Maitriser l'Information Scientifique et Technique en Recherche

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Maitriser l’Information scientifique et technique en Recherche et technique en Recherche

Patricia Volland-Nail - Janvier 2016Ecole Doctorale – Université F Rabelais de Tours

Avertissement

Ce diaporama est le support d’une formation dispensée l’E l D t l d l’U i ité F i R b l i pour l’Ecole Doctorale de l’Université FrançoisRabelais

de Tours en Janvier 2016 Il nécessite d’avoir assisté au commentaire oral qui

l’accompagne pour être totalement exploitable

Conditions d’utilisation : Conditions d utilisation :

Contact : [email protected]

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Objectifs du séminaire Vous permettre de découvrir, redécouvrir, mieux connaître les

différentes sources d’information scientifiques

Vous prendrez le temps d’explorer des sources d’information méconnues et d’améliorer votre pratique sur des sources d’information connues

Vous donner des bases méthodologiques pour rechercher, suivre et gérer l’information sur vos centres d’intérêt

Vous aider à mettre en place un système de veille efficace

Vous permettre d’approfondir votre recherche d’IST via des sources d’information spécifiques : Pubmed, Web of Science, etc…p q , ,

Mieux gérer l’information collectée avec des outils et logiciels adaptés : logiciels documentaires

Rappel du programme prévisionnel J1 :

Besoins et attentes du chercheur vis-à-vis de l’Information Scientifique et Technique : Vous et l’IST ?

Méthodologie et règles de base en matière de recherche d’information Mise en place d’un système de veille documentaire

Panorama des principales sources d’information scientifique

J2 :

Panorama des principales sources d’information scientifique (suite) TD sur des bases de données emblématiques du domaine scientifique

J3 :

Gérer et exploiter l’IST : panorama de l’offre en logiciels

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Avant de commencer …

Vous et l’IST ..

• Suivre l’actualité • Créer des « alertes »• Suivre des « flux » RSS

Veiller, surveiller,se tenir informé

Gérer l’informationcollectée

• Organiser l’information• Gérer et exploiter lesréférences bibliographiques

• Gérer les documents

Lire, Réfléchir,Comprendre

• Lire des documents • Définir des axes derecherche

• Formuler des questions derecherche

Collecter l’information

• Connaître ses besoins• Connaître les sources• Savoir les utiliser• Avoir la bonne méthodepour rechercher

Gé e es ocu e ts

Evaluerl’information

• Connaître les règles de lacommunication scientifique

• Appréhender les différents « indicateurs »

Vouset l’IST

p

DiffuserCommuniquerAuto-archiver

Rédiger, Publier

« indicateurs »

• Connaître les règlesde la rédaction scientifiqueet l’éthique des publications

• Mettre en place une stratégiede publication

• Choisir le bon support de diffusion• Déposer en accès libre dans une « archive ouverte »

• Utiliser les réseaux sociaux 6D’après D L’Hostis & P Volland-Nail, Groupe MISTeR, Inra

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Les besoins en information d h hdu chercheur

Quels besoins ?

Différentes situations générant des besoins spécifiques

Au démarrage d’un sujet de recherche :C i l b l d Q ’ dé à Connaissance globale du sujet : Qu’est-ce qui est déjà connu sur le sujet ou des sujets proches ?

Identification des questions spécifiques à son sujet

Tout au long du travail de recherche : Suivi de l’actualité sur son sujet pour une mise à jour

régulière des connaissances Réponse à des questions ponctuelles

Tout au long de sa carrière de scientifique … Acquérir une culture générale scientifique

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Adapter l’offre à ses besoins

Besoins Sources d’information

Recherches généralistes

Recherches spécialisées

Moteurs généralistes,Google Scholar …

BDD spécialisées, ex : PubMed, WoS, PsycInfo, Inspec, CAB, …

Veille bibliographique

Culture générale

Suivi de flux RSS : sommaires de périodiques, suivi de profils sur BDD

Surveillance de sites généralistes, blogs, réseaux

Vous et l’IST

Qui êtes-vous ?

Présentez-vous !

Quelles sont vos pratiques actuelles en matière de recherche et de suivi de l’information ?

Avec quels « outils » recherchez-vous l’information ? Quelle est votre l information ? Quelle est votre démarche ?

Avez-vous mis en place un système de veille ou de suivi de l’information ?

Utilisez-vous un logiciel de gestion documentaire ?

Quelles sont les principales questions que vous vous posez en matière de recherche d’information scientifique ?

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Collecter l’information

Veiller, surveiller,se tenir informé

Maitriser l’IST en Recherche

Contexte et stratégie

Le contexte

International, complexe, en perpétuelle évolution …

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Le contexte de l’IST Les acteurs

• Via la publication d’articles scientifiques, d’ouvrages, de communications à des congrès, de blogs, …

Auteurs / Chercheurs g g

• Des périodiques, ouvrages, bases de données bibliographiques, plateformes« éditoriales », …

Editeurs

• Serveurs, fournisseurs d’accès, agences d’abonnements, organismes, bibliothèquesMédiateurs

• Provoquant actuellement des mutations déterminantes dans le domaine de l’édition scientifique

Défenseurs du libre accès

Une évolution du système sans limite, perpétuelle et très rapide !

La stratégie

Être méthodique et organisé …

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Mettre en place une stratégie Avoir de la méthode : Connaître ou mieux déceler ses besoins Connaître la méthodologie de recherche d’information Connaître et identifier l’offre en IST : les sources d’information Connaître et identifier l’offre en IST : les sources d information Adapter l’offre à ses besoins : utiliser les bons « outils » aux bons

moments S’organiser : se ménager du temps régulièrement pour

« faire sa biblio » … Mettre en place un système de « veille » bibliographique Evaluer et exploiter l’information recueillie

Gérer l’information collectée de manière efficace en utilisant des outils adaptés : Pour ne pas refaire ce qui a déjà été fait Ne pas rechercher plusieurs fois la même chose Ne pas ressaisir régulièrement les mêmes références

Définir Préparer Choisir Interroger Analyser Exploiter

La méthodologie de recherche de l’informationl information

Différentes étapes

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Les différentes étapes

Définir le sujet à traiterContexte, objectifs, limite, contrainte, etc…

Choisir la(les) « bonnes » sources d’information

Préparer la question enélaborant « l’équation de recherche »

