Ecrire un article scientifique

Ecrire un article scientifique

Dr Bernard Faye

Pourquoi publier?

• Pour faire connaître mes travaux de recherche

• Pour justifier mon travail (évaluation) auprès de mon institution (écriture = production)

• Pour être connu par la communauté nationale et internationale

• Pour confronter mes résultgats à ceux des autres chercheurs

« To publish or to perish »

Strategie de valorisation

• Quel est le public visé par ma publication: chercheurs, étudiants, techniciens, professionnels, grand public?

• Quel public peut être impliqué par mes résultats en cas de publication scientifique?

• Quel langue? (langue maternelle, français ou angalis??)

Quel type de

publication ?

Quel type de journal?

Publications (journal, livre,…): Quel journal? Actes de séminaires Rapports d’expertises Publications de transfert et de vulgarisation Journaux professionnels

Les types de publication

• PhD and MSci reports

• Publication in International journal with impact factor

• Publication in national journal with reading committee

• Publication in national journal without reading commitee

• Communication in international conferences

• Communication in national conferences

• Books and chapter in books

• Short communication in scientific meetings

• Technical report

• Transfer and extension report

• Leaflets and brochures

• Newspapers

• Teaching documents

• Multimedia tools

• Website

• Large public publications

Facteur d’impact et bases de

données • Le facteur d'impact estime indirectement

la visibilité d'une revue scientifique. C’est

le nombre moyen de citations de chaque

article publié dans ce journal.

• Une revue indexée est un article répertorié

dans les bases de données internationales

(Scopus, ISI,….) donc accessible à la

communauté scientifique.

Quelques règles de publications

• Choisir la revue cible

• Télécharger et lire les instructions aux auteurs

(références, unités de mesure (/ml ou /mL ou

mL-1, forme des paragraphes…..)

• Commencer par rédiger le plus facile (matériel

et méthodes par exemple)

• Soumission en ligne ou papier (de plus en plus

rare)

• Qui sont les co-auteurs???

Quelques règles de publication

• Les types d’articles de périodiques:

– Articles originaux (expérimentations,

enquêtes,…)

– Communications courtes (observations, cas

cliniques,…)

– Revue de synthèse

– Méta-analyses

Les auteurs

• Ceux qui ont collecté les données et à les analyser

• Ceux qui ont contribué aux analyses de laboratoire (non-

techniciens?)

• Ceux qui ont contribué à l’écriture

• Ceux qui ont inspiré le travail (directeur de thèse, chef

de laboratoire)

Les techniciens, les agents de terrain sont dans les

remerciements

Les co-auteurs de convenance sont à éviter


• TITRE

• Doit inclure les mots-clefs afin de faciliter

les interrogations pertinentes dans lmes

bases de données internationales (ex.

Camelus inclut les espèces dromadaire et

autruche…)

• Doit être clair, précis et pas trop long

• Demande parfois un « titre courant »

Exemple

• Je veux comparer la composition globale

du lait (MG, protéines, lactose, minéraux,

matière sèche) du lait de dromadaire et du

Bactriane du Kazakhstan en utilisant une

analyse discriminante sur des échantillons

de lait réalisés à 4 saisons dans

différentes régions du pays.

• Quel est le titre????

The titre est…. • Faye B., Konuspayeva G., Messad S., Loiseau

G., 2008. Discriminant milk components of

Bactrian camel (Camelus bactrianus),

dromedary (Camelus dromedarius) and

hybrids. Dairy Sci. Technol., 88, 607-617

• Le titre courant est: Discriminant milk’s

components of camel species


• ABSTRACT (Résumé)

• Doit être rédigé avec beaucoup d’attention

(Base de données): il doit donner l’envie de lire

le papier

• Il doit fournir les principaux résultats

• Il doit être court (nombre de mots généralement

fixé)

• Il doit éviter les généralités

• En principe, il est rédigé en dernier.

Exemple de résumé

• In Kazakhstan, the cohabitation of Bactrian, dromedary and their hybrids is a common feature even within farms. The physico-chemical composition of 147 milk samples from 57 Bactrians, 70 dromedaries and 20 hybrids was determined. The samples came from 4 different regions and were collected at 4 different seasons within a year. Compared to dromedary, Bactrian camel’s milk had significantly higher fat (6.67 vs 5.94%), vitamin C (177 vs 152 mg.L-1), calcium (1.30 vs 1.16 g.L-1), and phosphorus (1.07 vs 0.91 g.L-1). Iodine index value was significantly higher in dromedary milk (16.69) than in Bactrian’s (14.99). To distinguish Bactrian milk from dromedary milk, a discriminant analysis was carried out after discarding seasonal and regional variability. The discriminant parameters were phosphorus (linear discriminant coefficient = -1.00), pH (-0.408), vitamin C (-0.377) and fat content (-0.226), in higher concentrations in Bactrian milk than in dromedary’s. Iodine index (0.287) was higher in dromedary milk. After quadratic discriminant analysis, milk composition can predict species with 75.4% well-classed. The milk composition of the hybrids was intermediary but with a low discriminant power.


