser l’objet de la recherche, identifier les modes d’accès, expliquer et transmettre, Compétences relationnelles : · Communiquer (M) : rédiger clairement, préparer des supports de communication adaptés, prendre la parole en public, · Savoir restituer par écrit et par oral son travail, · Travailler en équipe: collaborer. Physiologie animale et neurophysiologie (2 ECTS) Responsable : Pierre-Laurent Merle

C Magistraux T Dirigés

14 h 6 h

Objectifs

Initiation à la notion d’intégration des systèmes physiologiques ;

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Mise en place du cadre nécessaire à l’enseignement des Grandes Fonctions Animales Contenus

Physiologie (Cours 6h ; TD 4h) Physiologie intégrée et contraintes physiques de l’environnement. Etude intégrée des systèmes respiratoire, circulatoire et rénal. Homéostasie du milieu intérieur : exemple de la thermorégulation des endothermes. Neurophysiologie (Cours 8h ; TD 2h) Panorama des Sciences du Cerveau Introduction aux différents systèmes nerveux et à leurs fonctions (Système nerveux central, Système nerveux périphérique, Système nerveux autonome, Système neuroendocrinien et glandes endocrines) Compétences

- Scientifiques : Panorama des grandes fonctions animales. Vision intégrée du fonctionnement des organismes. - Transversales : Analyse de documents, compréhension et restitution orale. Mathématiques pour les biologistes 2 (3 ECTS) Responsable : Francine Diener

C Intégrés T Dirigés

10 h 10 h

Objectifs

Se familiariser avec des outils mathématiques et statistiques de base utiles en biologie (Courbes paramétrées, systèmes différentiels, champs de vecteurs, intégrale première….) Introduire ces outils à travers des modèles biologiques simples. Manipuler ces outils dans des cas dépouillés de complications techniques. Contenus

Modèle de Lotka Volterra, équilibres, solutions périodiques, intégrale première, champs de vecteurs, isoclines, méthode d’Euler dans le cas de systèmes d’équations. Fonctions de deux variables, dérivées partielles Classification automatique par la méthode hiérarchique ascendante, par la théorie de graphes et par la méthode des centres mobiles. Choix de la distance. Liens avec les arbres phylogénétiques. Compétences : -scientifiques Savoir passer d’une situation concrète à son modèle mathématique et vice-versa Savoir retirer par un calcul portant sur le modèle mathématique des informations quantitatives et qualitatives sur la situation concrète étudiée. Utilisation maîtrisée d’outils mathématiques et statistiques simples -transversales Rédiger un calcul simple et savoir expliquer et interpréter ses résultats Savoir travailler en groupe de deux ou trois Lire et comprendre une formule mathématique et un graphique simple

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Physique pour les biologistes (5 ECTS) Responsable : Marie-Gabrielle Medici

C Magistraux T Dirigés

20 h 27 h

Objectifs Connaître les notions de physique en mécanique des fluides et thermodynamique, appliquées aux sciences de la vie Contenus A- Les fluides Statique des fluides. L'intérieur d'un fluide. Tension superficielle, capillarité. La surface d'un fluide. Dynamique des fluides parfaits. Le mouvement des fluides. Dynamique des fluides visqueux. Les frottements des fluides. B- Notions de Thermodynamique et Phénomènes de transport Echanges d'énergie. Désordre et spontanéité. Spontanéité et irréversibilité. Hasard et diffusion. Phénomènes de transport. Compétences

- Scientifiques : Les grandes notions de Physique nécessaires aux Sciences de la vie - Transversales : Calcul et interprétation de résultats. Chimie 2 (4 ECTS) Responsable : Alain Burger

C Magistraux T Dirigés

20 h 20 h

Objectifs Comprendre la notion de solubilité, caractériser les équilibres de solubilité/complexation. Comprendre la notion d’oxydant et de réducteur et prévoir les réactions d’oxydoréduction. Comprendre les notions de base en cinétique des réactions Comprendre et retrouver les structures moléculaires à partir du nom en nomenclature officielle Représenter les structures moléculaires selon les modes de Cram, Newman, Fischer et cavalière Comprendre les notions d’isoméries et de conformation Reconnaître la configuration absolue d’un carbone asymétrique Notions de pH Les grandes classes des réactions en chimie organique Contenus

Equilibres de solubilité / complexation . produit de solubilité, solubilité molaire, effet d’ion commun, effet de pH Oxydoréduction : notion oxydant/réducteur, nombre d’oxydation, demi-équation rédox, loi de Nernst, notion de potentiel, prévision de réactions. Cinétique : notion d’ordre de réaction. Equations caractéristiques des réactions d’ordre 0, 1 et 2. Structure et nomenclature des molécules organiques (présenter uniquement les fonctions et les règles indispensables) Les bases de l’isomérie plane, la stéréoisomérie et des conformations en chimie organique

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Les représentations dites du coin-volant (Cram), de Newman, en perspective (cavalière) et de Fischer La configuration absolue et les règles de Cahn, Ingold et Prelog Acidité et basicité Mécanismes réactionnels de bases ° Les réactifs électrophiles et nucléophiles (définition et force) ° Les réactions et leurs mécanismes (aspect électronique, aspect stéréochimique) ° Substitution, addition, élimination, réarrangement Supports TICE/ENT : cours en ligne sur JALON et Spirale, exercices supplémentaires et corrections… Compétences

- scientifiques : Utiliser les méthodes de calcul des équilibres chimiques appliqués aux équilibres redox et de transfert de protons (U) Utiliser la notion d’électrolyte (U) Savoir nommer et dessiner une molécule en représentation plane et spatiale, saisir les enjeux de la chiralité en sciences de la vie et les bases de la réactivité chimique. - transversales : Travailler en autonomie, rédiger un devoir, respecter une date de rendu Poser une problématique, utiliser des outils mathématiques Anglais (2 ECTS) Responsable : Joelle Potentini

T Dirigés

20 h

Objectifs

Développer la maîtrise de l'anglais scientifique dans le champ de la biologie Entraîner à la compréhension et à l'utilisation de l'anglais à l'oral Contenus

Utilisation d'articles récents et de supports audio comme point de départ pour - des exercices de compréhension - la rédaction de textes - des discussions orales.

Points de grammaire spécifiquement liés à la communication scientifique. Compétences Scientifiques : accès à l'information scientifique primaire Transversales : communication internationale Découverte des métiers et développement du Projet professionnel (2 ECTS)

Responsables : Anny Cupo, Joseph Kouneiher

T Dirigés 20 h

Objectifs Réfléchir et construire son projet professionnel.

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Contenus

Enseignement méthodologique et travail personnel encadré (recherche internet, interview professionnel, présentation orale, rapport écrit) ; Présentation par des professionnels (chercheur, Enseignant, ancien étudiants d’écoles d’ingénieur) Compétences -scientifiques : Connaissance des filières de formation vers les métiers scientifiques -transversales : Construire son projet professionnel. Réflexion personnelle pour définir, quel métier et en conséquence quel parcours de formation choisir. C2i (2 ECTS) Responsable Christine Collomb

T Dirigés 15 h

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Fiches descriptives des UE de L2

Semestre 3

Biochimie, Enzymologie et Métabolisme Carboné (9 ECTS) Responsables : Isabelle Garcia, Nicolas Pauly

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

42 h 28 h 20 h

Objectifs

Compréhension des mécanismes moléculaires qui régissent le fonctionnement des enzymes. Appréhension du fonctionnement du métabolisme carboné et de la photosynthèse. Contenus

Enzymologie : Fonctionnement enzymatique (vitesse de réaction et catalyse, spécificité et reconnaissance protéine-ligand, notion de site actif,…). Métabolisme carboné : Assimilation du carbone chez les végétaux (photosynthèse). Etude des principales voies métaboliques rencontrées chez les eucaryotes et de la régulation des activités enzymatiques impliquées. Application au génie biochimique et aux bioprocédés fermentaires. Compétences Parallèlement aux cours théoriques, les TDs permettent d’acquérir des compétences dans le traitement des données expérimentales quantitatives et de construire une réflexion concernant les mécanismes moléculaires correspondants.

Organisation du vivant animal et végétal ( 6 ECTS) Responsable : Paola Furla

C Magistraux T Pratiques 50 h 24 h

Objectifs Description théorique et pratique des plans d’organisation au sein des eucaryotes unicellaires et prluricellulaire : des ‘protistes’ aux phyla Animalia et Planta .

Contenus : -Les bases de la classification traditionnelle (ontogénique) et moderne (phylogénétique). -Diversité des eucaryotes unicellulaires ‘protistes’ Organisation du Vivant Animal (des ‘protistes’ aux Chordés) : -Découverte des plans d'organisation des principaux phylums de protistes et d’Animaux. -Notions d'anatomie et d'embryologie comparée (Di- versus triblastiques ; protostomiens versus deutérostomiens). -Notions d’adaptations physiologiques et anatomiques. Organisation du Vivant Végétal : - Evolution et organisation des mousses jusqu’aux Magnoliophytes (Angiospermes) : - Cycles et modes de reproduction. - Organisation et structure de l’appareil végétatif. Notions de classification et données paléontologiques sur l'apparition de ces végétaux. - Cycle de développement et morphogenèse chez les Magnoliophytes (Angiospermes) :

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- Ontogenèse végétale – Description du fonctionnement du méristème apical caulinaire (MAC) et racinaire (MAR). Morphogenèse de la racine, de la tige et des feuilles. Détermination des sites foliaires (phyllotaxie). Edification d'un végétal. Appareil reproducteur des Magnoliophytes - De la fleur à la graine. Mise en place des structures de la fleur et détail des organes floraux. La diversité de l’organisation florale. L'appareil reproducteur mâle et femelle. Pollinisation, fécondation et embryogenèse. Formation des graines et des fruits.

Compétences : Capacité d'envisager la complexité des espèces Connaissances transversales de l’organisation la cellule eucaryote animale et végétale. Mobilisation des connaissances théoriques et pratiques au sein de la discipline et à l’interface avec d’autres disciplines. Microbiologie générale (4 ECTS) Responsable : Laurence Dupont

C Magistraux T Dirigés

18 h 10 h

Objectifs

Présenter la diversité du monde microbien. Démontrer pourquoi les bactéries sont des organismes pionniers d’un point de vue évolutif et dans l’occupation de niches écologiques variées voire extrêmes. Montrer comment les isoler et les cultiver. Décrire la génétique bactérienne : mode de reproduction, mutations et échanges de matériel génétique. Montrer quelles relations, bénéfiques ou nocives, l’Homme entretient avec les microorganismes. Contenus Présentation du monde microbien - Structure de la cellule bactérienne - Nutrition et croissance - Types trophiques - Métabolisme bactérien – Recombinaison bactérienne – Les virus et bactériophages – Les microorganismes pathogènes. Compétences :

Théoriques (cours et exercices). Pratiques : Manipulation des microorganismes dans des conditions stériles. Isolement de bactéries, culture en milieu fermé, transformation plasmidique, tests d’auxotrophie, antibiogramme, observation microscopique. Physiologie Cellulaire Animale (4 ECTS) Responsable : Jean-Marc Mienville

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

16 h 8 h 16 h

Objectifs Acquisition de connaissances de base en physiologie cellulaire animale Contenus

Cours - Physiologie membranaire : Compartiments, transports et couplage énergétique ; perméabilité membranaire ; diffusion simple (lois, exemples) ; diffusion facilitée par transporteurs (lois, exemples physiologiques) ; canaux ioniques (mode d'étude, exemples) ; transports actifs (propriétés fonctionnelles des Na/K-ATPases, H/K-ATPase, rôle des pompes et canaux dans la génèse du

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potentiel de membrane) ; perméabilité à l'eau (osmose, équilibre de Gibbs-Donnan, aquaporines, exemples fonctionnels). - Physiologie cellulaire du neurone : Histologie, morphologies et réseaux neuronaux ; génèse et propagation du potentiel d'action ; physiologie synaptique et jonction neuromusculaire. - Physiologie cellulaire musculaire : appareil contractile ; mécanique, énergétique et biochimie de la contraction ; relations nerf-muscle et unité motrice ; muscle lisse. Travaux dirigés Applications des notions fondamentales vues en cours Travaux pratiques

- Absorption d'acides aminés au niveau de l'intestin de mammifère. - Transport de sodium par la peau de grenouille. - Influx nerveux au niveau du nerf sciatique de grenouille. - Contraction du muscle gastrocnémien de la grenouille. Compétences

- scientifiques : Bases fondamentales de la physiologie. - transversales : Obtention, analyse, compréhension et restitution de résultats expérimentaux.