Interroger la(les) source(s) choisie(s)

Analyser et évaluer les résultats

Obtenir les textes intégraux Exploiter les résultats

Etape 1


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Définir le sujet Formuler son besoin avec précision : Qu’est-ce que je cherche

exactement ? Pour une recherche thématique : expliciter clairement le sujet q p j

et son contexte Extraire les différentes idées ou notions importantes : quels

sont les principaux concepts de la question ? Nature de l’information recherchée ? Généraliste ou très

spécifique ? Quel niveau d’information ? Articles scientifiques de base sur

le sujet, synthèses, connaissances techniques, brevets, …le sujet, synthèses, connaissances techniques, brevets, … Cherche-t-on l’exhaustivité sur un sujet : quel besoin

d’antériorité ? Pour une recherche spécifique sur un auteur ou les travaux

d’un laboratoire : utiliser les bons « outils »

Etape 2



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Préparer sa question

1. Analyser le sujet à traiter en le décomposant pour extraire les principaux concepts

2. Traduire chaque concept en mots-clésou descripteurs pour le caractériser

3. Attention : un même mot peut avoir des sens différents

i penser aux synonymes, aux termes ou expressions équivalents, abréviations, au singulier, au pluriel …

traduire les termes en anglais penser à l’utilisation des troncatures (ou masques)

La notion de « mot-clé »

Mot-cléchaîne de caractèreschaîne de caractères

Langage « libre » Langage contrôlé

Synonymie Descripteurs normalisés

Polysémie

Homonymie

Thésaurusnormalisés - hiérarchisés

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Le thesaurus de Medline : le MeSH : recherche du terme pour caractériser les ovins

Le thesaurus de INSPEC

Exemples de thesaurus

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Trouver les bons termes Aide avec des outils spécifiques : exemples : Portail terminologique : TermSciences :

http://www termsciences fr/http://www.termsciences.fr/ Portail terminologique de santé de CiSMeF :

http://www.cismef.org Thesaurus mis à disposition dans les bases de données

bibliographiques : exemples : thesaurus MeSH de PubMed : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh

et sa traduction française : http://mesh.inserm.fr/mesh/ç p

thesaurus de la base INSPEC (physique) thesaurus de PsycInfo (psychologie)

…

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Recherche dans TermSciences

En résumé1. Ecrire la question sur le papier2. Analyser le sujet3 Extraire les principaux concepts de la question3. Extraire les principaux concepts de la question

4. Traduire chaque concept important de la question en « mots » ou « descripteurs » le caractérisant

5. Se demander : quel est le degré de précision pour un terme général ?Exemple : « Mammifères » : Que cherche-t-on avec ce terme ? Tous les Mammifères ou une catégorie seulement ? Faut-il mieux préciser le concept ?

6. Sélectionner les termes de la recherche à partir d’indexou du thésaurus si disponibles dans la base choisie

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Etape 3




Choisir la source d’information

Chaque base de données a un contenu, une spécialité et des spécificités qui lui sont propres :p q p p Qui a fait cette base ? Qui en est le producteur ? Base

internationale, base spécifique d’organisme, etc … Quel(s) domaine(s) couvre-t-elle ? Quels types de documents signale-t-elle : articles, ouvrages, thèses,

actes de congrès, brevets, ... ? Quelle période couvre-t-elle ? En quelle(s) langue(s) peut-on l'interroger ? En quelle(s) langue(s) peut on l interroger ? Y-a-t-il des aides à l’interrogation ? Un thesaurus ?

Toujours lire les documents la présentant et l’aide généralement fournie pour l’interrogation

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Explorer l’interface d’interrogation En exploitant l’aide à l’interrogation, et en explorant

l’interface d’interrogation en première approche A t d ti l d Avant de poser une question complexe : comprendre

la structure de la base (les « champs » interrogeables) et le mode de recherche (simple ou avancé) : Lancer la recherche sur un mot simple Visualiser les premières réponses Analyser les réponses

Faire « sortir » la référence d’un article connu pour consulter l’indexation (les mots-clés)

Etape 4





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Interroger la source

Traiter la question par étapes successives en constituant des sous-ensembles de références pertinentes :p

1 concept = 1 étape

Combiner entre elles les différentes étapes avec les opérateurs booléens et de proximité : utiliser la fonction « historique de recherche » dans les bases de données

Affiner progressivement les résultats

Utiliser les opérateur booléens Combiner les termes de recherche pour établir

l’équation de recherche avec les opérateurs booléens ou de proximité booléens ou de proximité

Opérateurs logiques ou booléens (du nom du mathématicien anglais Boole) (théorie des ensembles)AND (et) OR (ou) NOT (sauf) (ou ANDNOT)

Exemples d’opérateurs de proximité (pour affiner une recherche)

ADJ NEAR WITH

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Les opérateurs booléens

AND (ET) : intersectionEx : mutation AND virus: les deux termes doivent être présents

OR (OU) : unionEx: sheep OR ovine OR ewe … : l’un ou l’autre des termes doit être présent

NOT (SAUF) : exclusion d’un terme Ex : child* NOT adolescent

Etape 5






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Analyser et évaluer les résultats Pertinence : les références retrouvées correspondent

bien à la question posée et à la réponse attendue B it b d d t ti t i l Bruit : beaucoup de documents non pertinents parmi les

résultats : un « affinage » et un tri des résultats est nécessaire

Silence : beaucoup de documents pertinents dans les résultats NON trouvés : Comment le savoir ? résultats NON trouvés : Comment le savoir ? par « intuition » si la différence est flagrante par rapport à ses

connaissances dans le domaine … en reformulant la question différemment pour être sûr

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Etape 5





Analyser et évaluer les résultatsAi-je atteintmon but ???

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Etape 6






Obtenir les textes intégraux Exploiter les résultats

Exploiter les références obtenues Sauvegarder et gérer les références dans une base de

données personnelle à l’aide d’un logiciel de gestion bibliographiquebibliographique

Obtenir les documents : Directement si le texte intégral est proposé et accessible Via des services proposés parfois sur certains serveurs (ex :

SFX ou WebBridge qui permettent de localiser une ressource) Par les demandes directes aux auteurs Via les bibliothèques qui se chargent des demandes de

documents à des services spécialisés

Lire les documents …

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Séance TP/TD

Préparer la question

Préparer 1 ou 2 questions de recherche sur le papier : E i l ti Ecrire la question Traduire son sujet en concepts puis en

mots-clés et éliminer les mots vides de sens

Trouver les synonymes et termes associés pour une recherche en langage librelibre

Préparer l’équation de recherche

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Mettre en place un système de ill t d’ l tveille et d’alertes

Pourquoi ?