• INTRODUCTION

• Doit rappeler les objectifs de l’étude et son contexte (background)

• Eviter la confusion entre objectifs, question de recherche, hypothèse et méthodologie.

• L’introduction doit être courte

• EVITER LES GENERALITES!!!! (“Le dromadaire est une espèce adaptée aux régions arides……”)*

* Sauf si l’article parle des mécanismes d’adaptation

INTRODUCTION

• Hypothèse: Il y a une différence dans la composition globale du lait entre le dromadaire et le Bactriane car ce sont des espèces différentes

• Question de recherche: Est-il possible de déterminer l’origine spécifique d’un lait de chamelle (dromadaire ou Bactriane) par la seule analyse de sa composition globale?

• Objectif: Identifier les composants les plus discriminants du lait afin de pouvoir distinguer les espèces de camélidés


• MATERIEL ET METHODES

• Souvent, le plus facile à écrire

• Les moyens et la méthodologie pour répondre aux objectifs, et les étapes (milestones) pour les réaliser

• Spécifier clairement le matériel utilisé et les (combien d’élevage, combien d’animaux, quels types d’animaux, méthodes d’échantillonnage, description des variables, types d’analyses statistiques, analyses de laboratoire) afin de juger de la pertinence des méthodes.


• Animaux: type et statut (race, stade physiologique, âge,

état sanitaire ou non, traitement ou non,…)

• Produits: origine, qualité, mode of préparation

• Echantillonnage: type (sang, lait, eau, sol,….), nombre,

rythme, place, procédure d’échantillonnage

• Analyses: type de détermination, appareil, méthodes

utilisés (référence ou description)

• Analyses statistiques: procédure, type d’analyses,

logiciel utilisé

Exemple (1) • Procédure d’échantillonnage: “The samples

were randomly collected among Bactrian (n = 57), dromedary (n=70) and hybrid (n=20) lactating she-camel at the milking time in one private farm per region”

• Analyses de laboratoire: « Nitrogen (N) was determined by the Kjeldahl method (Ref: ISO5983) and the conversion N x 6.38 was used to quantify the total protein. The density, skimmed dry matter and fat matter were quantified using middle-infra-red spectrophotometry equipment (Lactan-4). The iodine index was measured by the Margoshes method [1]. The iodine index expressed the mass of diiodin (I2) in gram fixed by addition on 100 g of lipids”.

Example (2)

• Procédure statistique: “Because of the important number of parameters describing the chemical composition of milk samples, their various geographical and seasonal origins, and a secondary aim concerning the comparison with hybrids, the statistical procedure followed 3 steps: (i) The physico-chemical parameters candidates to the discrimination by factor “species” were selected after the results of the adjustment of each parameter by a simple linear model according to factors “species”, “region” and “season” and the interactions of order one. (ii) For discarding those effects, a data table including 127 milk samples from Bactrian camels and dromedaries described by a set of parameters linked to species effect was prepared. The elimination of regional and seasonal effects was achieved with similar method described in detail by Doledec and Chessel [9]; (iii) As the within-species covariance matrices were not equal, a quadratic discriminant analysis was performed [30]. A discriminant function was obtained. This function was a combination of the physico-chemical parameters calculated so as to catch the maximum of proportion of between-species variance”

• “Statistical analyses were achieved with the MASS package [30] used with the R statistical software [2]”.


• RESULTATS

• Doivent être précis sans excès (Eviter les doubles

informations texte/graphique/table).

• Doivent donner les points les plus importants

(commentaires sur les résultats statistiques par

exemple)

• Doivent fournir des pistes d’interprétation des résultats

• Les références bibliographiques ne sont pas admises

dans le chapitre « résultats »

• Eviter « les résultats sont rapportés dans le tableau

X…. »!!