Anglais (2 ECTS) Responsable : Joëlle Potentini

T Dirigés 20 h

Objectifs Maîtrise de l’anglais scientifique, en particulier dans le domaine de la biologie. Contenus

Utilisation d'articles récents et de supports audio comme point de départ pour des exercices de compréhension ainsi que pour la rédaction de textes ou des discussions orales. Points de grammaire spécifiquement liés à la communication scientifique. Chimie organique et fonctionnelle (3 ECTS) Responsable : Sonia Amigoni

C Magistraux T Dirigés

14 h 18 h

Objectifs

Acquisition des bases de la chimie organique en particulier des mécanismes réactionnels concernant les fonctions les plus rencontrées dans les réactions biologiques et enzymatiques Contenus

Révisions des structures de Lewis, VSEPR, de la nomenclature, de la représentation spatiale des molécules et de la stéréochimie simple I- Stéréochimie Carbone asymétrique, chiralité, molécules chirales avec 2 centres asymétriques, doubles liaisons autres types de chiralité II- les effets électroniques et la réactivité dans la molécule Effets inductifs, mésomères, conséquences sur la réactivité des molécules, acido-basicité des

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molécules organiques III- Réactivité- les grandes classes de réaction en chimie organique Additions, éliminations, SN1, SN2, E1, E2 IV- Alcènes et dérivés halogénés Illustration des SN1, SN2, E1, E2 V- les alcools Acido-basicité, SN, E, additions éliminations VI- les amines Acido-basicité, SN, E, additions éliminations VII- les dérivés carbonylés (aldéhydes – cétones) Additions, formation d’acétals, d’imines, équilibre céto-énolique, réactivité due au H en VIII- Les acides carboxyliques et dérivés. Compétences -scientifiques : chimie générale, atomistique et chimie organique de SV1 ou P1

Dynamique des enveloppes terrestres (3 ECTS) Responsable : Philippe Charvis

C Magistraux

20 h

Objectifs Montrer le lien entre l'origine, la composition et la dynamique de la terre. Contenus

• Présentation : « Pourquoi faire de la géologie ? » • Origine de la Terre • La Terre dans le système solaire • La Terre une machine thermique • Dynamiques des enveloppes externes • La Tectonique des plaques • Les colères de la Terre: séismes et éruptions volcaniques Compétences -scientifiques . Les échelles de temps et d'espace spécifiques aux géosciences ainsi que les principaux processus qui contrôlent la dynamique de la Terre doivent être connus Modélisation pour la biologie (2 ECTS) Responsable : Francine Diener

C Magistraux T Dirigés

10 h 10 h

Projet Pluridisciplinaire (4 ECTS) Responsable : Franck Grammont

C Magistraux T Dirigés

12 h 24 h

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Semestre 4

Génétique formelle 2 et Génétique Moléculaire (5 ECTS) Responsables : M. Poirié - S. Raisin - C. Onesto

C Magistraux C Intégrés T Dirigés T Pratiques

10 h 20 h 12 h 8 h

Objectifs

Comprendre et utiliser les concepts et outils en génétique "formelle" et génétique moléculaire. Acquérir la logique de la conception et de l'interprétation des expériences en génétique "formelle" et moléculaire Contenus Génétique formelle : résolution d'un exercice type en commun puis rédaction d'une synthèse des notions fondamentales utilisées par les étudiants avant discussion et correction. Recombinaison génétique et méïose - Génétique des champignons filamenteux - Interactions génétiques - Hérédité extra-chromosomique. Génétique moléculaire : méthodes théoriques et pratiques de la technologie de l'ADN recombinant. Rappel des notions de structure de l'ADN, réplication, transcription et de la technique d'élaboration de cartes de restriction. Construction d'un ADN recombinant. Clonage fonctionnel d'un gène (banques, hybridation, PCR, techniques de séquençage).

Compétences Elaboration, réalisation et interprétation d'expériences en génétique. Savoir formaliser un problème et développer un raisonnement logique.

Génétique des populations (4 ECTS) Responsable : Marylène Poirié

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 16 h 14 h 6 h

Objectifs

Permettre l’acquisition des concepts fondamentaux de la Génétique des Populations servant de base aux développements actuels de la Théorie Synthétique de l’Evolution et de la biologie des populations. Expliquer l’effet des facteurs génétiques régissant la structuration des populations et leur évolution. Contenus

Cours Indices de quantification de la variabilité génétique. Analyse de l’impact des systèmes de reproduction (autofécondation, parthénogenèse, consanguinité) sur la structure génétique des populations. Mise en évidence et quantification des phénomènes de structuration des populations (limites au flux de gènes, indice Fst). Effet de la sélection naturelle sur l'évolution des populations. Importance de la dérive génétique, notion d’effectif efficace, modèles stochastiques et effet fondateur. Travaux Dirigés

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Exercices d’application de cours, étude de cas concrets. Préparation des exercices à l'avance par les étudiants et présentation à l'oral (note de CC), tests statistiques d'adéquation au modèle théorique. Travaux Pratiques

Modélisation des processus évolutifs, simulation sur ordinateur (logiciel Populus)

Compétences Présentation orale et pédagogique de problèmes complexes. Notion de test d’hypothèse et de validité statistique d’un résultat expérimental. Rigueur dans le raisonnement théorique. Transcription et modélisation mathématique d’un problème biologique Biologie cellulaire (3 ECTS) Responsable : Sandra Lacas-Gervais

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

20 h 8 h 8 h

Objectifs

Acquérir des Connaissances générales en Biologie Cellulaire

Contenus CM

Trafic et routage intracellulaires Matrice extracellulaire, ses constituants et leurs interactions Rôle de la matrice extracellulaire dans l’acquisition de la polarité cellulaire Mécanismes d’adhésion et protéines impliquées dans l’adhésion des cellules entre elles et à la matrice extracellulaire, La peau, un exemple intégré, du rôle des mécanismes d’adhésion cellulaire et de l’interaction avec la matrice extracellulaire dans un organe Régulations moléculaires de l’organisation et de la dynamique du cytosquelette, Moteurs moléculaires, battement ciliaire TD

Analyse d’expériences issues d’articles scientifiques : un TD sur le trafic intracellulaire, un TD sur la dynamique du cytosquelette, un TD sur les moteurs moléculaires, un TD sur l’adhésion intercellulaire. TP

Un TP sur le battement ciliaire et un TP sur la matrice extracellulaire et la peau

Compétences : -scientifiques : Connaissances les plus utilisées en biologie cellulaire et en biologie générale -transversales : De la composition moléculaire à l’histologie, de l’histologie à l’organisation moléculaire.

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Physiologie et Nutrition Végétale (3 ECTS) Responsable : Karine Mandon

C Magistraux C Intégrés T Dirigés T Pratiques

14h 12h 8h 12h

Objectifs Analyser le lien entre la plante, organisme fixe, les facteurs édaphiques et l’activité microbienne du sol. Montrer la relation entre structure et fonction des organes chez les végétaux. Mettre en évidence la compartimentation des activités métaboliques dans la cellule végétale. Contenus :

Cours: Anatomie de l’appareil végétatif, nutrition minérale, échanges liquidiens et répartition des éléments dans la plante. Nutrition azotée : les différentes formes d’azote disponible pour la plante (le cycle de l’azote), absorption et assimilation de l’azote. Travaux Dirigés : Potentiel hydrique et régulation stomatique. Modification du cycle de l’azote par l’homme, absorption du nitrate et assimilation de l’azote. Travaux Pratiques :

Osmose et perméation. Structures racinaire et caulinaire, régulation de l’ouverture des stomates. Etude de la glutamine synthétase et glutamate synthase des racines de maïs. Compétences

Comprendre une démarche expérimentale et savoir analyser et intégrer des résultats dans un contexte de physiologie végétale. Acquérir des techniques d’observation et d’analyse biochimique sur du matériel végétal. Savoir travailler en groupe et restituer des résultats expérimentaux.

Embryologie (2 ECTS) Responsable : Patricia Pierson

C Magistraux T Pratiques 14 h 9 h

Objectifs

Découvrir les phénomènes se produisant lors de l’embryogenèse animale et les mécanismes impliqués pour sa réalisation. Contenus

Cours Présentation de la discipline ; vocabulaire et notions de base. Description détaillée des étapes du développement embryonnaire (depuis la fécondation de l’œuf) de deux modèles (oursin et mammifère), avec présentation de grands mécanismes qui permettent leur réalisation. Travaux Pratiques

Observation et analyse des principales étapes de développements embryonnaires. Compétences - scientifiques : Bases fondamentales de la biologie. - transversales : Analyse, compréhension et restitution de résultats.

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Anglais (2 ECTS) Responsable : Joëlle Potentini

T Dirigés

20 h

Objectifs Maîtrise de l’anglais scientifique, en particulier dans le domaine de la biologie. Contenus

Utilisation d'articles récents et de supports audio comme point de départ pour des exercices de compréhension ainsi que pour la rédaction de textes ou des discussions orales. Points de grammaire spécifiquement liés à la communication scientifique. Neurobiologie (4 ECTS) Responsable : Olivier Deschaux

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

22 h 8 h 6 h

Objectifs Acquisition des bases neurobiologiques et pharmacologiques Contenus

Neuroanatomie descriptive et fonctionnelle; constitution cellulaire du système nerveux. La transmission nerveuse (électrique et chimique) Les systèmes neurochimiques et neurohormonaux La neuropharmacologie Le système sensorimoteur; la vision; l'audition; la somesthésie; la douleur

Compétences Capacité d’observation, et d’intégration des mécanismes nerveux, physiologiques généraux et endocriniens

Chimie biologique (3 ECTS) Responsable : Nicolas Baldovini

C Magistraux T Dirigés 12 h 14 h

Objectifs

Avoir une vision globale, sans négliger la dimension historique, de la chimie médicinale. Mieux appréhender les phénomènes biochimiques en étudiant le détail des mécanismes de chimie organique impliqués dans le fonctionnement des enzymes. Contenus *Historique des découvertes de quelques classes importantes de médicaments : opiacés et analgésiques, curares, anticancéreux, antimigraineux, psychotropes... *Mécanismes réactionnels à l’œuvre dans le fonctionnement de certains enzymes : le cas de l’acétylcholinestérase et ses inhibiteurs (physostigmine, sarin...) *Introduction aux notions de relations structure-activité en chimie médicinale et en chimie des arômes

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et parfums. * Introduction aux applications industrielles des interactions entre produits chimiques et molécules biologiques : La réaction de Maillard responsable du brunissement des préparations alimentaires et des autobronzants. Compétences Compréhension des bases chimiques de l'action de molécules actives. Faune et flore (5 ECTS) Responsables : Paola Furla – Lorraine Bottin

C Magistraux T Pratiques 18 h 26 h

Faunistique Objectifs

Donner des bases de naturalisme animal Contenus Présentation des caractéristiques biologiques et taxonomiques des principaux groupes animaux. Utilisation des outils d'identification d'invertébrés et de vertébrés: clés dichotomiques, guide d'identification, caractères d'identification selon les classes, les ordres ou les familles. Techniques de conservation et d'observation in situ. TP: Examen de spécimens, collections. Utilisation et construction de clés de détermination. Floristique

Objectifs Acquérir des notions de base en botanique, pouvoir décrire un végétal dans sa totalité. Contenus

Anatomie végétale. Les organes transformés (cladodes, rhizomes...). Les adaptations : racines aériennes, adaptations aux milieux secs ou humides. L'organisation de l'appareil végétatif : panorama des type de feuilles, organes de réserve (tissus tubérisés), phyllotaxie élémentaire, port des végétaux. L'organisation de l'appareil reproducteur : panorama des inflorescences (de la fleur solitaire au capitule) ; panorama des organisations florales (types d'insertion, variation des cycles, de la fleur hypogyne à épigyne). Une journée d’observation dans le parc Valrose et réalisation d’une collection de référence. Compétences -transversales : esprit de synthèse, organisation

Géodynamique (2 ECTS) Responsable : Chrystèle Vérati

C Magistraux

18 h

Objectifs A partir des acquis de la première année de L1SV, aborder la structure, la composition et la cinématique des grandes unités géologiques.

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Contenus - Rappels des principales notions abordées en L1SV (UE04) - Composition de la Terre Modèle minéralogique de la Terre, roches magmatiques, sédimentaires et métamorphiques. - Déformation des roches Comportement rhéologique des différentes enveloppes de la Terre. Marqueurs de la déformation (failles, plis) - Les grandes limites de plaques Présentation des différentes limites entre les plaques terrestres (subduction, rifting, orogènes, failles transformantes) Compétences :

-scientifiques : Connaissance des caractéristiques des trois types de roches présentes à la surface de la Terre (magmatiques, métamorphiques et sédimentaires). Reconnaissance et analyse de la déformation des roches. Aide à l’étude de la chronologie relative. Fonctionnement des limites de plaques (convergentes/divergentes) et processus associés. -transversales Comprendre la place de la géologie dans les sciences de la vie et de la Terre. Intérêt des géosciences pour les populations.