Pourquoi ?

Pour être régulièrement et automatiquementi f é d té j t d h hinformé des nouveautés sur son sujet de recherche

Pour suivre spécifiquement certaines thématiques, les travaux d’un auteur, d’une équipe, …

Pour surveiller le développement de certains sujets(évolution du libre accès dans l’édition scientifique par exemple, …)exemple, …)

Se tenir informé sur les congrès, colloques, rencontres d’intérêt à venir

Etc …

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Alertes thématiques

Suivi de tables de matières – Mise en place de profils

Pourquoi une alerte sur table des matières ?

Pour garder une ouverture globale sur l’ensemble des thématiques d’un périodique

P f lt i tifi d b à Pour se forger une « culture scientifique » de base à partir de périodiques pluridisciplinaires

Pour ne pas s’enfermer dans sa seule thématique

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Alertes sur les tables des matières

Alertes de 2 types possibles : Via les flux RSS : Manière très efficace de récupérer les dernières tables des

matières ou les derniers articles publiés mais … Pas toujours possible sur tous les périodiques

Alertes par e-mail : Idem aux flux, mais nécessite souvent de s’enregistrer sur le

sitesite Arrivent régulièrement, au fur et à mesure de la parution,

dans sa boîte mail Encombrement possible de sa boîte mail si trop d’alertes

Exemple PNAS

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Ex : American Chemical Society (ACS)

Choix entre plusieurs types d’alertes

http://pubs.acs.org/page/follow.html

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Exemple à partir de ScienceDirect

Sur un périodique spécifique, cocher Get new article feed

Alerte sur profil

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Alerte sur « profil » dans une base de données

Possible sous réserve d’abonnement à la plateforme éditoriale ou à la base de données

E i t t l d l’édit d l Enregistrement sur le serveur de l’éditeur ou de la base de données d’une « équation de recherche » ou « profil » spécifique

Réception des alertes « à la carte » : chaque jour, chaque semaine, etc … ou selon la périodicité de mise à jour de la basej

Quelques alertes possibles : suivi d’une thématique de recherche suivi des travaux d’un chercheur ou d’une équipe suivi des citations d’un article en particulier …

Mettre en place un système de ill t d’ l tveille et d’alertes

Comment utiliser les flux RSS ?

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Comment ?

Mise en place d’alertes sur les sommaires des périodiques d’intérêt après les avoir sélectionnés

Elaboration de « profils d’alerte » spécifiques sur des bases de données bibliographiques spécialisées

Suivi de l’actualités sur certains sites Web ciblés et spécialisés sur le(les) sujet(s) à l’aide des « flux » RSS

Abonnement à des bulletins d’information (news), à des ( ),blogs, listes de diffusion ciblées

Utiliser un « agrégateur » de contenu type Netvibes

Les « fils » ou « flux » RSS

Fichiers spécifiques contenant les dernières informations sur un site Web identifiés par des logos spécifiques

2 acteurs : Producteur du flux (le site Web) pour diffuser de l’information

en produisant ces fichiers RSS sur ses actualités ou nouveautés Utilisateur pour accéder à l’information nouvelle dans une

démarche de « veille »

Les « fils » ou « flux » RSS sont lus via des agrégateursou lecteurs de flux : Intégration dans des pages Web avec Netvibes, InoReader, etc… Intégration dans des pages Web avec Netvibes, InoReader, etc… IE, Firefox, Thunderbird, intègrent par défaut des outils de lecture de

fils RSS Agrégateurs clients : exemple FeedReader

http://www.feedreader.com/

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Netvibes

Qu’est-ce-que Netvibes ?

Un agrégateur en ligne avec une double fonction : lecture de fluxet gestion de signets http://www.netvibes.com

Outil servant à la fois à la « veille » par la lecture des « flux » RSS et gestionnaire de « signets » via des « widgets » (interfaces graphiques spécifiques)

Outil totalement personnalisable qui peut être rendu « public » ou rester « privé »

Si l à l id à Simple à utiliser et rapide à mettre en œuvre

Nomade : accès à distance à partir de n’importe quel ordinateur

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Netvibes : Comment ça marche ?

1. Se créer un compte sur le site de Netvibes

2 Créer sa(ses) propre(s) page(s)2. Créer sa(ses) propre(s) page(s)

3. Inclure des flux RSS pour le suivi de l’information

4. Mais attention ! Ne pas vouloir chercher l’exhaustivité et pointer sur de trop nombreuses sources au risque de ne pouvoir tout suivre et d’induire des pertes de temps…

Démonstration

http://www.netvibes.com

Séance TP/TD

Mise en place d’alertes

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TD Si vous n’en avez pas déjà, mise en place d’un site Netvibespersonnalisé pour positionner vos alertes et vos profilsalertes et vos profils

Mettre en place le suivi d’actualités sur certains sites Web

Les sources d’information

L’offre en IST

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Périodiques Articles

Ouvrages

Communications aux Congrès

Thèses

Brevets

Périodiques Source d’information primaire la plus importante dans le

domaine des sciences expérimentales I f ti t ôlé t lidé ( tè d p Information contrôlée et validée (système du « peer-

review ») : articles de recherche Articles de périodique : 80% du contenu des bases de

données bibliographiques Différents types de périodiques : Périodiques scientifiques d'intérêt général pluridisciplinaires : Périodiques scientifiques d intérêt général, pluridisciplinaires :

Nature, Science, PNAS, … Périodiques spécialisés : dans un domaine scientifique ou dans

un type d'article publié

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Ouvrages

Documents de synthèses ou recueils de connaissances acquises :acquises : Ouvrages de référence : dictionnaires, encyclopédies, traités,

tables de données Ouvrages spécialisés : les chapitres sont des articles de synthèse

De plus en plus souvent accessibles via le Web, mais encore souvent dans les bibliothèques

A terme : ouvrages et encyclopédies disponibles sur le Web : via Google books, Bookshelf du NCBI, Reference Works d’Elsevier : numérisation d’ouvrages ou e-book …

