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Truites, génétique et continuité écologique Avec le soutien du Fonds Européen pour la Pêche Investissons dans une pêche durable Le projet FEP MigraSûre – une approche particulière pour prioriser les aménagements Nicolas Mayon (PNHSFA) Marie-Christine Flamand (UCL-ISV) Colloque WALPHY – Namur – 14, 15 et 16 octobre 2013

Truites, génétique et continuité écologique – une approche particulière pour prioriser les aménagements

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Diaporama présenté au colloque international WALPHY le 15/10/2013. Ce colloque avait pour but de rassembler et présenter diverses expériences en terme d'aménagement écologique des cours d'eau.

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Page 1: Truites, génétique et continuité écologique – une approche particulière pour prioriser les aménagements

Truites, génétique et continuité écologique

Avec le soutien du Fonds Européen pour la Pêche Investissons dans une pêche durable

Le projet FEP MigraSûre – une approche particulière pour prioriser les aménagements

Nicolas Mayon (PNHSFA) – Marie-Christine Flamand (UCL-ISV)

Colloque WALPHY – Namur – 14, 15 et 16 octobre 2013

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Contexte Concret Conclusion

La truite: qu’a-t-elle de si particulier?

1. Continuité écologique

La truite est un migrateur > nécessité de garantir la libre circulation piscicole.

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Contexte Concret Conclusion

La truite: qu’a-t-elle de si particulier?

2. Repeuplements

Nombreux déversements de poissons d’élevage dans le milieu naturel. Risque génétique en cas d’hybridation entre poissons natifs et domestiques (introgression).

Souches d’élevage = pas de sélection naturelle = génotypes peu adaptés au

milieu = succès faible en rivière

- Transmission de gènes à faible potentiel adaptatif > diminution du fitness de la population, outbreeding depression

> déclin des populations.

- Homogénéisation génétique: dilution des différences entre populations

> perte de (bio)diversité. © N

ils P

eder

sen

Populations sauvages = sélection naturelle = individus adaptés leur milieu

= gage de survie des populations

> Plans de conservation des populations peu introgressées

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Contexte Concret Conclusion

Continuité écologique: l’impact génétique des obstacles

1. La règle générale: impact négatif

Isolement de (trop) petites populations pouvant conduire à la dérive génétique (réduction des flux de gènes / fixation d’allèles / perte de diversité / consanguinité / diminution du fitness).

2. L’exception qui confirme la règle: impact positif

Protection contre l’hybridation avec les poissons domestiques à faible potentiel adaptatif (a terme, l’impact n’est positif qui si la population isolée présente un effectif suffisant, sinon cf. point 1).

Van Houdt et al., 2005; Fausch et al., 2009…

Le projet MigraSûre: objectif

Restauration de la continuité écologique des cours d’eau du bassin de la Haute-Sûre par la levée d’obstacles à la libre circulation de la faune aquatique sur base des caractéristiques génétiques des populations de truites.

> Priorisation des aménagements intégrant les risques génétiques éventuels

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Contexte Concret Conclusion

Le projet MigraSûre

Quelle est la situation génétique des populations de truites du bassin de la Sûre?

Populations de rivière Poissons de pisciculture Les truites de rivière et les poissons d’élevage forment bien deux groupes génétiquement différents.

Echantillonnage en pisciculture + en cours d’eau supposés à l’abri des rempoissonnements.

Echantillonnage Biométrie + prélèvement morceau adipeuse + photo Analyses microsatellites Empreinte génétique par poisson

Constitution de deux référentiels (P et R) sur base desquels les poissons des différents cours d’eau pourront être classés.

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Contexte Concret Conclusion

Différents statuts d’hybridation par les souches d’élevage

Sur cette base, un coefficient d’introgression peut être calculé pour chaque population analysée. Il représente le taux d’hybridation entre truites natives et domestiques.

L’appartenance à l’un des groupes peut être estimé pour chaque poisson et population par des méthodes d’assignation (Structure 2.2).

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Contexte Concret Conclusion

Et les aménagements? cas n°1: la Strange

Linéaire déconnecté 46 km

Hauteur de chute 135 cm

Longueur obstacle 5,6 m

Profondeur aval 30 cm

Lame d’eau 5 cm

Catégorie 2

Qu’impliquerait la levée de cet obstacle pour les populations de truites fario?