Biologie en pratique (2 ECTS) Responsable : Evelyne Mougneau

T Pratiques 20 h

Objectifs Pré-professionnalisation, préparation à la licence-pro de biotechnologie et au travail de technicien de laboratoire. Contenus Réalisation d’un mini-projet de recherche effectué par un technicien de laboratoire : - Vérification de la carte de restriction d’un plasmide envoyé par un autre laboratoire - Mise au point des conditions de culture de différentes lignées cellulaires Organisation des expériences sur la semaine Répartition des tâches au sein du groupe Préparation des solutions nécessaires aux expériences (quantité à préparer, pesée des poudres, conditions de dissolution, prise de pH) Détermination des conditions de culture de diverses lignées cellulaires Manipulations à partir de protocoles standard (transfection bactérienne par des plasmides, préparation d’ADN plasmidique, analyse après digestion des enzymes de restriction, cultures cellulaires en conditions stériles) Rédaction d’un cahier de manipulations Compétences Planification d’expériences dans un temps limité Apprentissage du travail en groupe et en particulier de la répartition des tâches au sein du groupe Préparation de solutions d’usage courant en laboratoire Utilisation d’appareillages simples Manipulations en conditions stériles Rédaction d’un cahier de manipulations

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Chimie en pratique (2 ECTS) Responsable : Nathalie Sauret

T Pratiques 24 h

Objectifs

Premier contact avec des techniques expérimentales de base de chimie générale, organique et analytique, appliquées à l’analyse, au dosage ou à la synthèse de produits faisant partie de la vie quotidienne. Contenus Chimie Générale : 1. Dosages de produits d'usage courant (vinaigre, oasis, eau de mer, Contrex...) 2. Analyse qualitative de différentes eaux. Détermination de la dureté de l'eau (eau du robinet, Evian) 3. Détermination de l'acidité totale et du degré d’alcool d'un vin blanc 4. Dosage des phosphates contenus dans un engrais et dans une lessive par colorimétrie Chimie Organique : Méthodes de synthèses de base permettant d'aborder la synthèse de différents composés 1. Synthèse d'un arôme, 2. Synthèse de la lidocaïne, 3. Encapsulation d'un colorant Compétences : -Scientifiques Utiliser des techniques expérimentales de bases en chimie. Utiliser les connaissances de chimie acquises en 1ère année pour les appliquer dans des cas pratiques -Transversales Travailler en binôme. Communiquer (rédaction du compte-rendu de travaux pratiques) (M), Connaître et respecter les réglementations (travaux pratiques) (U) Faire preuve de capacité d’abstraction (U), Mettre en œuvre une démarche expérimentale (U). Drogues et sport (2 ECTS) Responsable : Grégory Genta-Jouve

C Magistraux

20 h

Objectifs Etre capable de définir le principe d’action des drogues par catégorie, leurs effets secondaires mais aussi les grands principes de détection et/ou de caractérisation. Etudier , à partir de l’histoire jusqu’à aujourd’hui, la place des drogues dans notre quotidien. Voir comment les progrès ont été utilisés ou détournés au profit de la performance. Etudier la notion de conduite dopante qui pousse souvent de nombreux individus à modifier leur comportement pour une performance quotidienne. Contenus 1- Evolution des molécules chimiques naturelles et de synthèses pour améliorer les performances sportives (narcotiques, stimulants, anabolisants, bétabloquants, diurétiques, hormones de croissance, EPO, PFC,.....) 2- Mode d'action et effets secondaires 3- Modes de détections

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Le déroulement : -un cours -une recherche d’information : une drogue par binôme, fiche pédagogique, un oral Compétences

-scientifiques : La synthèse et/ou biosynthèse des drogues étudiées, Les mécanismes d’actions, Les mécanismes d’éliminations, Connaissance biologique de base, Connaissance en chimie analytique -transversales : Recherche d’informations, Communication orale Molécules aromatiques et médicinales (2 ECTS) Responsable : Sonia Amigoni

C Magistraux T Dirigés

12 h 12 h

Objectifs

Initiation à la Chimie des molécules odorantes et la chimie thérapeutique Contenus Introduction, Intérêt des produits naturels, Les molécules odorantes, Initiation à la pharmacognosie, Grandes Classes de produits d’intérêts thérapeutiques Compétences scientifiques : chimie générale, atomistique et chimie organique de SV1 ou P1 Chimie atmosphérique (2 ECTS) Responsable : Nathalie Sauret

C Magistraux

20 h

Objectifs Aborder les problèmes de pollution environnementale d'un point de vue chimique ou écotoxicologique. Développer la notion d'écotoxicologie en relation avec la notion de pollution. Contenus

I. Chimie atmosphérique 1. Composition de l’atmosphère Les couches atmosphériques Evolution de la composition chimique en fonction de l’altitude 2. Phénomènes atmosphériques globaux a. La couche d'ozone. Mécanisme chimique du cycle de Formation/Destruction de l'ozone. Impact anthropique: "trou" dans la couche d'ozone. Description du cycle catalytique du Chlore b. L'effet de serre. Mécanisme, bilan radiatif, propriétés des gaz à effet de serre. Impact anthropique : Réchauffement climatique, Causes et conséquences 3. Phénomènes atmosphériques locaux a. Les aérosols atmosphériques (pollution particulaire). Formation, composition, impact environnemental et sanitaire b. Les épisodes de pollution urbaine.Définition du smog, formation du « mauvais » ozone. Qualité de l'air II. Ecotoxicologie

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1 - définition 2 - notion de pollution 3 - dispersion et circulation des polluants 4 - cycles biogéochimiques 5 - paramètres toxicologiques 6 - effets des polluants sur les populations et les écosystèmes 7 - application : PAH, pollution diffuse des sols, utilisation de biomarqueurs ou pollution nucléaire Compétences :

-scientifiques Utiliser des bases de chimie et de biologie de 1ère année pour les appliquer au domaine de l’environnement. Acquérir les notions scientifiques pour comprendre les grands phénomènes de pollution actuels -transversales Travailler en binôme. Communication : Synthétiser un sujet et le présenter oralement. Outil informatique : Utilisation de logiciel de présentation

Projet Biodiversité (2 ECTS) Responsable : Jean de Vaugelas

C Intégrés T Dirigés T Pratiques 8 h 4 h 8 h

Objectifs Faire participer des étudiants de biologie à des projets scientifiques sur la biodiversité. Proposer une méthode d'observation de la Flore ou de la Faune applicable ensuite à toutes les espèces Contenus

1) Cours : rappels sur l'utilisation des logiciels nécessaires pour le projet : traitement de texte (XML), traitement des images (PhotoShop), bases de données en ligne (PHP/MySQL), recherches sur internet. Eventuellement (petits groupes) atelier photo numérique et prises de vues sur le terrain. 2) TD en salles d'informatique : recherches de photos et de documents sur une espèce ou un groupe d'espèces voisines. Mise en ligne des documents graphiques facilitant la détermination des espèces étudiées ; recueil de données sur la biologie, l'écologie, la répartition, etc... Si petits groupes, possiblités d'aller sur le terrain pour faire les photos numériques, récolter, observer, etc... 3) Travail personnel : peut être fait à distance (base de données collaborative, avec accès personnalisé), pendant les vacances ou à la Fac, depuis n'importe quel ordinateur. Les prises de vues sur le terrain peuvent également être faites durant l'année de L1 pour une utilisation en L2. Intérêts : participer à des projets scientifiques d'inventaire de la biodiversité ; sorties sur le terrain ; projet collaboratif. Compétences

-scientifiques : matière utile pour les métiers de l’enseignement et de l’éducation à l’environnement. -transversales : maîtrise de bases de données collaboratives ; gestion de projets complexes ; outils multimédias sur internet. Terre Soleil Environnement (2 ECTS) Responsable : Marianne Faurobert

C Magistraux T Dirigés

10 h 10 h

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Objectifs

Replacer la Terre dans son environnement à l’échelle du système solaire. Montrer en particulier comment l’activité magnétique du Soleil influence sa haute atmosphère : magnétosphère et ionosphère. Contenus 1- Le Soleil : structure interne, atmosphère solaire et rayonnement solaire. Les manifestations de l’activité solaire : éruptions, éjection de masse, vent solaire. Rappels de physique sur les spectres lumineux. 2- La Terre et son orbite : Rappels sur les mouvements à force centrale, les lois de Képler. Les saisons et la durée du jour. Les effets de marée. 3- La magnétosphère terrestre et ses interactions avec le vent solaire. Rappels de physique sur les champs magnétiques, champs dipolaires, force de Laplace. Applications aux ceintures de radiations et aux aurores boréales. 4_ L’ionosphère de la Terre. Formation, couplage avec la magnétosphère. 5 - Vers une météorologie de l’espace : Conséquences de l’activité solaire sur l’environnement technologique et sur le vivant. Exemple de l’éruption du 14 juillet 2000. Question ouverte : les cycles d’activité ont-il un effet sur le climat de la Terre ? Compétences -scientifiques : Notions de physique appliquée aux milieux naturels. Compréhension des spectres lumineux : émission et absorption de la lumière. Repérage dans l’espace et description des mouvements. Etude de couplages magnétiques. Calculs d’ordre de grandeur. -transversales : savoir mobiliser un ensemble d’outils et de compétences variés pour analyser un système complexe. Analyse de documents scientifiques.

Projet pluridisciplinaire (6 ECTS) Responsable : Francine Diener

C Magistraux T Dirigés 18 h 36 h

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Fiches descriptives des UE de L3

Semestre 5

Structure et Expression des Génomes (4 ECTS) Responsable : Françoise Presse

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 15 h 14h 21h

Objectifs Comprendre et savoir analyser la structure des génomes eucaryotes en utilisant les raisonnements et en connaissant les concepts et méthodes appropriées. Comprendre comment l’expression d’un gène peut être régulée à différents niveaux. Contenus

Cours - Méthodes de cartographie des génomes : hybridation in situ, notion de polymorphisme et SNPs. Marqueurs moléculaires, RFLP, STRs et leurs utilisations, cartographie physique et génétique. - Techniques de séquençage à haut débit. Données du séquençage du génome humain. - Expression génique et régulation chez les eucaryotes : la transcription et les régulations transcriptionnelles, les mécanismes d’épissage, la stabilité des messagers, la régulation par les miRNAs, l’apport des siRNAs Travaux Dirigés Exercices et analyse d’expériences à base de publications sur la cartographie physique et génétique; analyse d’expériences à base de publications sur la régulation de l’expression génique Travaux Pratiques

Clonage d'ADNc, expression dans des bactéries et des cellules eucaryotes, analyse de localisation et de stabilité des ARNs exprimés, purification des protéines exprimées et dosage de leur activité Compétences

-scientifiques : savoir interpréter les cartographies physique et génétique d’un génome, savoir analyser l’expression d’un gène et les mécanismes régulateurs de cette expression en utilisant différents outils. -transversales : savoir analyser des résultats d’expériences en étant critique; savoir rédiger ces analyses

Epistémologie (2 ECTS) Responsable : Franck Grammont

C Magistraux T Dirigés 16 h 4 h

Objectifs

Présenter une étude critique de l'activité scientifique dans son contexte historique et contemporain, en décrivant sa construction, ses méthodes et règles, ses théories et sa diffusion. Contenus

1. Les bases académiques de la méthode scientifique Introduction et Histoire des Sciences La Construction des Théories Scientifiques 2. La pratique concrète et contemporaine de la science

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La Science au Laboratoire. La Méthode Expérimentale La Communication Scientifique 3. Science et société Intégrité et Ethique en Science La Recherche Scientifique et son Institutionnalisation 4. Travail sur le mémoire des étudiants Analyse critique sur le plan méthodologique d'un article scientifique de votre choix (rédigé en anglais et publié dans une revue à comité de lecture). Rédaction d'un Mémoire Compétences Perception de ce qui caractérise un scientifique : pas tant ses connaissances que les méthodes et techniques qui lui permettent de les acquérir. Capacité à réfléchir et à mener des projets de façon rigoureuse et structurée, avec méthode, même en dehors du cadre strictement scientifique et académique. Immunologie 1 (2 ECTS) Responsable : Nicolas Glaichenhaus

C Magistraux T Dirigés

10h 10h

Objectifs

Acquisition des bases de la réponse immunitaire physiologique et ses méthodes d’étude. Contenus Questions posées :

Preuves de l’existence du système immunitaire ? Mécanismes de défense mis en place lorsqu’un individu est infecté par un agent pathogène ? Que se passe-t-il lorsque le système immunitaire est malade ? Comment a-t-on compris les mécanismes mis en jeu lors d’une réponse immunitaire ? Méthodes et techniques sont disponibles pour répondre à ces questions ? Cours

Réponses abordées en cours : - Types cellulaires impliqués dans la réponse immunitaire et moyens de les distinguer. Manière dont ces cellules interviennent dans la réponse immunitaire. Molécules qu’elles produisent. - Reconnaissance entre cellules du système immunitaire et organismes pathogènes. - Structure des anticorps et leur mode d’action. Les vaccins. - Maladies auto-immunes, maladies allergiques, syndromes d’immunodéficiences. - Découvertes de l'immunologie et traitement des leucémies ou des maladies génétiques TD Réponses abordées en TD : - Déroulement d’une réponse immunitaire à la suite de la pénétration d’un pathogène dans la peau. -Méthodes d’étude d’une réponse immunitaire sur l'exemple de l’infection de souris par le virus de la grippe : LD50, techniques d’étude de la prolifération cellulaire, dosages d’anticorps et de cytokines par test ELISA, séparation de cellules par sélection positive ou négative grâce à des billes magnétiques couplées à des anticorps, principe de la cytométrie en flux et applications possibles, microscopie confocale et microscopie intravitale. Compétences

-scientifiques : connaissances de base sur les mécanismes fondamentaux de fonctionnement du système immunitaire ; techniques d’analyse d’une réponse immunitaire ; comme il s’agit d’une UE

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obligatoire pour tous les étudiants de la licence, quel que soit leur parcours, il est montré comment ces techniques peuvent s’appliquer à de nombreux autres domaines de la Biologie. -transversales : analyse d’expériences scientifiques et proposition d‘expériences pouvant répondre à une question donnée

Statistiques (4 ECTS) Responsable : Thierry Thibaut

C Magistraux T Dirigés 14 h 26 h

Objectifs

Fournir les bases de l’analyse de données en Sciences de la Vie Faire comprendre les principes sous-jacents au traitement des données. Familiariser l’étudiant avec le vocabulaire particulier de la statistique. Rendre l’étudiant capable de décider quelle méthode statistique s’applique à chaque situation et de réaliser les calculs et les tests de base pour 1 et 2 variables. Présenter des sujets connexes (ainsi que la littérature correspondante), permettant par la suite à Contenus

Compétences

Maîtrise d'un outil et savoir de base en analyse des données applicables en Sciences de la Vie. Acquisition de la méthodologie scientifique : Quel est la question scientifique ? Quelles sont les hypothèses nulles et alternatives ? Capacité d'identifier précisément la nature des données à analyser, de choisir l’outil (test) statistique approprié et de répondre à la question scientifique initiale Anglais ou préparation du TOEIC (2 ECTS) Responsable : Joëlle Potentini

T Dirigés

20 h

Objectifs

Préparer au passage du TOEIC (Test of English for International Communication). Le TOEIC permet une évaluation exacte des compétences des candidats en compréhension orale et écrite ainsi qu’en grammaire anglaise. Le test TOEIC est la solution d’évaluation standard fiable reconnue dans le monde entier. Contenus

Evaluation des connaissances en situation professionnelle, sans entrer dans un jargon technique particulier. Le vocabulaire particulier à la biologie est acquis lors des UE dans anglais des semestres précédents. L’évaluation de cette UE correspondra à la note obtenue au TOIEC. Le laboratoire de langues de l’Université de Nice-Sophia Antipolis est habilité à faire passer le TOIEC, l’examen se fera sur place.