Congrès, colloques

Lieux ponctuels d’échanges privilégiés entre scientifiques : jouent un rôle essentiel dans la démarche scientifiquejouent un rôle essentiel dans la démarche scientifique

Information « congrès » de plus en plus facilement accessible via le Web : Voir directement les sites Web des congrès Communications diffusées en ligne : conférences, abstracts des

communications ou des posters, fichiers PowerPoint des présentationsprésentations

Publication des communications sous forme : de numéro spécial de périodique d’ouvrage spécialisé de publication spécifique (« proceedings »)

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Thèses et mémoires Rapports sur un travail de recherche

bibliographique, scientifique ou technique, en vue de l’obtention d’un diplôme

De plus en plus de thèses en partie constituées d’articles de recherche publiés dans des périodiques scientifiques par leur auteur

De plus en plus de thèses accessibles en ligne en texte intégral sur le Web

Exemples de sites de thèses : l TEL Thè E L h // l h f / d le site TEL : Thèses En Lignes : https://tel.archives-ouvertes.fr/ : site de dépôt des thèses par leurs auteurs

theses.fr : moteur de recherche des thèses de doctorat françaises (soutenues et en cours) : http://www.theses.fr/

Brevets

« Titre légal, délivré sur demande, par un service public d'un état (INPI), qui décrit une invention et crée une i i j idi l l ll l' b é situation juridique selon laquelle l'invention brevetée ne

peut normalement pas être exploitée sans l'autorisation du propriétaire du brevet »Définition INPI : Institut National de la Propriété Industrielle

Information « brevets » : plus spécifiquement pour les domaines « techniques » ou « technologiques »

80% de l’information « technique » publiée via les 80% de l’information « technique » publiée via les demandes de brevets

Source d’information stratégique très importante En savoir plus sur les brevets : http://www.inpi.fr

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L’information « informelle » …

Apparue ces dernières années, via les blogs, réseauxi t t it d tsociaux et autres sites de partage

Echappe à tout contrôle « formel » des supports classiques de l’IST : « peer reviewing » des articles scientifiques, éditeurs des ouvrages, …

Devient une source d’information à ne plus négliger, mais en conservant un esprit critique vis à vis de ce mais en conservant un esprit critique vis à vis de ce nouveau type d’information

L’accès aux supports de l’IST

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Les bibliothèques

Ne pas oublier le lieubibli thè i it i « bibliothèque universitaire » …

… et les autres bibliothèquesou services documentaires des laboratoires

Des bibliothécaires et documentalistes peuvent vous Des bibliothécaires et documentalistes peuvent vous aider dans vos recherches …

Les catalogues des bibliothèques Essentiellement pour trouver et localiser des livres, des

thèses, des périodiques, mais aussi connaître ce qui existe sur un sujet existe sur un sujet …

Catalogues des BU : exemple : SCD de l’Université de Tours : http://portail.scd.univ-tours.fr/

SUDOC : catalogue du Système Universitaire de Documentation français : http://www.sudoc.abes.fr/

WorldCat : catalogue mondial (+ de 70 000 WorldCat : catalogue mondial ( de 70 000 bibliothèques) : http://www.worldcat.org/

Catalogues : véritables « moteurs » de recherche sur l’ensemble des ressources qu’ils référencient. Exemple : onglet CatalogPlus du catalogue de la BU de Tours

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Les portails institutionnels

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Université, CNRS, Inra, Inserm, …

Les portails institutionnels Donnent accès : au catalogue de leurs propres ressources périodiques él t i aux périodiques électroniques à des bases de données bibliographiques spécialisées aux « plateformes » (sites) des éditeurs des périodiques

scientifiques ou des bases de données

pour lesquels l’organisme a souscrit un abonnement Accès contrôlés et réservés aux « ayant-droits » : y

accès via login/mot de passe Ressources gratuites également souvent « pointées »

selon les thématiques

A consulter systématiquementavant toute recherche documentaire

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Portail de l’Université : Tours

Les ressources par discipline via le Catalogue

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Exemple en Physique

Les portails du CNRS

CNRS : plusieurs portails thématiques spécifiques :M l d l B bl h //b bl f Multidisciplinaire : Bibliosciences : http://bibliosciences.inist.fr

Sciences de la Vie : Bibliovie http://bibliovie.inist.fr Sciences Chimiques : TitaneSciences

http://titanesciences.inist.fr/ Sciences et Technologies de l’Information et de l’Ingénierie :

BiblioST2I : http://bibliost2i.inist.fr/ Sciences Humaines et Sociales : BiblioSHS

http://biblioshs.inist.fr/

Etc …

Accès aux ressourcespar login/mot de passecollectif (1/unité)

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Exemple : Bibliovie

Portail INRA : http://www6.inra.fr/reselec

40

Inserm : http://biblioinserm.inist.fr/

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Ressources gratuitespour tous

CEA

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Séance TP/TD

Les portails

TD

Explorer et utiliser les catalogues des bibliothèques : faire des recherches simples sur sujets d’intérêtp j

Se familiariser avec les différents portails accessibles : SCD de l’Université, portail Inra, portails du CNRS accessibles, portail Inserm, …

Explorer les différentes ressources offertes par ces portails, dont les offertes par ces portails, dont les ressources gratuites

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Mieux connaître les sources d’informationd information

1 – Périodiques et plateformes éditoriales

Les périodiques (1) 2 types de périodiques électroniques : mise en ligne de périodiques existant aussi sous forme papier é i di l i m t électroniques périodiques exclusivement électroniques

Attention : beaucoup de périodiques « papier » n’ont qu’une partie de leurs articles accessibles en texte intégral sur le Web : articles anciens pas forcément tous numérisés

Certains périodiques peuvent proposer tout ou une p q p p ppartie de leur contenu gratuitement, immédiatement ou après un délai (dans le cadre du mouvement du « libre accès » à l’IST)

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Les périodiques (2) Accès aux sites spécifiques des périodiques ou via des

plateformes éditoriales : Par abonnement individuel ou collectif aux périodiques Par abonnement individuel ou collectif aux périodiques

spécifiquement ou, globalement, aux « plateformes éditoriales » donnant accès à tout ou une partie des périodiques de la plateforme

Via les licences « institutionnelles » de bibliothèques liées ou non à un abonnement papier