Exemple

Parame

ter

s

Bactrian

Dromeda

ry

Hybrid P value

FM.% 6.67

2.93

5.94

2.26

6.09

1.81

0.04

Composition du lait selon les espèces

Selection des variables indépendantes pour l’analyse

discriminante

Analyse discriminante prédictive

Ananlyse discriminante incluant les hybrides

5,4

5,6

5,8

6

6,2

6,4

6,6

6,8

Bactrian Drom. Hybrid

FM%

*

Exemple

• Mean and standard

error of principal

components in camel

raw milk in

Kazakhstan according

to the species and

probability level from

ANOVA are reported

in table II

• The Bactrian milk had

significantly higher

fat, vitamin C, calcium

and phosphorus

contents than the

dromedary’s (Tab. II).


• DISCUSSION • Ne pas rappeler les résultats (avec les seuil de

signification!) sinon pour resituer avec ceux de la

littérature

• Comparer avec les résultats de la littérature pour aider à

l’interprétation de vos résultats

• Faire une analyse critique de mes résultats

• Faire une analyse critique des résultats de la litérature

• Interpréter mes résultats (ne pas se contenter des

aspects “factuels”

• Vous discutez VOS resultats

Exemple (1)

• Comparer vos résultats à ceux de la

littérature: « On average, milk production

is higher in dromedary than in Bactrian

camel (Faye, 2004), especially in the

Arvana breed, well-known for its high dairy

potential (Cherzekov and Saparov, 2004).

So, the lower concentrations of

components in dromedary milk could be

attributed to a dilution effect”

Exemple (2)

• Faire une analyse critique de vos résultats: “The positioning of the “hybrid” group and its low well-classed percentage could be linked to the high heterogeneousness of this group. In our study, the hybridizing level was not known. The hybrids included F1 (Iner or Nar) as well as F2 (Kospak or kurt) or F3 animals. The crossbreeding of F1 animals being achieved with pure breed (dromedary or Bactrian), it was not surprising to find a high part of F2 hybrids closely related to one or other species”.

Exemple (3)

• Faire une analyse critique des résultats de la littérature: “According to Farah [12], the reported range was 25-60 mg.L-1 which was lower than our results in the both species. Ascorbic acid concentration differed significantly between Sudanese camel breeds [23]. Ascorbic acid is highly unstable (especially with temperature change). In our study, vitamin C was determined in fresh milk, contrarily to the other authors [13, 23] who had analyzed frozen milk. So, the observed differences in vitamin C milk concentration could be partly explained by the analytical conditions, and probably also by the used methods”.


• REFERENCES

• Réaliser la bibliographie la plus complète possible (mais pas forcément la plus ancienne)

• Limiter le nombre de références (sauf pour des articles de revue ou des méta-analyses)

• Choisir les références pertinentes (ne pas citer les synthèse biblio des étudiants!!!)

• Limiter les autocitations

• Respecter les instructions aux auteurs

Exemple

• Elamin F.M., Wilcox C.J., Milk composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75 (1992) 3155-3157

• Elamin, FM and Wilcox, CJ, 1992, Milk composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75: 3155-3157

• FM Elamin, CJ Wilcox. 1992. Milk composition of Majahim camels. Journal of Dairy Sciences, 75, 3155-3157

• [1] Elamin F.M., Wilcox C.J., (1992). Milk composition of Majahim camels, J. Dairy Sci. 75, 3155-3157

Cas particuliers

• Communication personnelle

• Citations en cascade (auteur x cité par

auteur y)


CONCLUSION

• Une conclusion n’est pas un résumé

• Une conclusion ouvre une perspective, donne les limites des résultats

• Eviter les phrases « bateau » du type «Further analysis are necessary for… »

• Eviter les références dans la conclusion

Exemple

“In similar environment and farming conditions,

Bactrian and dromedary camels’ milk had a

slight difference in their gross composition. The

most discriminating parameters concerned

chemical (main minerals, vitamin C, and fat

matter, iodine index) and physical (acidity)

aspects. Those results confirm that the

establishment of standard for camel milk must

take into account the different species”


ILLUSTRATIONS

• Les graphiques les plus clairs ne sont pas les

plus beaux (3D par exemple)

• Le graphique doit apporter une information

complémentaire du texte, mais la légende doit

être claire et exhaustive (elle doit se suffire à

elle-même).