Compétences transversales. Préparation obtenir un score élevé au TOIEC, diplôme internationalement reconnu qui sera un plus dans le CV. Mobilité internationale et embauche future favorisées.

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Grandes Fonctions Animales (4ECTS) : Responsable : Aline Grechez-Cassiau (Parcours IDS-BMG-BPN)

C Magistraux T Dirigés

28 h 12 h

Objectifs - Acquisition de connaissances à un niveau d’organisation supplémentaire : l’intégration des fonctions - Compréhension du fonctionnement des systèmes biologiques (cardiovasculaire, respiration, osmo-régulation) chez les mammifères et l’homme en particulier. -Compréhension et analyse des processus responsables de leur coordination dans le maintien de l’homéostasie par une approche intégrée des fonctions physiologiques. - Donner des notions sur les pathologies associées. Contenus

Cours : Homéostasie et milieu intérieur Physiologie Cardio-vasculaire Physiologie de la respiration Physiologie Rénale et équilibre hydro-électrique Equilibre acido-basique TD :

Exercices pratiques et applications numériques portant sur les Grandes Fonctions étudiées en cours (rein, équilibre acido-basique, fonction cardio-vasculaire et fonctions respiratoires). Compétences

- Connaissances de base des mécanismes régissant les grandes fonctions animales chez les vertébrés dans les conditions d’homéostasie ou de pathologie - Capacité d'associer les aspects moléculaires et cellulaires aux régulations macroscopiques des organes spécialisés pour une acquérir une vision large et intégrative de la Physiologie. - Apprendre à analyser et à interpréter les données expérimentales pour les replacer dans un contexte plus large. - Développer un esprit de synthèse indispensable à l’intégration des données scientifiques. Grandes Fonctions Animales (4 ECTS) Responsable : Marielle Guibbolini (Parcours BOE-SVT)

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

32 h 8 h 12 h

Objectifs Acquisition des concepts nécessaires à la compréhension des grandes fonctions physiologiques de l’organisme, Aspects comparatifs. Contenus Cours

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Aspects comparatifs sur les fonctions suivantes : Fonction rénale. Fonction respiratoire. Fonction cardiovasculaire. Fonction digestive. Métabolisme. Thermorégulation. Osmorégulation. Milieu Intérieur. Equilibre acide-base TD Exercices en relation avec les cours. Exemple sur le rein : Clearance et comportement rénal vis-à-vis de certaines substances (Na+, H+, glucose…). Taux maximum de réabsorption/sécrétion….. Exemple sur la digestion/métabolisme/thermorégulation : dépense énergétique et exercice physique TP

• Etude au cours de l’adaptation à l’effort des paramètres respiratoires et cardiaques chez l’Homme par EXAO.

• Hémoglobine : combinaison avec les gaz et pouvoir tampon de l’hémoglobine dans le sang. • Etude du sang : Na+, K+ et protéines dans le plasma et les hématies.

Compétences - scientifiques : Acquisition des connaissances de base des mécanismes des grandes fonctions animales chez les vertébrés. Aspects comparatifs et relations morpho-fonctionnelles permettant de comprendre le fonctionnement du vivant au travers de l’évolution des vertébrés. -Analyser et interpréter des données expérimentales afin de les replacer dans un contexte plus large (homéostasie, déséquilibres associés à des perturbations physiopathologiques ou environnementales). - transversales : La physiologie intégrative implique aussi des régulations nerveuses et hormonales. Les UE "Endocrinologie et signalisation cellulaire" et "Biologie Cellulaire et NeuroPhysiologie" sont donc étroitement associées à celle-ci.

COM1 : techniques de communication, english for public health (4 ECTS) Responsable : Pascal Staccini

C Magistraux T Dirigés

30 h 10 h Objectifs

Apporter aux étudiants les éléments essentiels des techniques d’expression et de communication. Apprentissage de deux langues étrangères à partir de thèmes de santé publique. Contenus

Quality and Public Health Issues LV2 (Italien, Espagnol ou Allemand) Techniques de communication - Animation d’équipe, négociation, Techniques de vente - Jeu de présentation, Comment se lever ?, Distanciation / Prendre de la distance par rapport à des a priori, Le cerveau tri-unique - Le cheminement de la prise de parole, Le psychisme humain - Gestion d’équipes : la réalité de l’entreprise - Affirmation de soi - L’écoute et reformulation Notion de conduite de réunion Compétences - scientifiques : comprendre les mécanismes de base en matière de communication orale et écrite transversales : rédiger un document professionnel et structurer une présentation dans une langue étrangère

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LEG : Bases juridiques applicables à la santé et aux soins (4 ECTS)

Responsable : Fabrice Siirianen C Magistraux

40 h Objectifs Avoir un panorama global sur l’environnement légal structurant les soins et applicable au domaine de la santé, en matière de santé publique, de prévention, responsabilité individuelle et valorisation Contenus

- Droit de la santé publique - Droit des responsabilités civiles Droit de la propriété industrielle Compétences transversales : comprendre la démarche juridique appliquée au domaine de la santé et des soins

MET1 : Démarche qualité, gestion de projet et documentaire (4 ECTS) Responsable : Jean-François Quaranta

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

20 h 10 h 10 h Objectifs

Décrire les principes et les modalités de mise en œuvre d’une démarche qualité en santé (concepts, modèles, normes et applications) Détailler les principes d’une gestion par projet et la mise en œuvre de projets qualité dans le domaine de la santé Contenus

Qualité : Changer ou disparaître... Cours introductif. L’approche processus – Système de management de la qualité. Outils qualité. Représentation – Diagramme des processus. Etudes de cas. Normes ISO – EFQM : Système de Management de la Qualité. La norme ISO 9001 : 2000 : Objectifs. La norme ISO 9001 : approche par processus. Les chapitres de la norme. L’application de la norme. Les piliers du système Gestion de projet : Méthodes en gestion de projet. Manager les risques projet. Apprentissage du logiciel MSProject Compétences

- scientifiques : cadrer un projet qualité en santé transversales : définition et conduite de projet en se basant sur une analyse a priori des risques

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Biochimie structurale et régulations enzymatiques (4 ECTS) Responsable : Eric Macia

C Magistraux T Dirigés

22 h 18 h

Objectifs Mieux comprendre les relations qui existent entre la structure et la fonction des biomolécules. Contenus

1) Théorie des différentes techniques de détermination de la structure des protéines (RMN, cristallographie aux rayons X, microscopie électronique). (Cours) 2) Bases théorique et pratique (TD sur machine) de modélisation moléculaire. (Cours et TDs) 3) Relation structure fonction, cas des enzymes et notion d’allostérie. (Cours et TDs) 4) Relation structure/fonction, cas des protéines structurales (exemple des moteurs moléculaire, des protéines impliquées dans la déformation des membranes, interaction protéines/lipides..). (cours et TDs) Compétences

Signalisation Cellulaire (4 ECTS) Responsable : Fabienne De Graeve

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

18 h 10 h 12 h

Objectifs Acquisition des bases nécessaires pour aborder la signalisation cellulaire régulant différents processus tels que survie / mort / longévité cellulaire, différenciation cellulaire, maintien de la pluripotence de cellules souches, développement de cancers. Contenus

Cours/TD Molécules impliquées dans la signalisation cellulaire. Etude de différentes voies de signalisation pour illustrer la diversité des signaux, des récepteurs, des effecteurs et leur interrelation. - la voie induite par l’insuline impliquée dans la sénescence qui régule la localisation subcellulaire et l’activité transcriptionnelle du facteur de transcription Foxo. - la voie extracellulaire (induite par le Ligand de Fas) et la voie intracellulaire (inductible par différents stress) qui conduisent à la mort cellulaire par apoptose. - quelques voies de signalisation ciblées en cancérologie expérimentale : Akt-mTor, Ras, Raf, Myc, PTEN, Hif. - études des différentes cellules souches (embryonnaires, adultes, cancéreuses, induites…) et des gènes et voies de signalisation impliquées dans le maintien de la pluripotence de ces cellules. Travaux Pratiques Introduction à la culture cellulaire et suivi au microscope inversé en utilisant le bleu Trypan pour distinguer cellules vivantes et mortes. Introduction à l’immunofluorescence et à la microscopie confocale. Détermination au microscope à fluorescence de l’efficacité de transfection des cellules S2 et du taux de cellules apoptotiques et nécrotiques dans une culture cellulaire soumise à une quantité croissante de staurosporine en utilisant le double marquage annexine-V-EGFP / iodure de propidium. Compétences

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Travailler en équipe - Travailler en autonomie - Utiliser les technologies de l’information et de la communication - Savoir restituer par écrit un travail scientifique : poser une problématique ; construire et développer une argumentation ; interpréter les résultats ; élaborer une synthèse ; proposer des prolongements - Utiliser des outils mathématiques, statistiques nécessaires - Lire et comprendre des textes scientifiques en anglais

Génétique des eucaryotes (2 ECTS) Responsable : Marylène Poirié

C Magistraux T Dirigés 10 h 10 h

Objectifs

Approfondir les connaissances en génétique formelle et moléculaire. Comprendre l'intérêt des organismes modèles en génétique. Connaître et comprendre l'utilisation des techniques et outils développés sur deux organismes modèles, la drosophile et la souris.

Contenu Cours basé sur l'interprétation d'articles et la réalisation d'exercices. Synthèse par les étudiants. Présentation des organismes modèles en génétique et comparaison de leurs caractéristiques et outils d'études. Mise en place, conception et réalisation de protocoles de croisements génétiques. Génétique de la drosophile: outils et techniques (chromosomes balanceurs et exemples de croisements, transgénèse, lignées ARN interférence, système UAS-Gal4, système FRT/FLP - utilisation des bases de données). Génétique de la souris (Stratégies de Knockout, utilisation des cellules ES, système Cre/loxP ). Présentation des différents marqueurs moléculaires et de leur utilisation.