Accès contrôlé : Accès contrôlé : à partir des numéros IP des machines : accès transparent

pour l’utilisateur ou contrôle par login/password

Les plateformes éditoriales Les « plus » des plateformes : des dispositifs de mise en place d’alertes l’ è articles sous presse l’accès aux articles « sous presse »

Fonctionnent en véritables « bases de données » avec recherche sur le texte intégral

Même fonctionnement que les bases de données bibliographiques classiques : recherche sur les mots du titre des articles, les noms d’auteurs, le résumé, …, , ,

Respect des règles de base des interrogations des bases de données bibliographiques pour faire ses recherches

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Principales plateformes ScienceDirect de l’éditeur Elsevier

http://www.sciencedirect.com/ S i Li k SpringerLink

via les portails institutionnels : http://link.springer.com/ HighWire Press

http://highwire.stanford.edu/cgi/search?quick=true Wiley et Wiley Online Library via les portails

http://onlinelibrary.wiley.com/http://onlinelibrary.wiley.com/ Nature Publishing Group

http://www.nature.com/ SAGE : http://online.sagepub.com/

ScienceDirect Mise en place en 1997 par Elsevier, principal éditeur

scientifique U l t f édit i l t è él b é i li ité Une plateforme éditoriale très élaborée, mais limitée

aux périodiques édités par Elsevier En constante évolution … Comprend : environ 3500 périodiques scientifiques (tous domaines

confondus) édités par Elsevier, plus d’autres éditeurs associés ) p , p(ex : Academic Press, Cell Press, etc…)

+ de 30 000 ouvrages et e-books (accessibles sur abonnement)

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ScienceDirect

http://www.sciencedirect.com/

HighWire Press

Diffuse des périodiques édités par de « petits » éditeurs, d iété t d i ti tdes sociétés savantes, des associations, etc… Exemple : PNAS, Science, …

Caractéristique : prône et encourage le libre accès à l’IST et encourage les périodiques qu’il diffuse à ouvrir l’accès au texte intégral des articles après un délai plus ou moins long (entre 4 mois et 24 mois)p g ( )

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HighWire For Researchers

http://highwire.stanford.edu/cgi/search?quick=true

47

Wiley Online

Springer : http://link.springer.com/

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SAGE journals via le SCD

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Séance TP/TD

Les plateformes

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TD Explorer les plateformes ScienceDirect, HighWire Press, Springer, Wiley, etc… avec ses propres questions de recherche

S’enregistrer sur les plateformes préférentielles via son portail d’accès pour plus de fonctionnalités

Choisir des périodiques d’intérêt sur les plateformes éditoriales et mettre en place plateformes éditoriales et mettre en place une alerte e-mail ou via le flux RSS sur Netvibes

Mieux connaître les sources d’informationd information

2 - Les bases de données bibliographiques

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Bases de données Bases de données de texte intégral : accès direct au

document lui-même : Périodiques scientifiques Périodiques scientifiques Plateformes éditoriales Web dans sa globalité : interrogeable par des moteurs de

recherche

Bases de données bibliographiques au sens strict ne donnant que des références de documents, souvent reliées aux sites des éditeurs de périodiques et donnant accès au document en texte intégral sous réserve de certaines conditions

Bases de données bibliographiques Ensemble de références de documents regroupées et organisées en

fichier informatique

Producteur de la base :

sélectionne et rassemble les documents

les « organise » les analyse et les « indexe » : ajout de « mots-clés » ou autres

informations utiles à la recherche documentaire

Serveur : société qui « héberge » la base, qui conçoit le logiciel et l’interface d’interrogation : plateforme (ex. : Thomson-Reuters et sa plateforme WoS, Ebsco …)plateforme WoS, Ebsco …)

Une même base de données peut être accessible via des systèmes et serveurs différents (Medline)

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Différents types de BDDQuelques exemples de BDD les plus importantes selon les domaines :

B d d é l idi i li i Bases de données pluridisciplinaires : Web of Science Scopus (Elsevier) Pascal (INIST)

Bases de données spécialisées : Medline/Pubmed : domaine biomédical Medline/Pubmed : domaine biomédical INSPEC : Physique, Electronique, Informatique … PsycINFO : Psychologie Etc …

Accès aux BDD bibliographiques Certaines bases de données bibliographiques sont

gratuites (ex : Medline via PubMed) M i b t ibl l t Mais beaucoup sont accessibles seulement sur

abonnement via les portails des organismes ou universités

Stratégie à mettre en œuvre : Partir des portails accessibles pour les connaître S’adresser aux services de documentation et bibliothèques (BU q (

à l’Université) Utiliser les moteurs de recherche spécialisés qui accèdent à

une partie du Web invisible : Google Scholar, …

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Exemples : via les portails institutionnels

Inra

CNRS - Bibliovie

Exemple de serveur ou Plateforme de BDD

Une même interface pour interroger des BDD différentes : EBSCO

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Plateforme Web of Science : WoS Web of Science (exWoK, Web of Knowledge) : plateforme

de Thomson-Reuters (USA), producteur de la base Web of Science et du Journal Citation Report Science et du Journal Citation Report

Accessible via les portails Inra, CNRS, Inserm, …

Intègre des bases de données (payantes et/ou gratuites) à la demande : exemple pour l’Inra : CAB, FSTA, Medline (gratuite)

Interrogation possible de toutes les bases à la fois avec une seule requête

Lien avec le texte intégral des articles si abonnements aux périodiques accessibles

Export direct des références vers les logiciels de gestion bibliographiques type Endnote

Bases de données

Plus de 3000 bases de données spécialisées accessibles via différents serveurs

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WoS : Web of Science

Accessible via la plateforme Web of Science

B l idi i li i tit é t t d S i Base pluridisciplinaire constituée entre autres du Science Citation Index (SCI) et Social Sciences Citation Index (SSCI)

Antériorité : depuis 1900, mais accessibilité variable selon les portails (depuis 1975 sur portail Inra, intégralité de la base via Bibliovie CNRS depuis 1900 …)

Interrogation en langage libre

Caractéristique : interrogation sur les références citées dans les articles : Citation Index

Couvre environ 12 000 périodiques

Medline / Pubmed La base de données biomédicale internationale la plus

importante

Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, biologie moléculaire, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, médecine vétérinaire, toxicologie … via environ 5000 périodiques

Pas d’ouvrages ni résumés de congrès : que des périodiques

P d it l N ti l Lib f M di i (NLM) USA Produite par la National Library of Medicine (NLM) aux USA, depuis 1966, avec arriéré entré petit à petit (actuellement on remonte jusqu’en 1950)

Indexation sophistiquée avec le thesaurus MESH

56

INSPEC Couvre les domaines de la physique, de l'électronique et

de l'informatique

Produite par IEE (Institute of Electrical Engineers), depuis 1969

Indexe environ 5000 périodiques et publications en série, des rapports, des conférences, des monographies et des thèses... et des thèses...