1197

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Contexte Concret Conclusion

1197

Analyse génétique

- 3 stations (aval, amont direct, têtes de bassin) - Pisciculture de la Strange

« Hompré »

« Hollange »

« Burnon »

« Hompré » CI = 0,97

« Hollange » CI = 0,60

« Burnon » CI = 0,49 Aménagement OK !

Hypothèse de départ:

- Pollution hydrocarbures 1998 (amont dévasté) - Présence d’un obstacle infranchissable (aujourd’hui

aménagé) empêchant toute recolonisation par l’aval - Présence de la pisciculture (source d’échappées) - Société de pêche sur l’amont (déversements)

> Peu de chance de retrouver des truites natives en amont?

Hypothèse confirmée par les analyses génétiques

La levée de l’obstacle majeur ne constitue pas un risque génétique (pas de population native en amont). En outre, cela permettra même à d’éventuelles truites natives (+/- 1/3 de la population de l’aval) de recoloniser l’amont.

Et les aménagements? cas n°1: la Strange

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Et les aménagements? cas n°2: le Bettlerbaach

Contexte Concret Conclusion

1. Contexte

- 4 obstacles de l’amont vers l’aval - Lot de pêche en aval de 4 (LUX), déversements connus - Pas société de pêche en amont de 4 (WAL) - Etang de loisir entre 3 et 4

1

2

3

4

1 2

3 4

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Cas n°2: le Bettlerbaach

Contexte Concret Conclusion

« Lutremange » CI = 0,01

« Lutrebois » CI = 0,07

« Betlange amont » CI = 0,09

« Betlange aval » CI = 0,24

« Schaulsmillen » CI = 0,65

2. Analyse génétique

- Introgression marquée sur l’aval - A l’inverse de l’exemple précédent: amont préservé

Situation de Lutremange

- Coefficient d’introgression nul: souche native

MAIS attention aux autres paramètres génétiques!

- Fst élevé (éloignement génétique, confirmé par NJ tree) - Fis très significativement négatif (excès d’hétérozygotes

par rapport à l’équilibre Hardy-Weindberg) - Faible nombre moyen d’allèles (NA)

Un Fis négatif est caractéristique des populations à très faible effectif (peu de reproducteurs). Le faible NA est souvent indicateur d’une dérive génétique (fixation d’allèles).

Population totalement isolée (montaison et dévalaison), très loin de l’équilibre génétique !

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Contexte Concret Conclusion

CI = 0,01 CI = 0,07

CI = 0,09

CI = 0,24

CI = 0,65

Cet obstacle semble protéger le cours amont de l’hybridation par les souches

non-natives. A conserver?

Cet obstacle semble protéger le cours amont de l’hybridation par les souches

non-natives. A conserver?

Cet obstacle ne présente aucun intérêt génétique, les

populations étant peu introgressées de part et

d’autre de celui-ci. A aménager

Cet obstacle présente un important problème pour la survie de la population de l’amont. A aménager

Et les aménagements? cas n°2: le Bettlerbaach

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Contexte Concret Conclusion

Pour conclure…

- SVP attention!!! Le message à retenir n’est pas: « Maintenant, il ne faut plus aménager les obstacles, à cause de la génétique »

Règle générale: les obstacles ont un impact génétique négatif sur les populations (cf. le cas de Lutremange).

- Dans certains cas, un obstacle peut contribuer à préserver une population de l’introgression par les sujets d’élevage.

Le cas échéant, le maintien d’un obstacle ne devrait être envisagé que comme une situation provisoire, dans l’attente d’une prise en charge du problème de départ (= rempoissonnements > autre débat!).

- Gestion des populations de truite: intégrer la dimension génétique pour prioriser les interventions pour favoriser les populations à fort intérêt conservatoire (« unités de gestion » vs. niveau spécifique « truite » global) .

* Continuité écologique

* Autres actions de restauration/renaturation (frayères, habitat…).

Analyse génétique = outil moléculaire performant, directement utilisable pour la gestion des cours d’eau dans une optique de conservation de la faune aquatique.

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Contexte Concret Conclusion

Merci de votre attention!

+ Fr. Fontaine, C. Poncelet, les équipes de pêche électrique… … et les truites de la Sûre !