Compétences Savoir intégrer les différents aspects et outils de la génétique (formelle et moléculaire). Connaître les outils génétiques d'étude de deux organismes modèles en biologie (souris - drosophile). Savoir analyser des articles scientifiques et des compte-rendu d'expériences. Développer un esprit critique. Neurobiologie Cognitive et Comportementale (4 ECTS) Responsable : Carine Cleren

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

28 h 6 h 6 h

Objectifs

Introduction aux bases neurobiologiques des fonctions mentales supérieures Contenus Cours

- Les niveaux de conscience - Le comportement sexuel - Les émotions, du système nerveux central au système nerveux autonome - La plasticité neuronale et les récupérations fonctionnelles; Apprentissage et Mémoire - Les représentations mentales - Les comportements dirigés vers un but - Le langage

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Compétences Intégrer les connaissances théoriques et pratiques sur les fonctions mentales étudiées. Physiologie humaine en conditions extrêmes (2 ECTS) Responsable : Franck Delaunay

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

8 h 8 h 4 h

Objectifs Acquérir une vision intégrée de la physiologie humaine du stress. Connaître et comprendre les mécanismes adaptatifs (à différentes échelles, organisme, organes/tissus, cellules, molécules) mis en jeu lorsque l’organisme humain est exposé à des conditions environnementales inhabituelles (hautes et basses pressions, froid/chaleur, microgravité). Comprendre et savoir interpréter les conséquences physiopathologiques liées à ces expositions. Contenus

• Introduction à la physiologie du stress • Physiologie et médecine hyperbare • Adaptation aux très hautes altitudes, hypoxie • Thermorégulation et adaptation aux températures extrêmes • Conséquences physiologiques de la microgravité • Applications numériques (saturation/désaturation) • Projet bibliographique (physiologie comparée) • Visite du caisson hyperbare de l’hôpital Pasteur • Etude expérimentale de l’effet Warburg

Compétences

-scientifiques : biologie intégrative, connaissance et utilisation des marqueurs de stress, fouille bibliographique scientifique, dosages biochimiques (ATP, lactate) -transversales : rédaction scientifique, préparation et présentation orale d’un contenu scientifique, travail en équipe. Immunologie 2 (2 ECTS) Responsable : Evelyne Mougneau

T Dirigés T Pratiques 8 h 12 h

Objectifs La réponse immunitaire physiologique et pathologique (approfondissement de l’UE Immunologie 1). Contenus TD : - analyses d’expériences extraites d’articles récents ; - exemples : infection de souris sensibles par le parasite Leishmania major, mise en évidence de la tolérance néonatale, rôle de l’allaitement maternel dans la mise en place de cette tolérance et dans la protection des maladies allergiques. TP

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1- Analyse de la réponse immunitaire cellulaire et humorale chez des souris vaccinées par une protéine en adjuvant . 2- Utilisation de la cytométrie de flux pour l’étude des populations cellulaires présentes dans un organe lymphoïde. Analyse des résultats par des profils en 1, 2 ou 3 dimensions. Compétences -scientifiques : Connaissances approfondies en immunologie. Maîtrise des techniques d'analyse de la réponse immunitaire. Expérience en cytométrie de flux et tests ELISA. -transversales : Capacité à définir les possibilités et les limites de chaque expérience étudiée. Travail en groupes, mise en commun de résultats. Organisation (cahier de manipulations, rédaction de conclusions) Biologie des Interactions (2 ECTS) Responsable : Cécile Sabourault

C Magistraux T Dirigés 10 h 10 h

Objectifs Développement d'une vision synthétique des interactions entre organismes Contenus

Cours

Les interactions durables entre espèces, du parasitisme au mutualisme obligatoire, ont joué un rôle décisif dans l'évolution du vivant et ont un impact important sur la structure des génomes, le comportement des organismes, le fonctionnement des populations et celui des écosystèmes. L'UE aborde ces interactions sous deux aspects : un aspect mécanistique, en explicitant et comparant le fonctionnement de certaines interactions et un aspect évolutif (co-évolution, transferts horizontaux …), en prenant en compte leur importance sociétale. Seront prises en compte aussi bien des interactions procaryotes-eucaryotes (bactéries endosymbiotiques, bactéries fixatrices d’azote …) qu’eucaryotes-eucaryotes (parasites, parasitoïdes,…) et des interactions entre trois ou même quatre partenaires. Travaux Dirigés Présentations de différents exemples d'interactions via l'analyse de résultats publiés. Compétences - scientifiques: acquisition de concepts évolutifs, mise en place d'une approche intégrative. -transversales: analyse d'articles, développement d'un esprit critique, synthèse de résultats

Dynamique des populations (4 ECTS) Responsable : Luisa Mangialajo

C Magistraux T Dirigés 20 h 10 h

Objectifs Elargir les connaissances de l’organisme aux populations et aux communautés Contenus Notions de dynamique des populations et des communautés. Les principaux modèles de croissance des populations animales et végétales.

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Notions de relation intra- et interspécifique, d’espèces clé, de compétition et de coexistence. Notions de résistance et de résilience face à une perturbation. Introduction à la théorie de l'information et à ses applications en écologie. Compétences Appréhension des phénomènes biologiques à l'échelle des populations Ecosystèmes (4 ECTS) Responsable : Patrice Francour

C Magistraux T Dirigés 22 h 12 h

Objectifs Ce module permet aux étudiants d’acquérir des connaissances de base sur la structuration de systèmes complexes (complexes par leur nombre d’éléments constitutifs). Contenus Les grands traits des écosystèmes (composition, inter-relations entre ces éléments, cycles biogéochimiques, cycle de l’énergie, facteurs structurant, régulation) sont abordés de façon théorique, mais aussi à travers certains grands phénomènes comme El Nino, NAO ou l’effet de serre. A côté des cours magistraux, une approche appliquée en TD s’appuie sur un travail propre de réalisation de projet par les étudiants (10 h). Compétences

Connaissances de base en biologie Biologie comportementale - Ethologie (2 ECTS) Responsable : Carine Cleren

C Magistraux T Dirigés 16 h 8 h

Objectifs

Découverte de l'éthologie Contenus: Cours

- Historique - Comportements stéréotypés - Comportement sexuel - Comportements intelligents - Comportement social Travaux dirigés

Illustrations du cours Observation à partir de vidéo de travaux en laboratoire et sur le terrain. Compétences

Acquisition d'un raisonnement critique sur les comportements analysés Endocrinologie-Signalisation Cellulaire (2 ECTS) Responsable : Marielle Guibbolini

(Parcours BOE-SVT)

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C Magistraux T Dirigés T Pratiques

12 h 4h 8h Objectifs

Acquisition des concepts fondamentaux de l’endocrinologie chez les vertébrés. Aspects comparatifs. Comprendre ce qu’est une hormone, acquérir des notions sur la production, la distribution et les mécanismes d’action des hormones. Contenus Cours

• Endocrinologie générale, aspects comparatifs. • Glandes endocrines: système hypothalamo-hypophysaire, thyroïde, cortico-et médullo-

surrénales, gonades, pancréas… -Morphologie, anatomie, cytologie et origine embryologique de la glande endocrine -Hormones, tissus cibles-effets physiologiques-aspects physiopathologiques -Nature-biosynthèse-scrétion-transport et dégradation des hormones -Notions de feedback -Occupation des récepteurs et réponse biologique, Notions d’agonistes et d’antagonistes -Récepteurs membranaires et nucléaires, mode d’action. TD

• Interaction hormone-récepteur (Scatchard), spécificité, affinité, nombre de sites de liaison • Clearance hormonale, taux de production hormonale, T1/2 • Agoniste/antagoniste…

TP

• Régulation hormonale de la contraction de l’anneau isolé d’aorte. • Régulation hormonale de la production de glucose hépatique, du stockage de glycogène

hépatique Compétences -Scientifiques :

-Connaissances fondamentales en endocrinologie. Aspects comparatifs chez les vertébrés. -Analyser et interpréter des données expérimentales afin de les replacer dans un contexte plus large (homéostasie, déséquilibres physiopathologiques ou d'origine environnementale). -Transversales :

Décloisonnement des disciplines : l’endocrinologie nécessite de mobiliser les bases en physiologie , biochimie, biologie cellulaire…

Biologie Animale - Reproduction (3 ECTS) Responsable : Patricia Pierson

C Magistraux T Pratiques

26 h 9 h Objectifs Approfondir les connaissances (pour niveau CAPES) en biologie de la reproduction et embryologie ; étudier le développement post-embryonnaire et la vie larvaire ; évoquer les grandes problématiques en évolution-développement

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Contenus

Cours

*Bilan des modalités de reproduction dans le monde animal *Développement embryonnaire du modèle drosophile *Diversité des larves dans le monde animal, métamorphoses et leurs contrôles *Bases développementales de l'évolution animale (Évo-dévo). Travaux Pratiques

Illustration de la diversité des modes de reproductions sexuée et asexuée; développement post-embryonnaire des Insectes. Compétences

- scientifiques : Bases fondamentales de la biologie. - transversales : Analyse, compréhension et restitution de résultats.

Minéralogie et pétrologie sédimentaire (4 ECTS) Responsable : Sébastien Migeon

C Magistraux T Pratiques T Terrain 8 h 25 h 7 h

Objectifs Prendre conscience de l’organisation des minéraux à l’échelle de l’atome pour comprendre les processus pétrologiques. Utiliser les roches sédimentaires et leurs caractéristiques (minéraux, fossiles, structures sédimentaires) pour reconstituer le paléo-environnement de dépôt. Contenus Introduction générale : qu’est-ce que la pétrologie ? Première Partie – Introduction à la Minéralogie I. Principes de minéralogie : état cristallin et organisation de la matière solide II. Rencontre avec les principaux minéraux des roches terrestres III. Stabilité des minéraux et implications pétrologiques

IV. Propriétés optiques des minéraux et applications au microscope polarisant Seconde Partie – Pétrologie, roches sédimentaires et environnements de dépôt I. Principes de sédimentologie et de stratigraphie II. Roches sédimentaires et environnements de dépôt II.1. Les roches carbonatées II.2. Les roches détritiques II.3. Les roches siliceuses II.4. Les roches évaporitiques II.5. les roches combustibles fossiles II.6. Les roches ferrugineuses et résiduelles III. Le cycle sédimentaire et la diagenèse Compétences Observation d’échantillons. Utilisation du microscope polarisant. Reconnaissance des minéraux principaux des roches magmatiques et métamorphiques. Méthodologie permettant la reconnaissance et l’interprétation des principales caractéristiques des roches carbonatées, détritiques, siliceuses et résiduelles évaporitiques et carbonées. Capacité à construire un log lithostratigraphique des roches sédimentaires du Jurassique-Crétacé-

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Eocène et à en déduire les principales variations paléo-environnementales contrôlées par des variations eustatiques. Pétrologie magmatique et métamorphique (4 ECTS) Responsable : Julie Schneider

C Magistraux T Pratiques T Terrain 14 h 12 h 14 h

Objectifs

Appréhender les roches magmatiques et métamorphiques comme marqueurs des processus géodynamiques terrestres. Contenus Pétrologie Magmatique I. Introduction: qu’est-ce que le magmatisme ? II. Rappels sur la structure de la terre III. Classification des roches magmatiques Ou Démarche de détermination des roches magmatiques IV. Origine des magmas : Le processus de fusion partielle V. Evolution des magmas : Processus de différenciation magmatique et Séries magmatiques VI. Emission des magmas en surface : Les dynamismes éruptifs VII. Mise en place des magmas en profondeur : Les granites et granitoïdes VIII. Synthèse – Place des roches magmatiques comme marqueurs géodynamique. Pétrologie Métamorphique I. Introduction: qu’est-ce que le métamorphisme? II. Nomenclature des roches métamorphiques selon des champs P, T : Les Faciès métamorphiques III. Evolution métamorphique et contexte géodynamique : Les Gradients métamorphiques IV. Processus métamorphiques : Thermodynamique, cinétique et déformation IV.a Réarrangement textural IV.b Réactions minéralogiques - Principes IV.c Réactions minéralogiques - Cinétique V. Histoire métamorphique et géodynamique d’une roche : Reconstruction de chemins P,T,t VI. Etude de cas – Place des roches métamorphiques comme marqueurs géodynamique. Compétences Observation de documents et d’échantillons. Analyse sur le terrain de la paléo-activité volcanique d’une région et déduction du contexte géodynamique associé à l’époque. Reconnaissance de roches métamorphiques sur le terrain

Projet tuteuré - Didactique (3 ECTS) Responsable : Sophie Raisin

T Dirigés 18 h

Objectifs Découverte et initiation à la pratique des démarches pédagogiques propres aux Sciences Contenus

Cours d’introduction à la pédagogie, démarche d’investigation, projet tutoré « pédagogie de projet » et exercices variés de pratique orale sur des thèmes spécifiques)

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Compétences

Compétences organisationnelles :· Travailler en autonomie et en équipe : établir des priorités, gérer son temps, respecter les délais, s’auto-évaluer · Utiliser les technologies de l’information et de la communication · Effectuer une recherche d’information · Mettre en œuvre un projet : définir les objectifs, le contexte et la problématique, réaliser et évaluer l’action, Compétences relationnelles :· Communiquer à l’oral et savoir restituer par écrit et par oral un travail. Compétences scientifiques générales :· Savoir conduire une recherche bibliographique en rapport avec un thème scientifique · Maîtriser la démarche scientifique et expérimentale Projet pluridisciplinaire (4 ECTS) Responsable : Jean-Paul Comet

C Magistraux T Dirigés

18 h 36 h Objectifs

Ce projet, le premier de L3, a pour objectif d'aborder la modélisation des systèmes biologiques par des formalismes rigoureux outillés par des logiciels qui facilitent à la fois la simulation et la validation des modèles. Contenus On se fonde sur des exemples de systèmes biologiques non triviaux dont les propriétés dynamiques sont difficilement prédictibles à la seule vue des interactions mises en jeu. On conduit les étudiants à savoir en premier lieu faire un inventaire des objets biologiques pertinents (et de leurs interactions) dans le cadre du phénomène biologique étudié. On apprend ensuite à choisir un cadre de modélisation adapté aux objectifs liés à la question biologique qui motive l'étude. Enfin on expérimente comment le(s) modèle(s) peut (peuvent) être utilisé(s) pour produire des prédictions sur la dynamique du système, et comment ces prédictions peuvent être exploitées biologiquement. Parmi les projets passés, on peut citer : - modélisation de l'horloge circadienne d’une cyanobactérie, d'une plante, d'un mammifère : les cadres de modélisation sont différents dans chacun des cas car les réseaux génétiques sous-jacents sont fondamentalement différents. - modélisation de la glycémie chez l'homme, qui met en jeu à la fois des phénomènes métaboliques, cellulaires et tissulaires. Compétences

Capacité à poser un problème biologique en des termes mathématiques, à choisir un formalisme de modélisation adéquate, à cibler les questions biologiques pertinentes, chercher les données biologiques utiles et interpréter les résultats de simulation.