Accessible via les portails du CNRS

PsycINFO Produite par l'American Psychological Association (depuis

1887) Réfé d' ti l d 1300 tit d é i di Références d'articles de 1300 titres de périodiques,

concernant la psychologie, publiés dans plus de 45 pays et en plus de 30 langues

PsycInfo traite aussi de disciplines connexes : médecine, psychiatrie, enseignement, travail social, droit, criminologie, sciences sociales, sciences du gcomportement, etc.

Accessible via le portail du SCD de l’Université et les portails du CNRS

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Autres bases MathSciNet : produite par l'American Mathematical

Society (AMS) : essentiel de la littérature en sciences mathématiquesmathématiques

Scifinder Scholar : Chemical Abstracts, principale source d'information dans les secteurs de la chimie, de la biologie et des sciences de la vie, du génie, des sciences médicales et de la physique : articles de périodiques, brevets, p y q p qmonographies, livres, comptes rendus de congrès, rapports de recherche, thèses de 1907 à aujourd'hui

Contact : BU Sciences pour les comptes utilisateurs

Bases de données sur les Brevets

Pour une première approche sur les brevets, exploiter la b E t i l’OEB l’INPI base Espacenet via l’OEB ou l’INPI http://www.epo.org/searching_fr.html http://fr.espacenet.com/

Attention ! La recherche de brevets est une affaire de spécialistesp

Recommandation : si nécessaire suivre un stage de recherche de brevets par l’INPI

58

59

Information Brevets

Brevets

60

Interroger des bases de données bibli hibibliographiques

Plateforme du Web of Science

Démonstration

61

Plateforme du Web of Science

WoS : Web of Science: plateforme de recherche d’information produite par Thomson Reuters (US), producteur des bases du Web of Science des Current Contents Connect et du Web of Science, des Current Contents Connect et du Journal Citation Report

Intègre d’autres bases de données, gratuites (telle Medline), ou d’autres sur abonnement

Donne accès à la plus ancienne base de données internationale des citations avec des outils de visualisation des données et d’analyse et un outil de gestion des données (EndNote Web)d analyse, et un outil de gestion des données (EndNote Web)

Lien vers le texte intégral des articles en fonction des abonnements pris par ailleurs par l’organisme

Export direct des notices vers les logiciels de gestion de la bibliographie et EndNote Web

Bases de données potentiellement disponibles A part les bases produites par Thomson Reuters

(Web of Science, Current Contents Connect, Journal Citation Reports,

Essential Science Indicators), listes des bases de données ),accessibles selon l’abonnement choisi :

62

Interface de recherche Recherche globale possible sur l’ensemble des bases : « All

databases » pour une recherche exhaustive Inconvénient : possibilités de recherche très simplifiées Inconvénient : possibilités de recherche très simplifiées,

uniquement Basic Search, perte des spécificités des bases Recherche ciblée sur une base spécifique : sélectionner la

base Avantage : permet d’utiliser les spécificités des bases Exemple : recherche sur les citations via le WoS, utilisation

d hé M SH M dlidu thésaurus MeSH avec Medline Interface de recherche unique : mode d’interrogation

similaire pour chaque base de données Langue d’interrogation : anglais/américain

La base Web of Science

Démonstration

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Le Web of Science LA base de données internationale de Thomson,

Reuters, base pluridisciplinaire, concurrencée actuellement par la base SCOPUS d’Elsevier plus actuellement par la base SCOPUS d Elsevier, plus récente

Le WoS correspond aux : Science Citation Index (SCI) Social Science Citation Index (SSCI) Arts & Humanities Citation Index Conference Proceedings Citation Index depuis 2000 Book Citation Index depuis 2005 Index Chemicus

Démarche de recherche dans le WoS

1. Définir les « limites »2. Choisir le « champ » de recherche3. Écrire les mots, termes ou expressions en respectant

les règles du langage libre, des troncatures, de la façon d’interroger tel ou tel champ (règles pour les auteurs par exemple)

4 Associer les mots ou les étapes avec les opérateurs 4. Associer les mots ou les étapes avec les opérateurs booléens

5. Affiner les résultats avec toutes les option « Refine »

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Principaux champs de rechercheTopic Searches all words (no

stop words) in Article titles, Abstracts, Author Keywords, KeyWordsPlus fields.

“white oak” or “quercus alba”

Vitamin A

Author Searches any author on the paper

Bergstrom CT

Wallen K*

Researcher ID Searches Researcher ID numbers associated with author profiles on

A-1009-2008

pwww.researcherid.com

Group Author Group or organization credited with authorship

Aberdeen Lung Cancer Group

Beta Cell Biology Consortium

Publication Name Journal title Czech Journal of Food Sciences

Progress in Brain Research

Publication Year Year article was 1999Publication Year Year article was published

1999

2003-2005

Address Searches abbreviated author affiliations

Emory Univ, Dept Biol, Atlanta, GA 30329 USA

Funding Agency Searches funding agency name

Australian Research Council

Grant number Searches grant number P01*

DP0342590

Troncatures possibles

Symbole Retrouve

Z h

*Zero or more characters

*carbon*

carbon, hydrocarbon, polycarbonate

$ Zero or one character

colo$r

l lcolor, colour

? One character only

en?oblast

entoblast, endoblast

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Opérateurs booléens

All search terms must occur to be retrieved.

TOPIC: “stem cell*” AND lymphoma

Retrieves documents that contain the phrase stem cell and the term lymphoma This isRetrieves documents that contain the phrase stem cell and the term lymphoma. This is equivalent to searching “stem cell*” lymphoma

Any one of the search terms must occur to be retrieved. Use when searching variants and synonyms.