• Un tableau est plus exhaustif qu’un graphique

mais souvent moins « lisible »

Exemple: Les graphiques les plus clairs

ne sont pas les plus beaux

Stockage selenium

0

2000000

4000000

6000000

8000000

10000000

12000000

0 mg 2 mg 4 mg 8 mg 12 mg 16 mg

niveau de supplementation

Se o

rgan

e

muscle

cerveau

ovaire

rein

pancréas

rate

poumon

cœur

foie

0 mg 2 mg 4 mg 8 mg 12

mg 16

mg

foie

poumon

pancréas

ovaire

muscle

0

2000000

4000000

6000000

8000000

10000000

12000000

Se o

rgan

e

niveau de supplementation

Stockage selenium

foie

cœur

poumon

rate

pancréas

rein

ovaire

cerveau

muscle

Example: Un graphique doit apporter

des informations complémentaires au

texte Discriminant limit

Texte: The function

discriminated by

plotting the distribution

of individual (milk

sample) scores

according each group

could be visualized

(Fig. 2).

Figure 2. Distribution of the discriminant scores of

Bactrian (group bactri) and dromedary milk’s

samples (group drom) around the discriminant limit

(black line).

Exemple: un tableau est plus exhaustif

qu’un graphique mais moins lisible

Se Feces Urine Serum

0 637,920 518,523 120,745

2 1554,478 844,127 309,453

4 1188,812 1366,253 413,206

8 3186,434 1435,464 426,187

12 3938,633 1389,390 565,588

16 4084,365 1795,977 623,522

0

1000

2000

3000

4000

5000

6000

7000

0 2 4 8 12 16

Supplementation level (in mg/day)

excre

tio

n i

n n

g/d

ay

0

100

200

300

400

500

600

700

Se s

eru

m

Feces Urine Serum

Communications courtes

• Moins de pages (texte plus

court)

• Résultats et discussion

• Moins de références

Cas typique des cas cliniques

« un cas de babésiose généralisée

chez un dromadaire »

Revues de synthèse

• Souvent à la demande

des éditeurs pour des

auteurs connus

• Quasi-exhaustivité des

références

bibliographiques

• Nécessite une bonne

connaissance globale du

sujet

• Très lues

Méta-analyses

• Compilation de

résultats publiés

• Demande une bonne

maîtrise des analyses

statistiques

• Demande une lecture

approfondie des

références sur le plan

des méthodes

utilisées

Thèse - PhD • Une thèse n’est pas un super article scientifique

• C’est une exercice où le postulant doit défendre

une THESE (une idée, un paradigme, un

message)

• C’est un exercice où le postulant doit donner

son point de vue et prendre part à la discussion

(notamment sur les points objets de débat….)

• La soutenance n’est pas un tribunal mais le

postulant doit faire la preuve de son

engagement!

Livre

• Investissement individuel ou collectif

• Effort de synthèse

• Compilation d’un grand nombre de références

(érudition vs plagiat)

Powerpoint

• Un powerpoint doit inclure peu de texte

(c’est un support au discours parlé, il ne

doit pas se substituer au discours)

• Pas trop d’animations (Cela devient trop

lourd à la présentation)

• Ne soyez pas fier de la forme si le contenu

est pauvre….

Powerpoint

• Because of the important number of parameters describing the chemical composition of milk samples, their various geographical and seasonal origins, and a secondary aim concerning the comparison with hybrids, the statistical procedure followed 3 steps: (i) The physico-chemical parameters candidates to the discrimination by factor “species” were selected after the results of the adjustment of each parameter by a simple linear model according to factors “species”, “region” and “season” and the interactions of order one. (ii) For discarding those effects, a data table including 127 milk samples from Bactrian camels and dromedaries described by a set of parameters linked to species effect was prepared. The elimination of regional and seasonal effects was achieved with similar method described in detail by Doledec and Chessel [9]; (iii) As the within-species covariance matrices were not equal, a quadratic discriminant analysis was performed [30]. A discriminant function was obtained. This function was a combination of the physico-chemical parameters calculated so as to catch the maximum of proportion of between-species variance

• Statistical analyses were achieved with the MASS package [30] used with the R statistical software [2].

A éviter…..

On lit plus vite que l’orateur……!!!!

Powerpoint

• Sélection des

paramètres

• Ecarter les effets

saisonnier et

régionaux

• Paramètres

discriminants

• Modèle linéaire simple

Fonction discriminante

Suggestion:

•Analyse factorielle sous

contraintes (Doledec and

Chessel, 2002)

•Analyse discriminante

quadratique

Conclusion

• Publier, c’est

– Souffrir ?

– Exister ?

– Faire mon travail ?

– Se soumettre au jugement des pairs ?

– Vouloir être connu/reconnu ?

– Justifier mon salaire ?

– Etre évaluer ?

– Une obligation ?

– Autre???

Education

Ecrire un article scientifique