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Semestre 6 Bioinformatique Appliquée : Analyses de séquences (4 ECTS) Responsable : Karine Robbe-Sermesant

C Magistraux T Pratiques

12h 24h Objectifs Initier les étudiants aux outils d’analyse de séquences biologiques (ADN et Protéines) disponibles sur Internet pour des applications en bioinformatique et biotechnologie. Contenus Travaux pratiques réalisés en salle machines

Structure et utilisation des grandes bases de données en Biologie de l’EBI et du NCBI (Genbank, EMBL, UniProtKB, Taxonomy, Gene Ontology, InterPro…) Les principaux outils de recherche dans les bases de données (SRS & Entrez) Compréhension et utilisation d’outils d'analyses de séquences nucléiques et protéiques. Outils de traduction, Outils d'alignement 2 à 2 et multiple (ClustalW), Utilisation avancée de l'outil Blast, Recherche d’amorces PCR Utilisation des navigateurs de génomes (EnsEmbl, UCSC) Cours

Introduction à la bioinformatique et bases de données en biologie, Comparaison de séquences 2 à 2, Recherche de Similitude : Blast, Recherche dans les bases de données, Alignements multiples, Domaines et Motifs, Analyse des génomes

Compétences - Scientifiques Analyse des séquences biologiques : recherches d’informations, de similitudes, recherches dans des banques de données biologiques par l’outil SRS, maîtrise des outils d’alignement (Align, Blast), recherche de motifs, recherche d’amorces PCR, de navigations sur les génomes. -.Transversales : Informatique (maîtrise d’outils d’analyse bioinformatique), connaissances d’algorithmes pour la biologie (alignement de séquences), notion sur les bases de données, utilisation d’Internet.

Biologie du développement animal (4 ECTS) Responsable : Christian Ghiglione

C Magistraux T Pratiques T Terrain 32 h 9 h 1 journée en laboratoire (facultatif)

Objectifs Comprendre les grands mécanismes utilisés lors de la construction d’un organisme à partir d’une cellule unique, l’œuf fécondé. Appréhender la spécificité de la discipline : assurer, au cours du temps, croissance, différenciation et organisation coordonnées d’un groupe de cellules. Contenus Génétique, Embryologie, Biologie Cellulaire et Moléculaire, Imagerie

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Cours

- De la pluripotentialité à l’hyperdifférenciation : totipotence, cellules souches et différenciation in vitro, différenciation in vivo, regénération. - Les contrôles génétiques : localisation des ARNm, cascades génétiques et gènes homéotiques, contrôle de l’expression génique par les microARN. - Les mouvements cellulaires : cytosquelette et matrice extracellulaire, changements de forme et déplacements de cellules et de feuillets. - Les interactions cellulaires : communication directe : adhésion cellule-cellule, signalisation par contact, communication par substance diffusible (morphogène et signalisation). - La mort cellulaire programmée : l’apoptose physiologique au cours du développement Travaux pratiques

- mise en place des axes A/P et D/V chez l’embryon de drosophile - apoptose et développement des membres de poulet - ossification polarisée selon l'axe A/P des mammifères Travaux de Terrain

Une journée d’immersion dans un laboratoire de Biologie du Développement de la région Un stage optionnel d’été dans un laboratoire de Biologie du Développement de la région Compétences Scientifiques : connaissances des mécanismes génétiques et cellulaires du développement. Application pratique de techniques d'étude du développement sur 3 organismes modèles. Transversales : mise en œuvre de protocoles avancés. Habileté gestuelle. Travail sous loupe binoculaire. Physiopathologie de la nutrition et du métabolisme (4 ECTS) Responsables : Brigitte Sibille - Michèle Teboul

C Magistraux T Dirigés 20 h 10 h

Objectifs

Acquisition des concepts, approches et méthodologies nécessaires à l’étude moléculaire, cellulaire et intégrée de l’homéostasie métabolique. Contenus

1) Cycles circadiens et métabolisme 2) Nutrition (dépense énergétique, besoins alimentaires quantitatifs et qualitatifs, nutriments essentiels, régulation de la prise alimentaire)

3) Digestion (hormones digestion, acides biliaires) 4) Métabolisme hépatique du cholestérol (cholestérol, acides biliaires, athérosclérose) 5) Métabolisme du tissu adipeux blanc (différenciation, sécrétions de cytokines, cycle circadien)

6) Métabolisme du tissu adipeux brun (protéines découplantes, thermogénèse, régulation masse corporelle)

7) Métabolisme musculaire 8) Adaptations métaboliques et homéostasie du glucose) lors des transitions nutritionnelles (état nourri et état de jeûne) (voies métaboliques et régulation, relations inter-organes)

9) Le syndrome métabolique et pathologies associées (athérosclérose, inflammation, hyperlipidémies) notamment le diabète de type 2

TD :

!" Démarche/bases de données web en physiologie (identification, exploitation, possibilités et limites) #" Analyse d’articles

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$" TD sur les cycles circadiens et la régulation du métabolisme %" Méthodes d’exploration fonctionnelle (tests de tolérance, clamp euglycémique, calorimétrie indirecte, prise alimentaire, etc…) &" Etude de cas cliniques (diabète de type 1, altération du métabolisme des lipides, maladies mitochondriales)

Compétences Connaissances des bases de la physiopathologie de la Nutrition et de l’homéostasie métabolique, techniques d’analyse du métabolisme ; apprendre à analyser et interpréter les données expérimentales

MET2 : Normes (4 ECTS) Responsable : Pascal Staccini

C Magistraux T Dirigés T Terrain 20 h 20 h 5 h

RIS : Hygiène, stérilisation et risques chimiques (4 ECTS) Responsable : Jean-François Quaranta

C Magistraux T Dirigés T Terrain

25 h 15 h 5 h Objectifs Aborder de façon exhaustive et systémique l’étude des grandes familles de risque et présenter le schéma général de management par la qualité appliqué aux vigilances et à la gestion des risques sanitaires. Contenus

Sécurité sanitaire, vigilances sanitaires et gestion des risques Méthodologie de la gestion des risques : en établissement de santé, gestion de projet, principales vigilances sanitaires (hémovigilance, réactovigilance, matériovigilance, biovigilance) Maintenance biomédicale : rôle et missions du technicien et de l’ingénieur biomédical, cycle de vie d’un dispositif médical, principes et méthodes de maintenance, gestion de la maintenance assistée par ordinateur Risques chimique et incendie Hygiène, stérilisation, maîtrise du risque infectieux, accidents d’exposition au sang, éléments essentiels de la reconnaissance et de la gestion des infections nosocomiales Compétences -scientifiques : conduire une analyse des risques a priori -transversales : savoir déployer les vigilances sanitaires dans un établissement de santé (traçabilité des produits de santé, signalement des incidents) COM2 : RH – English for public health (4 ECTS) Responsable : Pascal Staccini

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

10 h 15 h 15 h

Objectifs

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Apporter aux étudiants les éléments essentiels des techniques d’expression et de communication. Apprentissage de deux langues étrangères à partir de thèmes de santé publique. Contenus Quality and Public Health Issues LV2 (Italien, Espagnol ou Allemand) Techniques de communication - Animation d’équipe, négociation, Techniques de vente - Jeu de présentation, Comment se lever ?, Distanciation / Prendre de la distance par rapport à des a priori, Le cerveau tri-unique - Le cheminement de la prise de parole, Le psychisme humain - Gestion d’équipes : la réalité de l’entreprise - Affirmation de soi - L’écoute et reformulation Notion de conduite de réunion Compétences

- scientifiques : comprendre les mécanismes de base en matière de communication orale et écrite transversales : rédiger un document professionnel et structurer une présentation dans une langue étrangère TEC: Bases de la recherche clinique (4 ECTS) Responsable : Pascal Staccini

C Magistraux T Dirigés T Terrain

25 h 15 h 5 h Objectifs

Décrire les éléments méthodologiques pour conduire l’évaluation clinique d’une thérapeutique, d’une technique, d’une technologie. Lister les éléments organisationnels liés à la mise en œuvre de la recherche clinique dans les hôpitaux et à la valorisation des résultats de la recherche. Connaître et appliquer les bonnes pratiques cliniques. Contenus

Méthodes d’évaluation en recherche clinique et technologique : méthodes d’évaluation, analyses de cas, essais cliniques, pharmacovigilance, pharmaco-épidémiologie Organisation de la recherche clinique et de l’innovation technologique : structuration nationale, structures régionales et locales (DRCI) Bonnes pratiques cliniques : du protocole au cahier d’observation (CRF), les essais thérapeutiques Réglementation et Ethique de la recherche : hypothèses de recherche et éthique, suivi des essais et déclaration des événements indésirables (CPP) Valorisation de la recherche Compétences

-scientifiques : structurer une démarche d'évaluation en matière de recherche clinique -transversales : mettre en oeuvre une gestion de projet en matière de recherche clinique

SVS : Sécurité et vigilance sanitaires (4 ECTS) Responsable : Pascal Staccini

C Magistraux T Dirigés T Terrain 20 h 20 h 5 h

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Evolution Moléculaire et Phylogénèse (4 ECTS) Responsables : Didier Forcioli – Lorraine Bottin

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

20 h 8 h 12 h Objectifs Former par la théorie et l’aide d’exemples concrets, appréhender l’évolution moléculaire et réaliser et interpréter des phylogénies. Décrire l’évolution des génomes. Aborder les méthodes génomiques de détection de gènes soumis à sélection. Contenus 1

ère partie

Cours Théorie moléculaire de l’évolution : présentation et discussion de différents aspects de l’évolution moléculaire (notion d’horloge moléculaire, effet de la sélection). Notion de modèle de substitution Présentation des méthodes d’analyse phylogénétique (méthodes à base de distances ou à base d’optimisation d’un critére, comme le maximum de parcimonie et les méthodes probabilistes et bayésiennes). Recherches heuristiques et robustesse des phylogénies moléculaires Travaux Dirigés et Travaux pratiques Exploration des algorithmes de différentes méthodes de construction d’arbre, et manipulation des séquences moléculaires à l’aide de différents logiciels informatiques. Utilisation de MEGA une plate forme de phylogenèse afin d’obtenir des arbres phylogénétiques dans le but de répondre à une question biologique. 2

ème partie

Cours

Histoire naturelle des génomes Mécanismes d’évolution des génomes (domain shuffling, synténie, duplication et pertes de gènes, éléments mobiles, transferts horizontaux). Travaux Dirigés et Travaux pratiques - Tests de neutralité, applications et limites - Evolution des génomes : Compétences

Utilisation de logiciel spécialisés, traitement informatique de données moléculaires. Atouts et limitations des méthodes d’analyse phylogénétiques

Biotechnologies (4 ECTS) Responsible : Michèle Teboul

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 24 h 8 h 8 h

Objectifs Etudier les différentes techniques utilisées en biotechnologies et leurs applications, en recherche fondamentale et en recherche appliquée.

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Contenus Génération d’animaux et de plantes transgéniques et leur intérêt en Recherche. Production de protéines dans des systèmes hétérologues (système levure, système bactérien, cellules d’insectes, cellules de mammifères). Extinction de l’expression de gènes (Knock-out, RNAi), intérêt en médecine thérapeutique Les modèles cellulaires- les cellules souches (cellules souches embryonnaires, cellules souches adultes, iPS) ; application en médecine thérapeutique Méthodes d’analyse du transcriptome et applications en Recherche fondamentale et appliquée (diagnostic, recherche de pathogène…) Rédaction d’une brève/ nouvelle par trinôme sur un sujet de pointe en biotechnologies Compétences

-scientifiques : connaissance de méthodes et outils utiles dans la plupart des disciplines dans le domaine Recherche et Santé. -transversales : communication scientifique- recherche bibliographique. Régulation Génique Procaryote (4 ECTS) Responsable : Karine Mandon

C Magistraux C Intégrés T Dirigés T Pratiques

14 h 12 h 8 h 12 h Objectifs

Connaître et comprendre les différents niveaux de régulation intervenant dans l’expression génique chez les bactéries et bactériophages. A partir des techniques de microbiologie et de biologie moléculaire acquises, savoir définir à quels niveaux un gène donné est régulé. Utilisation des outils de la génétique moléculaire en vue de la production de protéines d’intérêts dans un microorganisme. Contenus

Cours/TD : Isolements de mutants, complémentation et recombinaison chez les bactéries et les bactériophages. Structure des génomes procaryotes et éléments génétiques mobiles. Régulation chez les bactéries : Régulation transcriptionnelle : éléments cis de régulation, protéines régulatrices, exemple de l’opéron lactose. Régulation post-transcriptionnelle : atténuation, antiterminaison et régulation de la traduction. Régulation globale par les facteurs sigma, exemple du choc thermique. Les bactériophages : cycle lytique et lysogénie. Régulation de l’expression des gènes du bactériophage lambda. Etude des systèmes de sécrétion des protéines chez les bactéries. Connaissance des vecteurs d’expression de protéines recombinantes. Travaux Pratiques :

Exemple de régulation d’un opéron bactérien codant les enzymes impliquées dans la biosynthèse de la choline. Compétences

Intégrer les connaissances théoriques, afin d’élaborer une démarche expérimentale, la mettre en pratique pour déterminer un circuit de régulation génique chez les procaryotes. Concevoir un plan de production d’une protéine d’intérêt médical.