TOPIC: aspartame OR saccharine OR sweetener

Retrieves documents that contain at least one of the terms.

Excludes records that contain a given search term.g

TOPIC: aids NOT hearing

Retrieves documents with aids, excluding any which also contain hearing.

Opérateurs de proximitéPhrase searching

To search for an exact phrase enter the phrase in quotation marks. Note: the use of quotation marks disables lemmatization of terms.

Example: “stem cell”

NEAR/x Terms occur within a user-specified number of words within the same field. If no number is specified, the system defaults to 15.

Example: canine NEAR/10 virus

canine NEAR virus

SAME Used only in the address field. Terms must occur within the same address.

Example: yale SAME hosp

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Recherche spécifique sur les auteurs

Identification des auteurs facilitée avec :

L’option « Author Search » pour distinguer les homonymes ou rassembler les auteurs n’utilisant pas toujours le même nom et les mêmes initiales de prénoms

Intégration de la recherche via ResearcherID : recherche directement à partir du numéro d’identification du ResearcherID des auteurs qui se sont enregistrés

Résultats d’une interrogation Tous les résultats sont donnés : pas de limite du

nombre de notices Ré lt t t ié d t d bli ti ( t Résultats triés par date de publication (et non

d’entrée dans la base) Possibilité de visualiser le résumé dès la page de

résultats Fonction « Analyze Results » : pour faire différentes

analysesanalyses Fonction « Citation Report » : pour avoir une

visualisation de l’évolution des résultats de la recherche et des articles les + cités (accès à l’index H pour les auteurs)

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TP/TD

Faire une recherche dans la base du Web Of Science avec l’équation de recherche préalablement préparéerecherche préalablement préparée

Interroger des bases de données bibli hibibliographiques

Séance TP-TD

68

Sur la base de données de votre choix, explorer l’interface, utiliser le thesaurus (si existant) et refaire thesaurus (si existant), et refaire dérouler l’équation de recherche initiale

L’accès aux supports de l’ISTS it Suite …

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Le libre accès à l’IST

Un mouvement en évolution perpétuelle

Historique du libre accès à l’IST (1) Origine : 1991 : création des archives de Los Alamos

par P Ginsparg (pour la physique et les mathématiques) : archivages de « pre-print » : base arXivarchivages de « pre-print » : base arXivhttp://fr.arXiv.org (miroir français)

1997 : Cogprints Archives, archives pluridisciplinaires de S Harnad : http://cogprints.org

2000 : développement international des 1ères archives avec mise en place d’un protocole informatique p p qspécifique, « Open Archives Initiative » (OAI), pour favoriser l'auto-archivage des publications par les chercheurs eux-mêmes ou par leur institut

70

Historique du libre accès à l’IST (2) Octobre 2003 : Déclaration de Berlin : Engagement d’organismes et d’universités à développer le

libre accès aux résultats de la recherchelibre accès aux résultats de la recherche soit par l’auto-archivage sur des sites institutionnels soit par la publication des articles dans des périodiques

« gratuits » pour le lecteur : périodiques en « libre accès »

Signée par un certain nombre de responsables d'universités et d'instituts de recherche européens : en France, par l'Inserm, le CNRS, l’Inra, l’Inria, etc…

Depuis : développement rapide et important du « libre accès », mais tout n’est pas encore en « libre accès »

La mise en ligne des thèses participe au mouvement du libre accès à l’IST

L’évolution du libre accès à l’IST ? Pas encore bien connue, mais progression régulière

VERS le libre accès généralisé de l’IST … Dé l t i t t d é i di lib Développement important des périodiques en « libre

accès » qui implique un profond changement du modèle « économique » de l’édition scientifique : le modèle « lecteur-payeur » devient « auteur-payeur »

Développement du dépôt sur des sites spécifiques : « archives ouvertes » : HAL (CNRS, Inserm, Inria, …), ( )Prodinra (spécifique Inra), etc…

A suivre : site de l’INIST/CNRS « Libre accès à l’IST » : http://openaccess.inist.fr/

71

Actualité du libre accès

Exemples de sources en libre accès Périodiques en libre accès : Biomed central : http://www.biomedcentral.com/

(actuellement 275 périodiques)(actuellement 275 périodiques) PLOS : http://www.plos.org/ Via Highwire Press : nombreux périodiques en libre accès :

http://highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl

Serveurs d’archives ouvertes : documents déposés par les chercheurs : articles, ouvrages, thèses, rapports, … HAL : https://hal.archives-ouvertes.fr/ arXiv : http://arxiv.org/ Scielo (Amérique du Sud) : http://www.scielo.org/php/index.php Prodinra : http://prodinra.inra.fr/

72

Attention aux éditeurs « prédateurs »

Editeurs de périodiques scientifiques exploitant le filon du « libre accès » malhonnêtement et à leur seul du « libre accès » malhonnêtement et à leur seul profit !

Mails envoyés aux chercheurs avec proposition de publication à un moindre coût !

Beall’s List of Predatory, Open-Access Publishers :sur Facebook : https://www.facebook.com/POA.Publisherset : http://scholarlyoa.com/publishers/

143

144

73

Serveurs d’archives ouvertes Exemple de différents types : Institutionnels : HAL-Inserm pour les chercheurs de l’Inserm,

Prodinra pour les publications des chercheurs de l’INRAProdinra pour les publications des chercheurs de l INRA Thématiques sur un type de document : TEL pour les

thèses Thématiques sur une discipline : arXiv (physique,

informatique), The Mathematics Literature Project (http://tqft.net/mlp/wiki/The_Mathematics_Literature_Project), PubMed Central (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ ) …PubMed Central (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ ) …

Généralistes : HAL : développé par le CNRS mais rassemblant une grande partie du contenu des serveurs d’archives français, SciELO (Amérique latine + Espagne et Portugal)

HAL Université de Tours http://hal-univ-tours.archives-ouvertes.fr/

74

Catalogue collectif des archives ouvertes OAIster : http://oaister.worldcat.org/ Permet de retrouver des documents en libre accès via

l’ bl d d’ hi tl’ensemble des serveurs d’archives ouvertes

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Moteurs de recherche de ressources en open access OpenDOAR (Directory of Open Access Repositories)

http://www.opendoar.org

FreeFullPDF http://www freefullpdf com FreeFullPDF http://www.freefullpdf.com

BASE (Bielefeld Academic Search Engine) http://www.base-search.net

DOAJ (Directory of Open Access Journals) http://www.doaj.org

Source : B Foenix-Riou : Quelles alternatives à Google dans le domaine scientifique/santéhttp://fr.slideshare.net/bfoenix/quelles-alternatives-google-dans-le-domaine-scientifique

