Objectifs de l'école Contexte et enjeux

Public

SPE, EFPA, PHASE, BAP, SA, AlimH

ÉCOLE-CHERCHEURS PROTEOMIQUE "De la préparation des échantillons à l’interprétation, validation et

intégration des résultats. Stratégies et aspects pratiques"

Une formation pour vous aider à réaliser votre projet en protéomique

Du mardi 13 juin 2017 au vendredi 16 juin 2017 à Cannes Mandelieu (06)

FormaSciences

Les objectifs de cette école sont de permettre aux personnes, débutants ou ayant déjà engagé un projet en protéomique, de bien appréhender les stratégies et techniques disponibles, et ainsi de concevoir puis de réaliser au mieux leur projet. Cette école-chercheurs permettra aux participants d’acquérir les bases d’une démarche d’un projet en protéomique et ainsi de savoir : - préparer leurs échantillons - choisir les techniques et plates-formes ayant les appareils les mieux adaptés à leur problématique (intérêts, limites, applications) - effectuer une analyse critique de leurs résultats - appréhender les outils post-analyses pour l’interprétation et l’intégration des données (analyse fonctionnelle).

Tout agent (chercheur, ingénieur, technicien, doctorant) futur utilisateur, débutant ou déjà impliqué dans un projet en protéomique (une cinquantaine de participants).

L’analyse protéomique désigne l’analyse dynamique et quantitative des protéines, produits d’expression des gènes et qui caractérisent un processus biologique donné. Le but est de déchiffrer les mécanismes d’interactions de ces protéines lorsqu’elles sont exprimées par un tissu, une cellule ou un compartiment sub-cellulaire dans des conditions données. Aujourd’hui, de nombreux chercheurs implémentent des analyses de protéomique dans leurs projets mais ils manquent parfois des éléments théoriques et pratiques qui leur permettraient d’envisager la démarche la mieux adaptée. D’autant que ce domaine analytique peut offrir des approches multiples pour répondre à certaines questions spécifiques (identifications globales ou ciblées, quantifications relatives ou absolues, modifications des protéines, etc.).

La préparation des échantillons en amont des analyses (conduites généralement par les plates-formes) et l’interprétation fonctionnelle des données (big data), en aval, sont des éléments clés de la démarche et les chercheurs sont souvent eux-mêmes en charge de ces étapes. Cependant, ils manquent parfois de connaissances sur les stratégies analytiques qui ont été mises en œuvre et leur impact sur le résultat, comme sur les critères de validation et les outils disponibles pour l’interprétation fonctionnelle de ces résultats. Cette école est donc conçue pour aider les participants à concevoir et à réaliser au mieux leur projet en protéomique, puis à en exploiter le mieux possible les résultats (critères de validation, outils de traitements et pré-requis pour la publication). Les axes de la préparation des échantillons et de l'interprétation des résultats seront particulièrement approfondis lors de cette école.

FormaSciences • École-chercheurs Protéomique 1/2

- d’avoir les notions nécessaires à la compréhension des démarches « non- classiques » utilisées en protéomique : leur intérêt, leurs limites - d’avoir une vision globale des applications possibles (classiques et émergentes) en protéomique - de partager les expériences dans des champs thématiques très divers - de démarrer concrètement leur projet

Lieu Pierre & Vacances Premium - Les Rives de Cannes-Mandelieu- Rue de la Pinea - 06210 Mandelieu. Dates 13 au 16 juin 2017 : (début de l’école 9h – fin à 13h –arrivée prévue lundi 12 juin au soir) Participation Personnels INRA des départements SPE, EFPA, PHASE, BAP, SA et AlimH : 200 € HT (y compris doctorants financés par l’INRA) Frais de transport à la charge des unités. Frais d’hébergement couverts par la participation et la prise en charge par la formation permanente nationale de l’INRA et les commanditaires de l’École. Personnels INRA autres départements : 350 € En fonction des places disponibles, même modalités que précédemment. Personnels autres EPST, EPIC, Université : (faire parvenir un bon de commande TVA à 20%) Participation aux frais de séjour et pédagogiques :

550 € HT Personnels non INRA rattachés à une UMR INRA ; 800 € Personnels universités et autres EPST ; 1200 € Secteur Privé.

En cas d’annulation, moins de 15 jours avant le début de la formation, l’intégralité du montant de l’inscription ou de la participation de l’unité sera conservée par la Formation Permanente. Comité d'organisation Comité scientifique

Aurélie SEASSAU, SPE SPIBOC INRA PACA (aurelie.seassau@inra.fr) Julien JARDIN, CEPIA STLO INRA Rennes (julien.jardin@inra.fr) Valérie LABAS, PHASE CIRE INRA Tours Hélène ROGNIAUX, CEPIA BIA INRA Nantes Marlène DAVENTURE BAP PAPPSO INRA Versailles Christophe CHAMBON, CEPIA PFEM INRA Clermont Sonia HEM, BAP MSPP INRA Montpellier Valerie ROFIDAL, BAP MSPP INRA Montpellier Marc MAGLIANO , SPE SPIBOC INRA PACA Ingénierie de formation

Monique ABADON FPL INRA PACA (monique.abadon@inra.fr) Adeline MUTEL FPN INRA Nantes Marie Christine MICHEL FPL INRA PACA (marie-christine.michel@inra.fr) Sylviane FORTUN FPN INRA Nantes

1. Préparation des échantillons pour connaître les bases - Préparation des extraits protéiques, - Fractionnement, enrichissement, déplétion - Méthodes séparatives chromatographiques et électrophorétiques 2. Principes et outils des approches protéomiques pour connaître les bases

- Spectrométrie de masse : sources d’ionisation et analyseurs spécifiques à la protéomique

- Approche bottom-up (cartographie peptidique, GeLC-MS/MS, shotgun) - Approche top-down - Profiling (phénotypage cellulaire, imagerie moléculaire) - Méthodes d’identification (moteurs de recherche et outils de validation) - Caractérisation des modifications post-traductionnelles - Protéomique quantitative (avec ou sans marquage) - Complexome –Interactome - Protéogénomique 3. Outils de validation et d’interprétation fonctionnelle des résultats pour mieux exploiter les informations - Outils statistiques pour la validation des expériences et des résultats - Les banques de données (décryptage des informations) - Interprétation et analyse fonctionnelle des résultats - Utilisation des logiciels dédiés à l’analyse fonctionnelle

4. Ateliers pour approfondir certains aspects de la démarche, pour s’approprier les concepts et les mettre en application et faire le lien avec son projet - Préparation des échantillons et méthodes de séparation - Stratégies d’identification à adopter pour un projet donné

5. Conclusion table ronde / témoignage - Comment publier en protéomique ? Cette formation théorique (cours + ateliers de discussion) est tutorée par les experts des plates-formes protéomiques de l’INRA et par des experts extérieurs.

Modalités d’inscription : La fiche de pré-inscription est disponible sur le lien suivant : https://cvip.sphinxonline.net/v4/s/lihe2d ou par mail à Marie-Christine Michel : marie-christine.michel@inra.fr Pour tout renseignement complémentaire, merci de prendre contact par mail : marie-christine.michel@inra.fr. La date limite d’inscription est décalée au 21 avril 2017 Le nombre de places étant limité, le comité d’organisation se laisse la possibilité de sélectionner les participants en fonction des renseignements portés sur la fiche de pré-inscription afin d’avoir un groupe équilibré.

Programme prévisionnel

FormaSciences • École-chercheurs Protéomique 2/2

FormaSciences Départements : SPE, EFPA, PHASE, BAP, SA, AlimH CNOC COREBIO PACA