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Endocrinologie Générale (Parcours IDS, BMG, BPN) (4 ECTS)

Responsable : Marielle Guibbolini C Magistraux T Dirigés

24 h 6 h

Objectifs Acquisition des connaissances fondamentales en endocrinologie Contenus

Cours Analyse du système endocrinien : Notions d’hormones, production et distribution du message hormonal, réponse des cellules au message hormonal. Le système hypothalamo-hypophysaire. La thyroïde – Les parathyroïdes – Cellules C. Les cortico- et médullo-surrénales. Les gonades et la reproduction. Le Pancréas. Dans chaque chapitre seront abordés : la morphologie, l’anatomie, la cytologie et l’origine embryologique de chaque glande. La biosynthèse, la sécrétion et son contrôle, le transport, la dégradation de chaque hormone. Le mode d’action, les effets physiologiques et les aspects physiopathologiques. TD

Techniques générales Clearance hormonale, Taux de Production hormonale, T1/2 Interactions Hormone-Récepteur, Binding (Scatchard) Affinité, Spécificité, Nombre de Récepteur, Agonistes et Antagonistes TP Effectués dans l’UE des Techniques d’Exploration fonctionnelle en Physiologie Animale (L3/S5) Compétences

-Scientifiques : Acquisition des connaissances fondamentales en Endocrinologie. Savoir analyser et interpréter des données expérimentales et les replacer dans un contexte plus large (homéostasie, déséquilibres associés à des perturbations physiopathologiques ou environnementales). -Transversales : intégration de champs disciplinaires de la biologie. Biologie du développement végétal (4 ECTS) Responsable : Nicolas Pauly

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

18 h 8 h 15 h Objectifs - Appréhender le rôle des différentes phytohormones dans le développement végétal. - Etudier différents programmes du développement végétal (embryogénèse, germination, transition et morphologie florale). Contenus

Les cours théoriques et les TDs sont étroitement imbriqués, de manière à permettre aux étudiants d’acquérir des compétences dans le traitement des données expérimentales quantitatives et de construire une réflexion concernant les mécanismes moléculaires correspondants. Cours/TD : Les phytohormones : biosynthèse, métabolisme et signalisation Les outils et modèles pour l’étude des processus liés au développement végétal Mise en place et fonctionnement des méristèmes végétaux Contrôle génétique et physiologique de la floraison et de la germination

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TP : Base de la culture in vitro, régulation hormonale de la germination, Régulation génique hormonale et caractérisations de mutants. Compétences Approfondissement des connaissances en organisation du vivant végétal. Traitement de données expérimentales. Culture in vitro de matériel végétal.

Réponses des Plantes supérieures à leur Environnement, (4 ECTS) Responsable : Eric Boncompagni

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 20 h 10 h 10 h

Objectifs

Etude de la complexité des réponses des plantes supérieures au stress biotique, abiotique et lors d’une symbiose modèle. Réponses aux facteurs lumineux, gravité, photopériodicité, etc… Contenus

Cours : Tropismes: phototropisme et gravitropisme. Rythmes circadiens et photopériodisme. Photorécepteurs, transduction du signal. Réponses des plantes aux modifications environnementales (stress abiotiques). Réponses des plantes aux microorganismes pathogènes. Réponses des plantes aux microorganismes symbiotiques. TDs: Initiation à la phytopathologie. Les plantes et les stress abiotiques. Phototropismes et phototropines. Cas des phytochromes chez les plantes. Fixation d’azote symbiotique. TPs : Initiation à la phytopathologie. Etude de la fixation d’azote chez Sinorhizobium meliloti. Compétences Connaissance des mécanismes de réponse des plantes à leur environnement.

Neurobiologie des pathologies cérébrales (4 ECTS) Responsable : Isabelle Léna

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 20 h 17 h 3 h

Objectifs Appréhender les disfonctionnements du système nerveux central Contenus

Introduction aux principales pathologies cérébrales : troubles neuropsychologiques (aphasies, amnésies, apraxies et agnosies), neurodégénératifs (Parkinson, Alzheimer) et psychiatriques (toxicomanie, troubles anxieux) Compétences Connaissance des grandes classes de troubles neurologiques

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Pharmacologie fondamentale et appliquée (4 ECTS) Responsable : Jacques Noël

C Magistraux C Intégrés T Dirigés T Pratiques

24 h 6 h 2 h 8 h Objectifs Acquérir les bases de pharmacologie. Contenus

Familles de médicaments. Pharmacocinétique (voies, absorption, distribution, biotransformation, excrétion, clairance, ! vie). Pharmacodynamique (notion de récepteur, interaction agoniste-récepteur. localisation membrane, cytoplasme, noyau, transduction, mécanismes). Le médicament: définition, origine, dénominations, quantification des effets, posologie. Principes et méthodes de mesure en toxicologie et pharmacologie, Phases cliniques d’un médicament. Pharmacologie du système nerveux, de la douleur, du système immunitaire, du cancer, cardiaque, et vasculaire. Compétences

-Scientifiques : pharmacologie générale (pharmacocinétique, pharmacodynamique, drug design, phases cliniques d'un médicament). Pharmacologie des grands systèmes. Calculs pour réalisation de solutions. Mise au point de protocoles expérimentaux, conduite d'expérience et analyse de données en TP virtuel (simulation de myographie sur artère). Transversales : préparation des solutions et mise au point de protocole scientifique, analyse de résultats avec Excel, travail en binomes, recherche d'information sur internet. Techniques d'exploration fonctionnelle (4 ECTS) Responsable : Aline Grechez-Cassiau

C Magistraux C Intégrés T Dirigés T Pratiques

14 h 12 h 8 h 12 h Objectifs - Application des méthodes et concepts de la Physiologie Animale au niveau tissulaire et de l’organisme (notion de réponse intégrée) -Application des notions abordées en cours des Grandes Fonctions Animales : compréhension du fonctionnement des grands systèmes physiologiques (rénal, cardio-vasculaire, respiratoire) et notion de régulation nerveuses et hormonales. Illustration des cours d'endocrinologie, de nutrition et métabolisme. - Initier les étudiants à la manipulation d’animaux - Apprentissage des gestes techniques de base et connaissance des notions éthiques de base de l’expérimentation animale -Apprentissage des bases de l’exposé écrit

Contenus TP (5h) : - Opération sur le rat (Film et dissection) + un dosage pour la mesure du volume sanguin - Contrôle de la pression artérielle et de la ventilation chez le rat. - Exploration fonctionnelle du rein : Filtration glomérulaire, et réabsorption tubulaire de sodium. - Régulation hormonale de la lipolyse. Etude sur adipocytes isolés de rat. - Régulation nerveuse de la vasomotricité : l'anneau d'aorte isolé - Le foie : stockage et libération du glucose. Travaux Dirigés : -Bases de l’éthique et respect de la réglementation concernant l’expérimentation animale

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- Application des statistiques sur des données acquises dans un TP - Correction des TP et participation aux questions. Compétences Acquisition de techniques de manipulations pratiques sur des animaux (contention, anesthésie, cathétérisation, pose de capteur). Interprétation et mise en forme des résultats expérimentaux sous forme de compte rendus scientifiques écrits. Bases de l'utilisation des petits matériels de laboratoire (pipettes automatiques, centrifugeuse, spectrophotomètre...). Travail en autonomie ou en interaction avec des collègues, gestion du temps. Manipuler les concepts de concentration et préparer des solutions (tampons, dilutions ...). Conception d’un protocole expérimental de base. Bases de la présentation orale de résultats expérimentaux.

Canaux ioniques : bases théoriques et moléculaires (4 ECTS) Responsable : Olivier Soriani

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 16 h 6 h 8 h

Objectifs Acquisition des bases nécessaires à la compréhension de la régulation de des fonctions associées aux canaux ioniques. Contenus Cours Courant membranaire et potentiel de repos (équations de GHK) Equations phénoménologiques (HH), équivalence électrique Les canaux comme « senseurs » de l’environnement cellulaire - Canaux Voltage-dépendants - Canaux de fond - Canaux ligands dépendants - Nouvelles familles de canaux Transporteurs membranaires TD basés sur l'étude de pathologies provoquées par des dysfonctionnements de canaux ioniques (troubles du rythme, douleur, mucoviscidose, etc.) TP Analyse en patch clamp des propriétés électriques de neurones virtuels. Compétences Mise au point de protocoles d'étude du comportement des canaux. Analyse fine des résultats.

Imagerie tissulaire – Dynamique et imagerie des systèmes intégrés (4 ECTS) Responsable : Sandra Lacas-Gervais

T Dirigés T Pratiques

27 h 9 h Objectifs

Initiation et utilisation, des différentes techniques de microscopie pour observer à différents niveaux un échantillon et explorer ses fonctions Reconnaissance des tissus animaux et pratique des différentes techniques de microscopies pour illustrer un rôle fonctionnel particulier.

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Contenus

Introduction à la microscopie optique et électronique, Initiation sur machine à la microscopie confocale et électronique à transmission et à balayage, TP d’immunomarquage en fluorescence et observation en microscopie à fluorescence, TP de colorations histologiques, observations en microscopie optique, TD d’histologie, TP d’immunomarquage à l’or et observation en microscopie électronique à transmission, TD de recherche bibliographiques et préparation d’une présentation orale sur les techniques modernes de microscopie optique (microscopie confocale à haute résolution, FRET, FRAP, FLIM…) Compétences Maîtrise théorique et pratiques des principaux moyens d'imagerie en biologie.

Analyse de métabolites secondaires (4 ECTS) Responsables : Olivier Thomas, Mael Nicolas

T Dirigés T Pratiques 4 h 40 h

Objectifs Mieux appréhender les techniques analytiques chimiques (Chromatographies et spectroscopies) utiles pour isoler des métabolites secondaires d’un organisme vivant et caractériser leur structure. Ces métabolites sont susceptibles d’avoir des applications en pharmacologie.

Biodiversité (3 ECTS) Responsable : Patrice Francour

C Magistraux C Intégrés T Dirigés T Pratiques 14 h 12 h 8 h 12 h

Objectifs En complément du module Ecosystèmes (S5), ce module permet d’acquérir des connaissances de base sur le rôle de la biodiversité dans la structuration des écosystèmes Contenus Analyse des processus liés à la stabilisation ou la diminution de la variabilité des écosystèmes, notamment en terme de production et de performances. Analyses impacts sur les systèmes naturels par les espèces non-indigènes. Etude des causes de diminution de la biodiversité et les moyens mis en œuvre ou disponibles pour protéger et gérer la biodiversité et des moyens mis en oeuvre pour protéger et gérer la biodiversité. Notions de développement durable et de gestion intégrée de la zone côtière. A côté des cours magistraux, une approche appliquée en TD s’appuie sur un travail propre de réalisation de projet ou de sortie sur le terrain. Compétences Connaissances théoriques et pratiques sur l'estimation, le suivi et la gestion de la biodiversité.

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Introduction à l'écotoxicologie (2 ECTS) Responsable : Christine Risso

C Magistraux T Dirigés

12 h 4 h Objectifs Notions générales de toxicologie. Principes fondamentaux en écotoxicologie. Contenus

La pollution de la biosphère, sources de contamination. Devenir des contaminants : mécanismes de dispersion, de circulation et de transfert des polluants. Etudes d’impact des polluants environnementaux sur les écosystèmes. TD : Approche des notions fondamentales de toxicologie au travers l’analyse de publication et/ou l’étude de cas. Compétences Connaissances en écotoxicologie. Analyse de cas et d'articles.

Biologie de l'adaptation et écophysiologie (4 ECTS) Responsable : Cécile Sabourault

C Magistraux T Dirigés 22 h 16 h

Objectifs Connaître les différentes stratégies d'adaptation des organismes à leur environnement Contenus Cours. L’adaptation à un milieu donné se manifeste à différents niveaux d’organisation. Les différentes stratégies d’adaptation seront illustrées à partir d'une multitude d'exemples pris dans le monde vivant. Thèmes abordés : Diversité, Evolution, Adaptation. Les mécanismes évolutifs à l'origine de l'adaptation des organismes. Exemples : communication animale, adaptations morpho-fonctionnelles, respiration, thermorégulation, placentation, osmorégulation, digestion. Travaux dirigés : Après une description des différents types de communication scientifique, l'étudiant aura à choisir un article scientifique illustrant une adaptation écologique, physiologique, biochimique ou génomique au milieu environnant. Par un travail personnel encadré, l'étudiant abordera les techniques d'analyse d'articles et restituera le contenu de l'article sous forme d'un exposé oral. Compétences -scientifiques : anatomie et physiologie comparées, adaptations des organismes à leur milieu de vie -transversales : communication scientifique

Ecologie et Biologie Marine (3 ECTS) Responsable : Thierry THIBAUT

C Magistraux T Terrain

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Objectifs Acquérir les bases de l’écologie du milieu marin

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Contenus

- la courantologie de l’océan mondial, - l’étagement en zone littorale, - la Méditerranée (formation, paramètres physico-chimiques, la diversité des écosystèmes, la diversité spécifique, les menaces) - Les biocénoses à macrophytes marines - Le fonctionnement de l’herbier à Posidonia oceanica

- Les écosystèmes profonds.