Séance TP/TD

Les archives ouvertes

76

TD

Explorez quelques serveurs d’archives ouvertes : HAL htt //h l hi t f / HAL : http://hal.archives-ouvertes.fr/ arXiv : http://arxiv.org/ Scielo (Amérique du Sud) :

http://www.scielo.org/php/index.php PubMed Central

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ OAIster : http://oaister.worldcat.org/ The Mathematics Literature Project

http://tqft.net/mlp/wiki/The_Mathematics_Literature_Project

©Fotolia.com

Le Web dans sa globalité

Google Scholar et autres moteurs spécialisés

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Le Web en général Le Web : source d’information scientifique et technique

… mais attention à l’origine et à la validité de l’information !l information ! La responsabilité de l’évaluation de l’information diffusée

repose sur le « lecteur » lui-même !

En quelques années, le Web a modifié complètement le paysage de « l’édition scientifique » : Disparition progressive du « papier » au profit du « tout

électronique » Apparition de nouvelles pratiques :

Mouvement du libre accès à l’IST

Blogs, réseaux sociaux scientifiques, sites de partages, …

Le Web en général

Prudence quant à son utilisation au travers de recherches l G lexclusives via Google …

En IST, préférer Google Scholar à Google : permet d’avoir une première approche des documents scientifiques sur un sujet : mais ne pas non plus l’utiliser exclusivement !l utiliser exclusivement !

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Google vs Google Scholar

Google vs Google Scholar

79

La couverture de Google Scholar

Les sites .edu et ceux repérés comme étant des sites d’universités

Les sites des éditeurs Springer, Wiley, Taylor and Francis, Blackwell, IEEE, Nature Publishing, ACM, IOP Publishing, Elsevier ont donné leur accord pour que leurs articles soient repérés

Revues.org, HAL, PubMed et ArXiv sont couverts

Des catalogues communs de bibliothèques ou d’institutions g qspécialisées : WorldCat (catalogues de plus de 10 000 bibliothèques dans le monde), SUDOC, catalogue de l’INIST

Les sites en open access

… ???

Google Scholar Préférer la recherche avancée pour plus de précision

80

Moteurs de recherche sur le Web

Exemples

Microsoft Academic Search

http://academic.research.microsoft.com/

81

Microsoft Academic Search Lancé fin 2009 par Microsoft Indexe près de 50 millions de publications dans

l d i i tifi t t h i i d le domaine scientifique et technique : issues de sources en open access ou sur abonnement (Elsevier, Springer…)

Indique les relations-clés entre les sujets, le contenu et les auteurs

Nombreuses options de cartographie (relations entre auteurs...)auteurs...)

Abonnement fil RSS/requête

Source : http://blog.recherche-eveillee.com/2013/10/quelles-alternatives-google-dans-le.html#sthash.znURUi3f.dpuf

WorldWideScience.ORG

http://worldwidescience.org/

Portail mondial d'accès à l'information scientifique Consortium de grands organismes internationaux de l'IST

(voir les participants sur la carte interactive) Utiliser l’advanced search pour plus de fonctionnalités

d h hde recherche

82

Moteur de recherche SHS : isidore

Plateforme de recherche permettant l'accès aux d é é i d SHSdonnées numériques des SHS

http://www.rechercheisidore.fr/index

83

CiteSeer http://citeseer.ist.psu.edu/index

Spécialisée en informatique et i d l’i f tisciences de l’information

Les blogs, wikis, réseaux sociaux

Le Web 2.0

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Les blogs

Un blog : site Web constitué de billets agglomérés au fil du temps, souvent classés par ordre anté-chronologique (les plus récents en premier) : espace individuel d’expression récents en premier) : espace individuel d’expression, enrichi d’échanges avec les internautes

Billets (ou « notes » ou « articles ») écrits par une personne physique en général (homme politique, artiste, scientifique…) selon un rythme périodique (tous les jours, chaque semaine, au fil du temps…)

L l i l i hi Le contenu souvent textuel, mais pas seulement, est enrichi d'hyperliens et d'éléments multimédias, sur lequel chaque lecteur peut généralement déposer des commentaires

cf. Définition Wikipédia - http://fr.wikipedia.org/wiki/Blog

Exemples de blogs scientifiques Moyen d’expression de plus en plus populaire, y

compris dans le monde scientifique I ibl d’êt h tif d l d i ! Impossible d’être exhaustif dans le domaine ! Quelques exemples de plateformes :

Nature Blogs : http://blogs.nature.com/

Researchblogging : http://researchblogging.org/ Carnets de recherche en Sciences Humaines et Sociales :

http://hypotheses.org/

Bl d i f i C fé d S i

168

Blogs de sciences en français : Café des Scienceshttp://www.cafe-sciences.org/

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http://blogs.nature.com/

PLOS Blogs : http://blogs.plos.org/speakingofmedicine/

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Hypothèses.org

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Les réseaux sociaux scientifiques

Utilisation de plus en plus courante de Facebook et T itt l i tifi t i l d é Twitter par les scientifiques, et mise en place de réseaux spécialisés : Researchgate, Academia, …

Avantages des réseaux : Améliorer la connectivité entre les chercheurs et faciliter

les collaborations et le partagep g Permettre la diffusion et une meilleure visibilité des travaux Outil d’intelligence collective

ResearchGate

http://www.researchgate.net

Créé en 2008 Actuellement environ 8 M de chercheurs

“ ResearchGate is built by scientists, for scientists ”

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Academia

http://www.academia.edu/

Même fonctionnement que ResearchGate Regroupe actuellement 30 664 241 chercheurs inscrits Mais : Combien de chercheurs actifs ???

Séance TP/TD

Les Blogs, réseaux et autres wikis

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Rechercher l’existence éventuelle de blog dans votre domaine scientifique

S’inscrire éventuellement sur un réseau social pour en examiner le fonctionnement

Gérer l’information récupérée

Les logiciels documentaires – A suivre …

90

Merci de votre écoute

[email protected]