Compétences Introduction à l’océanologie. Acquisition de connaissances générales sur les écosystèmes les plus remarquables du milieu marin et sur la biologie de certains animaux ou végétaux. Paléoenvironnement (2 ECTS) Responsable : Chrystèle Vérati

C Magistraux T Dirigés

14 h 8 h Objectifs Décrire l'apport de la géologie à la reconstitution des conditions environnementales passées Contenus Les grandes étapes d’évolution de notre planète Terre sur 4.5 Ga. Origine et évolution des océans. Origine et évolution de la composition de l’atmosphère - Impact sur les paléoclimats. Origine et évolution de la vie. Les grandes transitions – extinction de masse depuis 600 Ma. Extinction de masse et variations climatiques passées. Liens entre le climat et la dynamique interne de la Terre. Les scénarii des baisses importantes de la biodiversité depuis 600 Ma. Scénarii d’évolution sur le 21ème siècle et les siècles à venir. TD : - les scénarii du changement climatique à la transition KT (2h) - les scénarii du changement climatique à la transition PT (2h) - les facteurs du changement climatique au 21ème siècle (2h) Compétences Acquisition d'une vision dynamique à l'échelle des temps géologiques.

Botanique, systématique et phylogenèse (4 ECTS) Responsable : Patrick Coquillard

C Magistraux T Dirigés T Terrain 20 h 6 h 15 h

Objectifs Acquérir les concepts de bases de la phylogénie du règne végétal : tendances évolutives, modes de spéciation propre aux végétaux. Biodiversité du monde végétal. Diversité des stratégies de reproduction et de traits d’histoire de vie.

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Secondairement : étude des principales familles de végétaux supérieurs au programme du CAPES et dans la perspective de la préparation au concours de l’agrégation. Contenus Cours

• La notion de caractère et les méthodes modernes de classification. • Les modalités propres au monde végétal de la spéciation. • Classifications anciennes et moderne. • Les anciennes « Ptéridophytes » (des Lycopdiophytes aux Filicophytes) • Préspermaphytes , Gnetophytes, Gymnospermes • Les Angiospermes : Origine, organisation, phylogénèse de l’ovule, carpelle et appareil

floral ;tendances évolutives. • Les Angiospermes : étude de quelques familles représentatives des grands phylums

Travaux de Terrain (TD) Deux sorties d’une demi-journée dans les environs de Nice (milieu marin : « algues » et terrestre) Compétences

Autonomie en matière de détermination floristique. Biologie cellulaire - Neurobiologie (4 ECTS) Responsable : Isabelle Gillot

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

50 h 14 h 15 h Objectifs

Connaître et reconnaître l'organisation des tissus. Maîtriser l'organisation et la fonction des constituants cellulaires. Appréhender l'organisation fonctionnelle du système nerveux. Contenus

Les tissus fondamentaux et les cellules qui les constituent. L’organisation des tissus dans les organes et les systèmes biologiques. Comparaison des cellules procaryotes et eucaryotes. Cycle cellulaire et son contrôle chez les eucaryotes ; transformation, prolifération. Apopotose, Nécrose. Les fonctions des différents constituants cellulaires. Anatomie du système nerveux central et périphérique TP et TD : Analyse de documents photographiques des tissus épithélial, musculaire, nerveux et conjonctif, étudiés en cours et observés sur des lames histologiques. Localisation des principales structures de l'encéphale humain. Comparaison d'encéphales humain et d'autres animaux. Compétences Capacité de synthèse. Ouverture vers l'enseignement.

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Physiologie biotechnologie végétale (4 ECTS) Responsable : Michaël Quentin

C Magistraux C. Intégrés T Dirigés 20h h 7 h 18 h

Objectifs Connaître les grandes étapes du développement des végétaux supérieurs. Appréhender les éléments mis en jeu de la perception des signaux de l’environnement à la réponse. Contenus Germination, croissance, régulation hormonale, photorécepteurs, et rythmes biologiques. Structure des génomes, amélioration variétale et techniques de transgénèse. TD : Phototropisme, Perception et transduction du signal hormonal, biotechnologie végétale. Compétences

-scientifiques: Savoir utiliser des connaissances théoriques dans la discipline à l’interface avec d’autres disciplines. Maîtriser la démarche scientifique : Analyser et résoudre un problème scientifique. -transversales : Prendre la parole en public pour expliquer un problème scientifique. Dynamique externe – Géomorphologie et paléoclimatologie (4 ECTS)

Responsable : Florence Bigot-Cormier C Magistraux T Dirigés

20 h 20 h Objectifs Aborder les différents facteurs de la dynamique externe liés aux changements climatiques et en partie à l’origine de la morphologie des reliefs. Introduction aux propriétés physico-chimiques de l'atmosphère et de l'océan pour comprendre l’interaction entre la dynamique de l'océan, l'atmosphère et la surface terrestre et ainsi comprendre avec rigueur la problématique du réchauffement climatique dans le futur. Contenus

Géomorphologie ou les reliefs de la terre : Définition de la surface de référence, le géoïde, pour l’étude de la géomorphologie, interaction et impact du forçage interne et du forçage externe sur les reliefs sous-marins et les reliefs continentaux à l’échelle continentale. Analyse de l’évolution morphologique des paysages à l’échelle régionale en détaillant l’action des agents d’érosion, fluides et solides de l’hydrosphère et de l’atmosphère. Système climatique planétaire : A- Bilan radiatif -L’effet de serre naturel / Notion de gradient d’énergie (Loi de Stefan) B- Réchauffement du climat (Td) - Causes ? L’homme est-il responsable ? Quels arguments ? Conséquences ? Les solutions ? Notion de glaciologie et conséquence C- Dynamique de l’atmosphère - Structure verticale (P-T°) / Notion de convection / Cellule de Hadley, Ferrel, Polaire D- Dynamique de l’océan - Un océan stratifié (T, Salinité, densité), Description de la circulation océanique, Compréhension des moteurs de la circulation océanique E- Paléoclimat - Echelle de temps: Holocène, Quaternaire, > 2 Ma : documentation des variations climatiques/environnementales et mécanismes responsables des variations climatiques à l’échelle de temps < 2MA et > 2MA. (ex Td : Réchauffement du climat, El NINO, Cycle du CO2)

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Compétences

-scientifiques : acquisition de la connaissance concernant l’évolution des climats passés permettant de pouvoir analyser les questions actuelles relatives au climat et à son évolution future. Apprentissage à analyser le lien évolution climatique / paysage et à en extraire une méthode d’analyse des paysages pour comprendre les différents facteurs (externes ou internes) à l’origine du modelé des paysages. -transversales : travail à l’interaction entre les différentes couches terrestres : Atmosphère, hydrosphère, lithosphère Evolution de la Terre (4 ECTS) Responsable : Chrystèle Vérati

C Magistraux T Dirigés T Pratiques

16 h 14 h 10 h Objectifs Objectif : Connaitre les grandes étapes d’évolution de la terre externe et interne sur 4.56 milliards d’années et comprendre comment on retrace l’histoire de la Terre à partir des archives géologiques (climat, vie, continents, océans, montagnes, volcans, extinctions de masse)

Contenus Cours

Etablissement du calendrier géologique Principes de la lithostratigraphie, biostratigraphie, chronostratigraphie, cyclostratigraphie, magnétostratigraphie. Principes de la radiochronologie (méthodes Rb-Sr, K-Ar et U-Pb ; techniques de mesures) Les grandes étapes sur 4.5 milliards d’années dans l’évolution de la vie, du climat, du niveau des océans, des processus géodynamiques. Liens entre dynamique externe et dynamique interne Les principales caractéristiques des périodes : Précambrien, Paléozoique, Mésozoique et Cénozoique. Reconnaissances sur la carte au million de la France. L’origine des ressources minérales terrestres – Les principaux types de gisements en fonction du contexte géodynamique et de la période géologique. TP-TD Le diagramme isochrone, la crise Permo-Triassique, la crise Crétacé-Tertiare, l’épisode du Snowball Earth, la dynamique précambrienne, les traces d’impact des météorites (Rochechouard), la collision Inde-Asie, les grands types de ressources minérales (minerais). Compétences

-scientifiques : Connaitre l’histoire de la planète Terre ainsi que les techniques scientifiques pour y arriver. Liens avec les programmes du concours CAPES SVT: Thèmes 10, 11 et une partie du 12. Géodynamique interne (4 ECTS) Responsable : Clément Ganino

C Magistraux T Dirigés 22 h 12 h

Objectifs Introduction aux outils qui permettent d’étudier la géodynamique interne du globe.

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Contenus

Etude du géotherme, sismologie, gravimétrie, magnétisme, méthode de positionnement satellitaire, télédétection, modélisation numérique et analogique, géochimie. Présentation des principaux aspects de la géodynamique interne et des moteurs de la dynamique des plaques. Compétences Approche des méthodes physiques d'étude et de modélisation du globe. Tectonique et dynamique de la lithosphère (4 ECTS) Responsable : Yann Rolland

C Intégrés T Dirigés T Pratiques T. Terrain 18 h 7 h 8 h 7 h

Objectifs Acquisition des bases concernant la dynamique des plaques Contenus

Notions de contraintes, déformation, structures géologiques. Les différents contextes géodynamiques et leurs marqueurs. Notions de cartographie et analyse intégrée des cartes, documents et échantillons géologiques pour la reconstitution de l’évolution géodynamique. Compétences Analyse de cartes géologiques. Connaissances du comportement des éléments géologiques. Projet pluridisciplinaire (6 ECTS) Responsable : Francine Diener

C Magistraux T Dirigés 18 h 36 h

Objectifs

Confrontation à des problèmes réels issus de pré-projets industriels Apprentissage de rédaction (en anglais) d'un document de qualité professionnelle sur la faisabilité d'une approche. La complexité de la question, qui met en jeu non seulement toutes les approches de modélisations apprises auparavant mais aussi des considérations de faisabilité, d'éthique et de coût, forme à un travail d'équipe de R&D en biotechnologies dans un contexte industriel de pointe. Contenus

• Le problème posé, la plupart du temps en collaboration avec un industriel, est typiquement un créneau sur lequel une startup pourrait se développer. Il s'agit de mettre en place une preuve de faisabilité dans le cadre des nombreux champs ouverts par la biologie moléculaire récente (médecine personnalisée, biologie synthétique, etc…). • A cette occasion, les étudiants doivent savoir faire une étude bibliographique complète d'un sujet, concevoir une approche novatrice, critiquer les approches existantes, adapter plusieurs formalismes et méthodes pour atteindre un objectif donné, faire le bilan des limitations de leur proposition, interagir avec à la fois des chercheurs, des praticiens et des industriels, et enfin rédiger en anglais un rapport complet. • La soutenance du projet est en anglais.

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• La plupart des projets abordés au cours des années passées relève d'accords de confidentialité. Ils ont été dans le domaine de la médecine personnalisée ou dans le domaine de la modélisation du métabolisme. Compétences

Bonne pratique de l'anglais écrit et oral, capacité de synthèse, esprit critique, aptitude à faire appel à des techniques hétérogènes en vue de la réussite d'un objectif concret.

Initiation à la programmation: (4 ECTS) Responsable : Karine Robbe-Sermesant

C Magistraux T Pratiques 20 h 20h

Objectifs Initiation à la programmation au travers l’apprentissage du langage Python incluant une familiarisation avec un environnement Unix Contenus Les Travaux pratiques sont réalisés en salle machine. Gestion d’un petit projet de programmation en groupe sur le traitement de données biologiques (récupération des données, analyses et calculs sur ces données, création d’un fichier résultat approprié

Cours Unix : Principe d’organisation d’un système d’exploitation, Structure d’accueil : le shell, Manipulation d’arborescence de fichiers, Gestion de droits d’accès, Shell script Langage de programmation : Python : Notion de variable, d’affectation, contrôle de flux d’exécution et instructions répétitives, principaux types de données, fonctions, manipulation de fichiers, gestion des exceptions, modules Compétences

- Maîtrise des principales commandes Unix - Programmation (Pyhon, Shell) Algorithmique et structure des données (4 ECTS) Responsable : Elisabetta De Maria

C Magistraux T Dirigés 20 h 20 h

Objectifs Ce module introduit les notions d'algorithme et de structures de données. Le cours se concentre sur l'écriture d'algorithmes corrects pour résoudre des problèmes simples. Contenus Algorithme et pseudo langage Notion de complexité Algorithmes de tri (tri par sélection, tri par insertion, tri à bulles, tri par tas, tri rapide, tri fusion) Structures de données primitives (listes, piles, files, tas) Algorithmes et structures de données pour la gestion d’ensembles (tables de hachage, arbres binaires de recherche)

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Algorithmes sur Graphes et Arbres (visite en largeur et en profondeur, calcul des composantes fortement connexes) Algorithmes de filtrage par motif. Compétences

Compréhension et écriture d’algorithmes simples. Emploi de structures de données. Evaluation de la complexité d’un algorithme. Bases mathématiques des statistiques (4 ECTS) Responsable : Christine Malot-Thuleau

C Magistraux T Dirigés T Pratiques 50 h 14 h 15 h